| 查看: 504 | 回复: 0 | |||
[交流]
【求助】大家帮忙看看是否达到了平衡了
|
|
现在正在学习用DS跑动力学 初学，不大会跑动力学，所以我选择的是Standard Dynamics cascade. 也应该还有其它的分步跑的方法，因为我不会，也是怕麻烦，就没有那样做， 只能求助各位师兄姐的帮助了，请多多关照，给点意见！ 1 首先我用Standard Dynamics cascade来做，发现好象结果只能显示到Production的过程。 好像只能对Production的结果做图，首先是这样的吗，反正我现在是这样的结果，呵呵。 2 我的蛋白是同源建模后的结果，同源性在60%左右，想看看这个蛋白动力学后的结构，下面是我的设定：步长都是0.001PS, 用了总共1NS A 首先固定蛋白，优化水和离子2000步，然后放开体系，优化整个2000步 B 加热，从0-300K，我用了50PS，这一步只对蛋白用50的力固定 C Equilibration过程用了800PS,没有固定,放开体系,维持目标温度300K,压力恒定. D Production过程我只用了150PS，在NVT下都是默认的参数跑，没有固定限制体系。 E SHAKE算法，我选择假，用的PME默认参数来算。 最后结果，能量图，我不知道是否有错误，平衡了没有。。感觉从0时刻开始就是Production过程了  |
回复此楼» 猜你喜欢
288环境专硕,求调材料方向
已经有39人回复
-
353求调剂
已经有4人回复
-
一志愿211电子信息347求调剂
已经有3人回复
-
323求调剂
已经有4人回复
-
285求调剂
已经有7人回复
-
一志愿211，化学学硕，310分，本科重点双非，求调剂
已经有9人回复
-
22408 266求调剂
已经有4人回复
-
313求调剂
已经有3人回复
-
305求调剂
已经有3人回复
-
求调剂
已经有11人回复
找到一些相关的精华帖子，希望有用哦~
大家帮忙看看应该怎么办？
已经有7人回复
- 大家帮忙看看，这样的参考文献是否会太旧？
已经有9人回复
- 大家帮忙看看这种情况应该如何处理！
已经有5人回复
- 大家帮忙看看编辑回信，什么意思啊
已经有4人回复
- 大家帮忙看看这山地的情况，怎么利用比较合适，非常感谢！
已经有26人回复
- 审稿意见，大家帮忙看看
已经有8人回复
- 【讨论】用DS跑了个动力学，大家看是否达到平衡了！
已经有7人回复
- 大家帮忙看看，怎么回答，谢谢。
已经有11人回复
- 【求助】50金币求助，金属间界面和金属氧化物间界面模型怎么建立？
已经有30人回复
点击这里搜索更多相关资源科研从小木虫开始，人人为我，我为人人
