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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 生物科学 » 【求助/交流】玉米基因组库
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linhengmi

金虫 (小有名气)

[交流] 【求助/交流】玉米基因组库

请问怎么把玉米氨基酸序列转变成核酸序列的？有谁用过玉米基因组库的？能告诉我blast的结果怎么看吗？
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1楼 2011-03-28 16:53:51
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xp198766

铁杆木虫 (著名写手)
linhengmi(金币+1): 2011-03-28 19:44:13
用tblastn，http://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Bl ... mp;LAST_PAGE=blastn
选择物种为Zea mays试试，玉米我没玩过……
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2楼2011-03-28 17:48:11
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linhengmi

金虫 (小有名气)
引用回帖:
Originally posted by xp198766 at 2011-03-28 17:48:11:
用tblastn，[url]http://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi?PROGRAM=tblastn&BLAST_PROGRAMS=tblastn&PAGE_TYPE=BlastSearch&SHOW_DEFAULTS=on&BLAST_SPEC=&LINK_LOC=blasttab&LAST_PAGE ...

我是想把氨基酸序列翻译成核酸序列，不是blast，不过还是谢谢你！按你的方法blast出来的序列太多，不太好挑。
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3楼2011-03-28 19:46:00
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xp198766

铁杆木虫 (著名写手)
linhengmi(金币+1): 2011-03-29 10:27:21
我觉得没有参照的翻译，得到的序列也不准吧，有个BLAST参照，翻译出来的结果不是准确些吗？
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4楼2011-03-28 21:05:01
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linhengmi

金虫 (小有名气)
可是我是刚开始接触生物信息学，对于这个我还是有很多不懂的，我的玉米序列只是测序过的，并不是克隆出来的，在ncbi上还没注册！但可以和玉米基因组对比看相似性多少才能进行下一步，我现在就是看不懂玉米基因组库的blast结果，网上也没找到相关说明
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5楼2011-03-29 10:32:00
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xp198766

铁杆木虫 (著名写手)
BLAST结果网页下面就是显示的有相似度，覆盖度，位置等信息的，你好好看看吧
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6楼2011-03-29 10:36:03
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linhengmi

金虫 (小有名气)
reasonspare: 不是没有人给你信息。首先你应该将问题表达清楚：你在5楼：我的玉米序列只是测序过的，并不是克隆出来的，显然你已经有了NT序列。或者你拿到的是蛋白序列（我会有同样的问题：既然你确定没有nt序列，你怎么得到的蛋白序列，难道是De Novo,质谱结果，如果是后者，请说明） 2011-04-13 11:26:24
都没有人来给我送来我最需要的信息，麻烦楼主撤掉吧
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7楼2011-04-13 10:24:53
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linhengmi

金虫 (小有名气)
是后者，在ncbi上还没有登陆，目前只有氨基酸序列，我想把它转换成核酸序列
还有Maize GDB的比对结果怎么看啊？谢谢
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8楼2011-04-13 17:29:53
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