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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » Gromacs/Amber/NAMD » 【讨论】哪个模拟软件国外比较认可
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夏天的鱼

木虫 (小有名气)
lei0736:请勿多次回复 2010-09-10 09:48:14
引用回帖:
Originally posted by ghcacj at 2010-01-25 12:15:24:
其实选择软件，主要是看是否合适自己的体系，还有就是是否有人在用这个，一般情况下，不会对哪个软件有歧视，因为只要这个软件是经过大量实践检验，是可靠的，一般都会认可，这个你不必过于担心。老外的想法我们不 ...

请问一下高手，amber是不是不可以做蛋白嵌入磷脂层的体系？
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科研就是讨论出来的
11楼2010-09-10 08:52:36
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alexfk1226

木虫 (小有名气)
★
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请教高手，蛋白和一些小分子氨基酸或者金属配基的动力学应该用什么软件？
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12楼2010-09-12 17:11:39
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mingyf

金虫 (小有名气)
★ ★
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ghcacj(金币+1):谢谢 2010-11-01 09:24:54
引用回帖:
Originally posted by 夏天的鱼 at 2010-09-10 08:52:36:

请问一下高手，amber是不是不可以做蛋白嵌入磷脂层的体系？

只要amber有针对磷脂层分子的力场文件你就可以用amber算，gromacs就可以啊！
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13楼2010-11-01 09:19:39
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wally8962

木虫 (著名写手)
引用回帖:
Originally posted by 夏天的鱼 at 2010-09-10 08:52:36:

请问一下高手，amber是不是不可以做蛋白嵌入磷脂层的体系？

读过这样的文章
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14楼2010-11-02 23:36:28
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夏天的鱼

木虫 (小有名气)
★
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引用回帖:
Originally posted by wally8962 at 2010-11-02 23:36:28:

读过这样的文章

请问一下，您看到的文章是用Amber做的吗？
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科研就是讨论出来的
15楼2010-11-03 10:27:47
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夏天的鱼

木虫 (小有名气)
引用回帖:
Originally posted by mingyf at 2010-11-01 09:19:39:




只要amber有针对磷脂层分子的力场文件你就可以用amber算，gromacs就可以啊！

主要是一直都是用amber做的，只有这个体系需要加磷脂层，所以想请教一下，怎么找到磷脂对应的力场呢？
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科研就是讨论出来的
16楼2010-11-03 10:29:02
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wally8962

木虫 (著名写手)
★ ★
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ghcacj(金币+1):谢谢 2010-11-03 12:36:58
引用回帖:
Originally posted by 夏天的鱼 at 2010-11-03 10:27:47:

请问一下，您看到的文章是用Amber做的吗？

是用amber。不过我记忆有误，他们是用烷来模拟磷脂
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17楼2010-11-03 11:01:15
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mingyf

金虫 (小有名气)
★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
引用回帖:
Originally posted by 夏天的鱼 at 2010-11-03 10:29:02:

主要是一直都是用amber做的，只有这个体系需要加磷脂层，所以想请教一下，怎么找到磷脂对应的力场呢？

amber做磷脂的力场我不知道，只知道gromacs有，如果amber有的话应该可以下载，你搜索一下！
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18楼2010-11-03 17:11:48
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jumper158

金虫 (正式写手)
★
ghcacj(金币+1):谢谢 2010-11-14 08:50:00
yong schrodinger
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游走于牛A与牛C之间，谁的青春不苦憋
19楼2010-11-13 19:37:26
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