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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » Gromacs/Amber/NAMD » 【求助成功】自己建了一个GRO FILE，运行的时候出现这个问题
北京石油化工学院2026年研究生招生接收调剂公告
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zyj8119

木虫 (著名写手)

[交流] 【求助成功】自己建了一个GRO FILE，运行的时候出现这个问题 已有1人参与

TITLE                                       
29                               
1MOL        NR5*        1        -1.028        -1.752        -1.513
1MOL        CH1        2        -0.235        -2.862        -1.279
1MOL        CH1        3        1.033        -2.404        -1.049
1MOL        NR5*        4        0.991        -1.025        -1.141
1MOL        CH1        5        -0.267        -0.648        -1.419
1MOL        CH3        6        -2.476        -1.763        -1.738
1MOL        H        7        -0.638        -3.868        -1.287
1MOL        H        8        1.949        -2.937        -0.823
1MOL        H        9        -0.6        0.385        -1.542
1MOL        CH2        10        2.129        -0.097        -0.968
1MOL        CH2        11        2.652        0.445        -2.297
1MOL        H        12        2.906        -0.658        -0.431
1MOL        H        13        1.78        0.712        -0.309
1MOL        H        14        1.832        0.975        -2.805
1MOL        H        15        2.957        -0.394        -2.944
1MOL        H        16        -2.994        -1.925        -0.785
1MOL        H        17        -2.72        -2.557        -2.453
1MOL        H        18        -2.781        -0.79        -2.133
1MOL        CH3        19        3.822        1.404        -2.075
1MOL        H        20        3.519        2.256        -1.45
1MOL        H        21        4.176        1.805        -3.035
1MOL        H        22        4.671        0.904        -1.585
2MOL        AL        23        -1.33        2.539        0.413
2MOL        CL-        24        -1.947        4.416        1.218
2MOL        CL-        25        -0.459        2.767        -1.599
2MOL        CL-        26        -2.993        1.14        0.18
2MOL        CL-        27        0.191        1.553        1.626
下面是TOP文件
;       File 'sys.top' was generated
;       By user: zhu (503)
;       On host: apollo2
;       At date: Wed Mar 12 15:48:05 2008
;
;       This is your topology file
;       DRG
;
; Include forcefield parameters
#include "ffG53a6.itp"

; Include water topology
#include "spce.itp"

#ifdef POSRES_WATER
; Position restraint for each water oxygen
[ position_restraints ]
;  i funct       fcx        fcy        fcz
   1    1       1000       1000       1000
#endif

; Include generic topology for ions
#include "ions.itp"

[ system ]
; Name
aok in water

[ molecules ]
; Compound        #mols
molecule              1

为什么输入grompp命令最小化能量以后，出现这个问题？

creating statusfile for 1 node...
' for variable optimize_fft, using 'no'
Next time use one of: 'no' 'yes'

Back Off! I just backed up mdout.mdp to ./#mdout.mdp.2#
checking input for internal consistency...
calling /lib/cpp...
processing topology...
Generated 165 of the 1596 non-bonded parameter combinations
Cleaning up temporary file grompps5tTct
-------------------------------------------------------
Program grompp, VERSION 3.3.1
Source code file: toppush.c, line: 1293

Fatal error:
No such moleculetype molecule

[ Last edited by zyj8119 on 2010-9-9 at 08:26 ]
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好好学习，天天向上。
1楼 2010-04-08 21:31:56
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zyj8119

木虫 (著名写手)
GRO文件是从MS的DPB自己根据GMX的格式建立的。
赞一下 回复此楼
好好学习，天天向上。
2楼2010-04-08 21:48:55
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zyj8119

木虫 (著名写手)
lei0736:晕 2010-04-14 15:22
问题解决了，是因为自己建好的力场没有INCLUDE进去。。。。
赞一下(1人) 回复此楼
好好学习，天天向上。
3楼2010-04-14 15:18:25
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zyj8119

木虫 (著名写手)
此贴结贴。
回复此楼
好好学习，天天向上。
4楼2010-09-09 08:27:26
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