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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » Gromacs/Amber/NAMD » 【求助】请问Amber是不是不能做含金属的体系
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ter20

铁杆木虫 (正式写手)

[交流] 【求助】请问Amber是不是不能做含金属的体系 已有2人参与

想模拟金表面的肽链的行为，不知道Amber能不能处理金原子？谢谢！
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1楼 2010-07-22 15:19:11
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ope123456789

铜虫 (小有名气)
★ ★ ★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
雪狼乖乖(金币+3):谢谢 2010-07-24 23:44:25
能，不过非常难做，你要计算金与有机原子连接时的力常数，还有金原子的范德华半径，还有附近分子的resp电荷，之后你才能生成拓扑文件用于下一步计算
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生命在于运动
2楼2010-07-24 22:25:45
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ter20

铁杆木虫 (正式写手)
引用回帖:
Originally posted by ope123456789 at 2010-07-24 22:25:45:
能，不过非常难做，你要计算金与有机原子连接时的力常数，还有金原子的范德华半径，还有附近分子的resp电荷，之后你才能生成拓扑文件用于下一步计算

非常感谢，最后还是打算用MS的cvff力场做了
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3楼2010-07-25 21:01:16
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