| 查看: 558 | 回复: 3 | |||
| 当前只显示满足指定条件的回帖，点击这里查看本话题的所有回帖 | |||
[交流]
【求助成功】自己建了一个GRO FILE，运行的时候出现这个问题 已有1人参与
|
|||
|
TITLE 29 1MOL NR5* 1 -1.028 -1.752 -1.513 1MOL CH1 2 -0.235 -2.862 -1.279 1MOL CH1 3 1.033 -2.404 -1.049 1MOL NR5* 4 0.991 -1.025 -1.141 1MOL CH1 5 -0.267 -0.648 -1.419 1MOL CH3 6 -2.476 -1.763 -1.738 1MOL H 7 -0.638 -3.868 -1.287 1MOL H 8 1.949 -2.937 -0.823 1MOL H 9 -0.6 0.385 -1.542 1MOL CH2 10 2.129 -0.097 -0.968 1MOL CH2 11 2.652 0.445 -2.297 1MOL H 12 2.906 -0.658 -0.431 1MOL H 13 1.78 0.712 -0.309 1MOL H 14 1.832 0.975 -2.805 1MOL H 15 2.957 -0.394 -2.944 1MOL H 16 -2.994 -1.925 -0.785 1MOL H 17 -2.72 -2.557 -2.453 1MOL H 18 -2.781 -0.79 -2.133 1MOL CH3 19 3.822 1.404 -2.075 1MOL H 20 3.519 2.256 -1.45 1MOL H 21 4.176 1.805 -3.035 1MOL H 22 4.671 0.904 -1.585 2MOL AL 23 -1.33 2.539 0.413 2MOL CL- 24 -1.947 4.416 1.218 2MOL CL- 25 -0.459 2.767 -1.599 2MOL CL- 26 -2.993 1.14 0.18 2MOL CL- 27 0.191 1.553 1.626 下面是TOP文件 ; File 'sys.top' was generated ; By user: zhu (503) ; On host: apollo2 ; At date: Wed Mar 12 15:48:05 2008 ; ; This is your topology file ; DRG ; ; Include forcefield parameters #include "ffG53a6.itp" ; Include water topology #include "spce.itp" #ifdef POSRES_WATER ; Position restraint for each water oxygen [ position_restraints ] ; i funct fcx fcy fcz 1 1 1000 1000 1000 #endif ; Include generic topology for ions #include "ions.itp" [ system ] ; Name aok in water [ molecules ] ; Compound #mols molecule 1 为什么输入grompp命令最小化能量以后，出现这个问题？ creating statusfile for 1 node... ' for variable optimize_fft, using 'no' Next time use one of: 'no' 'yes' Back Off! I just backed up mdout.mdp to ./#mdout.mdp.2# checking input for internal consistency... calling /lib/cpp... processing topology... Generated 165 of the 1596 non-bonded parameter combinations Cleaning up temporary file grompps5tTct ------------------------------------------------------- Program grompp, VERSION 3.3.1 Source code file: toppush.c, line: 1293 Fatal error: No such moleculetype molecule [ Last edited by zyj8119 on 2010-9-9 at 08:26 ] |
回复此楼» 猜你喜欢
急需审稿人！！！
已经有3人回复
-
申博/考博
已经有8人回复
-
一志愿A区211，22408 321求调剂
已经有8人回复
-
295分求调剂
已经有6人回复
-
一志愿中科大材料与化工，353分还有调剂学校吗
已经有13人回复
-
085600材料与化工调剂
已经有6人回复
-
期刊推荐
已经有5人回复
-
有没有接收比较快的sci期刊呀，最好在一个月之内的，研三孩子求毕业
已经有7人回复
-
又一批高校组建人工智能学院 师资行吗 不是骗人吗
已经有4人回复
-
337求调剂
已经有3人回复
» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
- 关于崩解剂的问题，怎么缩短崩解时间
已经有12人回复
- 博后问题？
已经有13人回复
- 高斯安装成功，运行提示出错。
已经有10人回复
- suzuki反应做光电聚合物后处理出现问题
已经有9人回复
- 酰胺稳定性的问题
已经有14人回复
- 聚合物溶解问题
已经有25人回复
- 反应器稳定运行期间 怎么翻译？
已经有3人回复
- 急求关于薄膜与涂层的问题
已经有7人回复
- PVDF超滤膜的制备出现的问题
已经有7人回复
- 有关点板的问题，不知道是算没分开还是拖尾啊
已经有4人回复
- 关于酶的问题，有一些常识问题，但隔行如隔山啊！
已经有4人回复
- 关于克里金插值问题
已经有9人回复
- ABAQUS安装成功后，运行出现问题，请大家帮忙看一下
已经有14人回复
- gromacs模拟离子液体，建立gro文件
已经有5人回复
- 【原创】在gromacs的gro中插入小分子
已经有12人回复
3楼2010-04-14 15:18:25
2楼2010-04-08 21:48:55
5