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夏天的鱼

木虫 (小有名气)

lei0736:请勿多次回复 2010-09-10 09:48:14
引用回帖:
Originally posted by ghcacj at 2010-01-25 12:15:24:
其实选择软件,主要是看是否合适自己的体系,还有就是是否有人在用这个,一般情况下,不会对哪个软件有歧视,因为只要这个软件是经过大量实践检验,是可靠的,一般都会认可,这个你不必过于担心。老外的想法我们不 ...

请问一下高手,amber是不是不可以做蛋白嵌入磷脂层的体系?
科研就是讨论出来的
11楼2010-09-10 08:52:36
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alexfk1226

木虫 (小有名气)


小木虫(金币+0.5):给个红包,谢谢回帖交流
请教高手,蛋白和一些小分子氨基酸或者金属配基的动力学应该用什么软件?
12楼2010-09-12 17:11:39
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mingyf

金虫 (小有名气)

★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包,谢谢回帖交流
ghcacj(金币+1):谢谢 2010-11-01 09:24:54
引用回帖:
Originally posted by 夏天的鱼 at 2010-09-10 08:52:36:

请问一下高手,amber是不是不可以做蛋白嵌入磷脂层的体系?

只要amber有针对磷脂层分子的力场文件你就可以用amber算,gromacs就可以啊!
13楼2010-11-01 09:19:39
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wally8962

木虫 (著名写手)

引用回帖:
Originally posted by 夏天的鱼 at 2010-09-10 08:52:36:

请问一下高手,amber是不是不可以做蛋白嵌入磷脂层的体系?

读过这样的文章
14楼2010-11-02 23:36:28
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夏天的鱼

木虫 (小有名气)


小木虫(金币+0.5):给个红包,谢谢回帖交流
引用回帖:
Originally posted by wally8962 at 2010-11-02 23:36:28:

读过这样的文章

请问一下,您看到的文章是用Amber做的吗?
科研就是讨论出来的
15楼2010-11-03 10:27:47
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夏天的鱼

木虫 (小有名气)

引用回帖:
Originally posted by mingyf at 2010-11-01 09:19:39:




只要amber有针对磷脂层分子的力场文件你就可以用amber算,gromacs就可以啊!

主要是一直都是用amber做的,只有这个体系需要加磷脂层,所以想请教一下,怎么找到磷脂对应的力场呢?
科研就是讨论出来的
16楼2010-11-03 10:29:02
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wally8962

木虫 (著名写手)

★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包,谢谢回帖交流
ghcacj(金币+1):谢谢 2010-11-03 12:36:58
引用回帖:
Originally posted by 夏天的鱼 at 2010-11-03 10:27:47:

请问一下,您看到的文章是用Amber做的吗?

是用amber。不过我记忆有误,他们是用烷来模拟磷脂
17楼2010-11-03 11:01:15
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mingyf

金虫 (小有名气)


小木虫(金币+0.5):给个红包,谢谢回帖交流
引用回帖:
Originally posted by 夏天的鱼 at 2010-11-03 10:29:02:

主要是一直都是用amber做的,只有这个体系需要加磷脂层,所以想请教一下,怎么找到磷脂对应的力场呢?

amber做磷脂的力场我不知道,只知道gromacs有,如果amber有的话应该可以下载,你搜索一下!
18楼2010-11-03 17:11:48
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jumper158

金虫 (正式写手)


ghcacj(金币+1):谢谢 2010-11-14 08:50:00
yong schrodinger
游走于牛A与牛C之间,谁的青春不苦憋
19楼2010-11-13 19:37:26
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