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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » Gromacs/Amber/NAMD » 【求助】PDB文件的处理
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zhuzhilin

新虫 (初入文坛)
★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
ghcacj(金币+1):谢谢 2010-07-05 15:05:34
去H就可以了，amber里自动加H。
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11楼2010-07-02 18:00:48
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licaiqin

铜虫 (小有名气)
引用回帖:
Originally posted by zhuzhilin at 2010-07-02 18:00:48:
去H就可以了，amber里自动加H。

谢谢
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12楼2010-07-05 15:01:00
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ope123456789

铜虫 (小有名气)
★ ★ ★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
ghcacj(金币+3):谢谢 2010-07-08 14:12:06
因为你的pdb文件里有非正常残基DA,amber是无法识别的，所以它自动的将这些原子加入库里面，要为这个非正常残基重新定义一套力场，然后加入库中，才能做下去，这要做很多的前期工作啊.依我的观察，你这个应该是一个DNA分子片段的pdb，你的力场没选对，你tleap或xleap后用source leaprc.ff99SB,应该就不会出问题了
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生命在于运动
13楼2010-07-08 11:11:19
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ope123456789

铜虫 (小有名气)
你应该把logfil文件也贴上来啊
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生命在于运动
14楼2010-07-08 11:12:50
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