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北京石油化工学院2026年研究生招生接收调剂公告
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574384607

银虫 (小有名气)

[交流] 【求助】有没有dna库啊? 已有3人参与

大家好,我现在想用dna链,可以从哪里下到啊?就像蛋白质从pdb数据库里下一样,要是有的话,给发个链接过来吧
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zhuhongaaa

金虫 (正式写手)

★ ★
ghcacj(金币+2):谢谢 2010-07-16 18:06:53
574384607(金币+2): 2010-07-16 22:57:10
对于标准双链DNA,自己创建。特殊结构去PDB库或者NDB库
分子模拟的主页http://varmilion.tk/
2楼2010-07-16 17:34:06
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574384607

银虫 (小有名气)

引用回帖:
Originally posted by zhuhongaaa at 2010-07-16 17:34:06:
对于标准双链DNA,自己创建。特殊结构去PDB库或者NDB库

我不是专门做到dna的,不过现在想建个体系,用到dna,要想获得一定碱基数(不用太多10-20个就可以),单链和双链的,一般可以通过哪些途径获得,或哪些软件网页生成哪?
3楼2010-08-04 10:59:28
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zhixuec

木虫 (著名写手)

★ ★
lei0736(金币+2):谢谢 2010-08-04 14:42:10
DNA文库一般要自己构建的,或者你实验室已经构建过的,你可以直接拿过来用

不知道你是用于什么目的的,说的不是太清楚,你可以根据实验目的人工合成DNA双链
酷爱の族
4楼2010-08-04 11:21:34
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574384607

银虫 (小有名气)

引用回帖:
Originally posted by zhixuec at 2010-08-04 11:21:34:
DNA文库一般要自己构建的,或者你实验室已经构建过的,你可以直接拿过来用

不知道你是用于什么目的的,说的不是太清楚,你可以根据实验目的人工合成DNA双链

我想用它来建体系做一些动力学模拟,我是学物理的,我们这以前没做这个的,也没用过做生物软件的,特地问问大家,我想先做做单链的、碱基数目少点的,单链的比较小做起来可能相对容易些,然后再做双联的看看
想问问有没有比较好学的软件,能建起dna链来就足够用了
5楼2010-08-04 14:34:55
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zhuhongaaa

金虫 (正式写手)

★ ★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包,谢谢回帖交流
ghcacj(金币+2):谢谢 2010-08-05 09:58:12
引用回帖:
Originally posted by 574384607 at 2010-08-04 10:59:28:

我不是专门做到dna的,不过现在想建个体系,用到dna,要想获得一定碱基数(不用太多10-20个就可以),单链和双链的,一般可以通过哪些途径获得,或哪些软件网页生成哪?

amber
tinker都可以做到。
贴个我自己写的教程吧
http://zhuhong.freetzi.com/wordpress/?p=52

[ Last edited by zhuhongaaa on 2010-8-5 at 09:19 ]
分子模拟的主页http://varmilion.tk/
6楼2010-08-05 09:17:23
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574384607

银虫 (小有名气)

引用回帖:
Originally posted by zhuhongaaa at 2010-08-05 09:17:23:

amber
tinker都可以做到。
贴个我自己写的教程吧
http://zhuhong.freetzi.com/wordpress/?p=52

[ Last edited by zhuhongaaa on 2010-8-5 at 09:19 ]

谢谢,这个应该在windows下就能运行吧?
7楼2010-08-05 09:33:29
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574384607

银虫 (小有名气)

引用回帖:
Originally posted by zhuhongaaa at 2010-08-05 09:17:23:

amber
tinker都可以做到。
贴个我自己写的教程吧
http://zhuhong.freetzi.com/wordpress/?p=52

[ Last edited by zhuhongaaa on 2010-8-5 at 09:19 ]

大侠,不知道用namd和vmd能不能做啊?我现在刚学这两个软件,不过没找到怎么建,好像只能导入
现在正下着tinker,建建试试,谢谢指点
8楼2010-08-05 09:52:35
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574384607

银虫 (小有名气)

引用回帖:
Originally posted by zhuhongaaa at 2010-08-05 09:17:23:

amber
tinker都可以做到。
贴个我自己写的教程吧
http://zhuhong.freetzi.com/wordpress/?p=52

[ Last edited by zhuhongaaa on 2010-8-5 at 09:19 ]

大侠,你好,麻烦你了
我昨天下了个tinker(window的压缩包),解压的时候没有提示安装啊,解压直接是这样的情况了
里面没有别的东西,我是指的力场文件
我用它的时候,就从tinker网页的Force Field Parameter Sets里下了个charmm22.prm 力场,直接双击发现能打开nucleic.exe,然后输入如下:

其中你说的“从5′依次输入碱基”,这个5‘和3’是什么意思啊?
结果得到三个文件


以前没用过这款软件,不知道错误和怎么处理,还请大侠指教啊
9楼2010-08-06 17:31:02
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574384607

银虫 (小有名气)

引用回帖:
Originally posted by zhuhongaaa at 2010-08-05 09:17:23:

amber
tinker都可以做到。
贴个我自己写的教程吧
http://zhuhong.freetzi.com/wordpress/?p=52

[ Last edited by zhuhongaaa on 2010-8-5 at 09:19 ]

大哥,这是我的qq
1171145737,麻烦能给指点一下,多谢多谢
10楼2010-08-06 17:33:45
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