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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » DS/Sybyl/Autodock » 【讨论】用DS跑了个动力学，大家看是否达到平衡了！
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gytjyb

新虫 (小有名气)

[交流] 【讨论】用DS跑了个动力学，大家看是否达到平衡了！ 已有6人参与

现在正在学习用DS跑动力学
初学，不大会跑动力学，所以我选择的是Standard Dynamics cascade.
也应该还有其它的分步跑的方法，因为我不会，也是怕麻烦，就没有那样做，
只能求助各位师兄姐的帮助了，请多多关照，给点意见！

1 首先我用Standard Dynamics cascade来做，发现好象结果只能显示到Production的过程。
   好像只能对Production的结果做图，首先是这样的吗，反正我现在是这样的结果，呵呵。
2 我的蛋白是同源建模后的结果，同源性在60%左右，想看看这个蛋白动力学后的结构，下面是我的设定：步长都是0.001PS, 用了总共1NS
   A 首先固定蛋白，优化水和离子2000步，然后放开体系，优化整个2000步
   B 加热，从0-300K，我用了50PS，这一步只对蛋白用50的力固定
   C Equilibration过程用了800PS,没有固定,放开体系,维持目标温度300K,压力恒定.
   D Production过程我只用了150PS，在NVT下都是默认的参数跑，没有固定限制体系。
   E SHAKE算法，我选择假，用的PME默认参数来算。
最后结果，能量图，我不知道是否有错误，平衡了没有。。感觉从0时刻开始就是Production过程了
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1楼 2010-08-16 11:14:14
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wdali

金虫 (正式写手)
★
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小弟新手，看的不大懂
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统治这个世界的是想象力
2楼2010-09-07 09:12:51
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jhonsmith001

金虫 (小有名气)
★ ★
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zh1987hs(金币+1):谢谢 2010-09-23 09:26:46
平衡了，后面的曲线显示能量稳定
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3楼2010-09-20 21:42:13
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xppcomeon

捐助贵宾 (正式写手)
★
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看看学习
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4楼2010-09-22 23:48:51
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417749152

木虫 (小有名气)
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zh1987hs(金币+1):鼓励交流 2010-11-22 14:37:33
你的蛋白有没有散掉？我这样跑的时候蛋白经常散掉。
赞一下(2人) 回复此楼
5楼2010-11-22 10:12:42
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arthurii

木虫 (正式写手)
★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
不能单纯看能量吧，还得看看结构
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6楼2010-11-22 16:37:05
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chemozhang

木虫 (正式写手)
帖子真精彩!
已经收录到淘贴专辑《Discovery Studio 常见问题及使用教程》
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故地如重游月圆更寂寞
7楼2011-09-05 20:03:39
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匿名

用户注销 (小有名气)
本帖仅楼主可见
8楼2020-03-04 23:16:45
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