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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » Gromacs/Amber/NAMD » 【求助】蛋白分子加脂层
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夏天的鱼

木虫 (小有名气)

[交流] 【求助】蛋白分子加脂层 已有2人参与

请问一下，如何将脂层加在蛋白分在外面啊，看文献说蛋白质在脂层环境模拟比较接近体内环境，有谁知道将蛋白如何嵌入脂层中？谢谢！
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科研就是讨论出来的
1楼 2010-09-06 17:02:42
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夏天的鱼

木虫 (小有名气)
http://moose.bio.ucalgary.ca/ind ... ures_and_Topologies现已查到这里可以下到现成的膜结构，可是要如何将蛋白嵌进去呢？
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科研就是讨论出来的
2楼2010-09-07 19:21:31
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wdali

金虫 (正式写手)
★ ★ ★
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ghcacj(金币+2):谢谢 2010-09-08 10:40:04
小弟想，把膜挖空一块，把蛋白塞进去，但是不知道能不能实现
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统治这个世界的是想象力
3楼2010-09-08 09:00:47
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夏天的鱼

木虫 (小有名气)
引用回帖:
Originally posted by wdali at 2010-09-08 09:00:47:
小弟想，把膜挖空一块，把蛋白塞进去，但是不知道能不能实现

可不知怎那么塞进去啊？用什么软件可以实现呢？
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科研就是讨论出来的
4楼2010-09-08 11:46:37
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wdali

金虫 (正式写手)
★ ★ ★ ★
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ghcacj(金币+3):谢谢 2010-09-08 12:35:30
引用回帖:
Originally posted by 夏天的鱼 at 2010-09-08 11:46:37:

可不知怎那么塞进去啊？用什么软件可以实现呢？

我只知道在DS软件中，用tools→analyze and edit transmembrane proteins→create and edit membrane可以给你的蛋白添加一个非常简单的膜。就两个平面，两个平面之间是细胞膜内，两边分别是胞内和胞外。不知道这个对你有没有用。其他的方法你找找看。
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统治这个世界的是想象力
5楼2010-09-08 12:05:33
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夏天的鱼

木虫 (小有名气)
引用回帖:
Originally posted by wdali at 2010-09-08 12:05:33:


我只知道在DS软件中，用tools→analyze and edit transmembrane proteins→create and edit membrane可以给你的蛋白添加一个非常简单的膜。就两个平面，两个平面之间是细胞膜内，两边分别是胞内和胞外。不知道 ...

现在需要用amber做，可是不知道怎么实现，有点恼火
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科研就是讨论出来的
6楼2010-09-08 14:40:24
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