应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 生物科学 » 【求助/交流】玉米基因组库
81/1返回列表
查看: 865  |  回复: 7
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看

linhengmi

金虫 (小有名气)

[交流] 【求助/交流】玉米基因组库

请问怎么把玉米氨基酸序列转变成核酸序列的？有谁用过玉米基因组库的？能告诉我blast的结果怎么看吗？
回复此楼

» 猜你喜欢

» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:

» 抢金币啦！回帖就可以得到:

查看全部散金贴
1楼 2011-03-28 16:53:51
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

xp198766

铁杆木虫 (著名写手)
linhengmi(金币+1): 2011-03-28 19:44:13
用tblastn，http://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Bl ... mp;LAST_PAGE=blastn
选择物种为Zea mays试试，玉米我没玩过……
赞一下 回复此楼
2楼2011-03-28 17:48:11
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

linhengmi

金虫 (小有名气)
引用回帖:
Originally posted by xp198766 at 2011-03-28 17:48:11:
用tblastn，[url]http://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi?PROGRAM=tblastn&BLAST_PROGRAMS=tblastn&PAGE_TYPE=BlastSearch&SHOW_DEFAULTS=on&BLAST_SPEC=&LINK_LOC=blasttab&LAST_PAGE ...

我是想把氨基酸序列翻译成核酸序列，不是blast，不过还是谢谢你！按你的方法blast出来的序列太多，不太好挑。
赞一下 回复此楼
3楼2011-03-28 19:46:00
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

xp198766

铁杆木虫 (著名写手)
linhengmi(金币+1): 2011-03-29 10:27:21
我觉得没有参照的翻译，得到的序列也不准吧，有个BLAST参照，翻译出来的结果不是准确些吗？
赞一下 回复此楼
4楼2011-03-28 21:05:01
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

linhengmi

金虫 (小有名气)
可是我是刚开始接触生物信息学，对于这个我还是有很多不懂的，我的玉米序列只是测序过的，并不是克隆出来的，在ncbi上还没注册！但可以和玉米基因组对比看相似性多少才能进行下一步，我现在就是看不懂玉米基因组库的blast结果，网上也没找到相关说明
赞一下 回复此楼
5楼2011-03-29 10:32:00
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

xp198766

铁杆木虫 (著名写手)
BLAST结果网页下面就是显示的有相似度，覆盖度，位置等信息的，你好好看看吧
赞一下 回复此楼
6楼2011-03-29 10:36:03
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

linhengmi

金虫 (小有名气)
reasonspare: 不是没有人给你信息。首先你应该将问题表达清楚：你在5楼：我的玉米序列只是测序过的，并不是克隆出来的，显然你已经有了NT序列。或者你拿到的是蛋白序列（我会有同样的问题：既然你确定没有nt序列，你怎么得到的蛋白序列，难道是De Novo,质谱结果，如果是后者，请说明） 2011-04-13 11:26:24
都没有人来给我送来我最需要的信息，麻烦楼主撤掉吧
赞一下(1人) 回复此楼
7楼2011-04-13 10:24:53
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

linhengmi

金虫 (小有名气)
是后者，在ncbi上还没有登陆，目前只有氨基酸序列，我想把它转换成核酸序列
还有Maize GDB的比对结果怎么看啊？谢谢
赞一下 回复此楼
8楼2011-04-13 17:29:53
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 linhengmi 的主题更新
81/1返回列表
普通表情 龙 兔 虎 猫 高级回复 (可上传附件)
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭