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Eroica3139银虫 (小有名气)
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【求助】ptraj能计算两个苯平面间的角度吗已有2人参与
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请问各位Amber高手，ptraj中是否有参数可以计算两个平面间角度？或者通过间接计算其他参数的方法。例如两个苯平面间的夹角。常用的计算键转角的二面角参数并不能达到这个要求。先行感谢了！ 另外我在amber9的sander最小化计算中，想使用ibelly = 1的设定，但是每次都无法成功，如下报错。我的ntc = 1, ntf =1 ,ntb = 0，其他值也试过。不知道有哪些需要相应需要改变的参数。请给予指教。谢谢！ NSTEP ENERGY RMS GMAX NAME NUMBER 1 0.0000E+00 NaN 0.0000E+00 N 1 BOND = 0.0000 ANGLE = 0.0000 DIHED = 0.0000 VDWAALS = 0.0000 EEL = 0.0000 HBOND = 0.0000 1-4 VDW = 0.0000 1-4 EEL = 0.0000 RESTRAINT = 0.0000 .... RESTARTED DUE TO LINMIN FAILURE ... .... RESTARTED DUE TO LINMIN FAILURE ... .... RESTARTED DUE TO LINMIN FAILURE ... .... RESTARTED DUE TO LINMIN FAILURE ... |
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小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
ghcacj(金币+1):谢谢 2010-07-26 20:43:39
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2楼2010-07-26 17:10:59
Eroica3139
银虫 (小有名气)
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