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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » Gromacs/Amber/NAMD » 【求助】add solvent box问题
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574384607

银虫 (小有名气)

[交流] 【求助】add solvent box问题 已有2人参与

extensions下有个add solvent box，我想给我的体系加个周期性水盒子
我是这样做的，先将体系的psf、pdb文件导入，有add solvent box进行solvent设置，我只是在box padding设置的min、max，别的默认，生成了一个solvent。和psf、pdb文件，但是我单独打开solvent文件时，发现只是一个水盒子，原来的分子体系并没有包含在其中
我想请教，这样做哪里出了错？
是不是应该把原来的分子和水盒子进行合并？
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1楼 2010-08-01 20:34:01
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夏天的鱼

木虫 (小有名气)
★
ghcacj(金币+1):谢谢 2010-08-02 08:55:06
574384607(金币+1): 2010-08-02 11:01:27
我觉得你应该在vmd里打开看一下
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科研就是讨论出来的
2楼2010-08-02 08:46:27
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574384607

银虫 (小有名气)
引用回帖:
Originally posted by 夏天的鱼 at 2010-08-02 08:46:27:
我觉得你应该在vmd里打开看一下

我已经在vmd中打开看了，我今天看了好像是o位出了问题，还没改改看
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3楼2010-08-02 11:02:57
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