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linhengmi

金虫 (小有名气)


[交流] 【求助/交流】玉米基因组库

请问怎么把玉米氨基酸序列转变成核酸序列的?有谁用过玉米基因组库的?能告诉我blast的结果怎么看吗?
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xp198766

铁杆木虫 (著名写手)


linhengmi(金币+1): 2011-03-28 19:44:13
用tblastn,http://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Bl ... mp;LAST_PAGE=blastn
选择物种为Zea mays试试,玉米我没玩过……
2楼2011-03-28 17:48:11
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linhengmi

金虫 (小有名气)


引用回帖:
Originally posted by xp198766 at 2011-03-28 17:48:11:
用tblastn,[url]http://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi?PROGRAM=tblastn&BLAST_PROGRAMS=tblastn&PAGE_TYPE=BlastSearch&SHOW_DEFAULTS=on&BLAST_SPEC=&LINK_LOC=blasttab&LAST_PAGE ...

我是想把氨基酸序列翻译成核酸序列,不是blast,不过还是谢谢你!按你的方法blast出来的序列太多,不太好挑。
3楼2011-03-28 19:46:00
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xp198766

铁杆木虫 (著名写手)


linhengmi(金币+1): 2011-03-29 10:27:21
我觉得没有参照的翻译,得到的序列也不准吧,有个BLAST参照,翻译出来的结果不是准确些吗?
4楼2011-03-28 21:05:01
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linhengmi

金虫 (小有名气)


可是我是刚开始接触生物信息学,对于这个我还是有很多不懂的,我的玉米序列只是测序过的,并不是克隆出来的,在ncbi上还没注册!但可以和玉米基因组对比看相似性多少才能进行下一步,我现在就是看不懂玉米基因组库的blast结果,网上也没找到相关说明
5楼2011-03-29 10:32:00
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xp198766

铁杆木虫 (著名写手)


BLAST结果网页下面就是显示的有相似度,覆盖度,位置等信息的,你好好看看吧
6楼2011-03-29 10:36:03
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linhengmi

金虫 (小有名气)


reasonspare: 不是没有人给你信息。首先你应该将问题表达清楚:你在5楼:我的玉米序列只是测序过的,并不是克隆出来的,显然你已经有了NT序列。或者你拿到的是蛋白序列(我会有同样的问题:既然你确定没有nt序列,你怎么得到的蛋白序列,难道是De Novo,质谱结果,如果是后者,请说明) 2011-04-13 11:26:24
都没有人来给我送来我最需要的信息,麻烦楼主撤掉吧
7楼2011-04-13 10:24:53
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linhengmi

金虫 (小有名气)


是后者,在ncbi上还没有登陆,目前只有氨基酸序列,我想把它转换成核酸序列
还有Maize GDB的比对结果怎么看啊?谢谢
8楼2011-04-13 17:29:53
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