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【讨论】用DS跑了个动力学，大家看是否达到平衡了！已有6人参与
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现在正在学习用DS跑动力学 初学，不大会跑动力学，所以我选择的是Standard Dynamics cascade. 也应该还有其它的分步跑的方法，因为我不会，也是怕麻烦，就没有那样做， 只能求助各位师兄姐的帮助了，请多多关照，给点意见！ 1 首先我用Standard Dynamics cascade来做，发现好象结果只能显示到Production的过程。 好像只能对Production的结果做图，首先是这样的吗，反正我现在是这样的结果，呵呵。 2 我的蛋白是同源建模后的结果，同源性在60%左右，想看看这个蛋白动力学后的结构，下面是我的设定：步长都是0.001PS, 用了总共1NS A 首先固定蛋白，优化水和离子2000步，然后放开体系，优化整个2000步 B 加热，从0-300K，我用了50PS，这一步只对蛋白用50的力固定 C Equilibration过程用了800PS,没有固定,放开体系,维持目标温度300K,压力恒定. D Production过程我只用了150PS，在NVT下都是默认的参数跑，没有固定限制体系。 E SHAKE算法，我选择假，用的PME默认参数来算。 最后结果，能量图，我不知道是否有错误，平衡了没有。。感觉从0时刻开始就是Production过程了  |
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arthurii
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6楼2010-11-22 16:37:05