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【求助成功】自己建了一个GRO FILE，运行的时候出现这个问题 已有1人参与
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TITLE 29 1MOL NR5* 1 -1.028 -1.752 -1.513 1MOL CH1 2 -0.235 -2.862 -1.279 1MOL CH1 3 1.033 -2.404 -1.049 1MOL NR5* 4 0.991 -1.025 -1.141 1MOL CH1 5 -0.267 -0.648 -1.419 1MOL CH3 6 -2.476 -1.763 -1.738 1MOL H 7 -0.638 -3.868 -1.287 1MOL H 8 1.949 -2.937 -0.823 1MOL H 9 -0.6 0.385 -1.542 1MOL CH2 10 2.129 -0.097 -0.968 1MOL CH2 11 2.652 0.445 -2.297 1MOL H 12 2.906 -0.658 -0.431 1MOL H 13 1.78 0.712 -0.309 1MOL H 14 1.832 0.975 -2.805 1MOL H 15 2.957 -0.394 -2.944 1MOL H 16 -2.994 -1.925 -0.785 1MOL H 17 -2.72 -2.557 -2.453 1MOL H 18 -2.781 -0.79 -2.133 1MOL CH3 19 3.822 1.404 -2.075 1MOL H 20 3.519 2.256 -1.45 1MOL H 21 4.176 1.805 -3.035 1MOL H 22 4.671 0.904 -1.585 2MOL AL 23 -1.33 2.539 0.413 2MOL CL- 24 -1.947 4.416 1.218 2MOL CL- 25 -0.459 2.767 -1.599 2MOL CL- 26 -2.993 1.14 0.18 2MOL CL- 27 0.191 1.553 1.626 下面是TOP文件 ; File 'sys.top' was generated ; By user: zhu (503) ; On host: apollo2 ; At date: Wed Mar 12 15:48:05 2008 ; ; This is your topology file ; DRG ; ; Include forcefield parameters #include "ffG53a6.itp" ; Include water topology #include "spce.itp" #ifdef POSRES_WATER ; Position restraint for each water oxygen [ position_restraints ] ; i funct fcx fcy fcz 1 1 1000 1000 1000 #endif ; Include generic topology for ions #include "ions.itp" [ system ] ; Name aok in water [ molecules ] ; Compound #mols molecule 1 为什么输入grompp命令最小化能量以后，出现这个问题？ creating statusfile for 1 node... ' for variable optimize_fft, using 'no' Next time use one of: 'no' 'yes' Back Off! I just backed up mdout.mdp to ./#mdout.mdp.2# checking input for internal consistency... calling /lib/cpp... processing topology... Generated 165 of the 1596 non-bonded parameter combinations Cleaning up temporary file grompps5tTct ------------------------------------------------------- Program grompp, VERSION 3.3.1 Source code file: toppush.c, line: 1293 Fatal error: No such moleculetype molecule [ Last edited by zyj8119 on 2010-9-9 at 08:26 ] |
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