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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » Gromacs/Amber/NAMD » 【求助】有没有dna库啊？
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574384607

银虫 (小有名气)

[交流] 【求助】有没有dna库啊？ 已有3人参与

大家好，我现在想用dna链，可以从哪里下到啊？就像蛋白质从pdb数据库里下一样，要是有的话，给发个链接过来吧
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1楼 2010-07-13 08:12:02
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zhuhongaaa

金虫 (正式写手)
★ ★
ghcacj(金币+2):谢谢 2010-07-16 18:06:53
574384607(金币+2): 2010-07-16 22:57:10
对于标准双链DNA，自己创建。特殊结构去PDB库或者NDB库
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分子模拟的主页http://varmilion.tk/
2楼2010-07-16 17:34:06
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574384607

银虫 (小有名气)
引用回帖:
Originally posted by zhuhongaaa at 2010-07-16 17:34:06:
对于标准双链DNA，自己创建。特殊结构去PDB库或者NDB库

我不是专门做到dna的，不过现在想建个体系，用到dna，要想获得一定碱基数（不用太多10-20个就可以），单链和双链的，一般可以通过哪些途径获得，或哪些软件网页生成哪？
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3楼2010-08-04 10:59:28
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zhixuec

木虫 (著名写手)
★ ★
lei0736(金币+2):谢谢 2010-08-04 14:42:10
DNA文库一般要自己构建的，或者你实验室已经构建过的，你可以直接拿过来用

不知道你是用于什么目的的，说的不是太清楚，你可以根据实验目的人工合成DNA双链
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酷爱の族
4楼2010-08-04 11:21:34
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574384607

银虫 (小有名气)
引用回帖:
Originally posted by zhixuec at 2010-08-04 11:21:34:
DNA文库一般要自己构建的，或者你实验室已经构建过的，你可以直接拿过来用

不知道你是用于什么目的的，说的不是太清楚，你可以根据实验目的人工合成DNA双链

我想用它来建体系做一些动力学模拟，我是学物理的，我们这以前没做这个的，也没用过做生物软件的，特地问问大家，我想先做做单链的、碱基数目少点的，单链的比较小做起来可能相对容易些，然后再做双联的看看
想问问有没有比较好学的软件，能建起dna链来就足够用了
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5楼2010-08-04 14:34:55
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zhuhongaaa

金虫 (正式写手)
★ ★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
ghcacj(金币+2):谢谢 2010-08-05 09:58:12
引用回帖:
Originally posted by 574384607 at 2010-08-04 10:59:28:

我不是专门做到dna的，不过现在想建个体系，用到dna，要想获得一定碱基数（不用太多10-20个就可以），单链和双链的，一般可以通过哪些途径获得，或哪些软件网页生成哪？

amber
tinker都可以做到。
贴个我自己写的教程吧
http://zhuhong.freetzi.com/wordpress/?p=52

[ Last edited by zhuhongaaa on 2010-8-5 at 09:19 ]
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分子模拟的主页http://varmilion.tk/
6楼2010-08-05 09:17:23
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574384607

银虫 (小有名气)
引用回帖:
Originally posted by zhuhongaaa at 2010-08-05 09:17:23:

amber
tinker都可以做到。
贴个我自己写的教程吧
http://zhuhong.freetzi.com/wordpress/?p=52

[ Last edited by zhuhongaaa on 2010-8-5 at 09:19 ]

谢谢，这个应该在windows下就能运行吧？
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7楼2010-08-05 09:33:29
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574384607

银虫 (小有名气)
引用回帖:
Originally posted by zhuhongaaa at 2010-08-05 09:17:23:

amber
tinker都可以做到。
贴个我自己写的教程吧
http://zhuhong.freetzi.com/wordpress/?p=52

[ Last edited by zhuhongaaa on 2010-8-5 at 09:19 ]

大侠，不知道用namd和vmd能不能做啊？我现在刚学这两个软件，不过没找到怎么建，好像只能导入
现在正下着tinker，建建试试，谢谢指点
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8楼2010-08-05 09:52:35
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574384607

银虫 (小有名气)
引用回帖:
Originally posted by zhuhongaaa at 2010-08-05 09:17:23:

amber
tinker都可以做到。
贴个我自己写的教程吧
http://zhuhong.freetzi.com/wordpress/?p=52

[ Last edited by zhuhongaaa on 2010-8-5 at 09:19 ]

大侠，你好，麻烦你了
我昨天下了个tinker（window的压缩包），解压的时候没有提示安装啊，解压直接是这样的情况了
里面没有别的东西，我是指的力场文件
我用它的时候，就从tinker网页的Force Field Parameter Sets里下了个charmm22.prm 力场，直接双击发现能打开nucleic.exe，然后输入如下：

其中你说的“从5′依次输入碱基”，这个5‘和3’是什么意思啊？
结果得到三个文件


以前没用过这款软件，不知道错误和怎么处理，还请大侠指教啊
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9楼2010-08-06 17:31:02
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574384607

银虫 (小有名气)
引用回帖:
Originally posted by zhuhongaaa at 2010-08-05 09:17:23:

amber
tinker都可以做到。
贴个我自己写的教程吧
http://zhuhong.freetzi.com/wordpress/?p=52

[ Last edited by zhuhongaaa on 2010-8-5 at 09:19 ]

大哥，这是我的qq
1171145737，麻烦能给指点一下，多谢多谢
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10楼2010-08-06 17:33:45
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