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lyfxie8607

木虫 (著名写手)

[交流] 【讨论】哪个模拟软件国外比较认可 已有5人参与

如题
如果想发文章的话,哪个分子模拟软件是比较容易让那帮老外接受的呢?
有个师兄曾经说过好像Gromacs在美国就不太吃的开,因为gromacs是英国人开发的,美国人很瞧不起,那其他软件呢?论坛里有CPMD,似乎这个软件虽然是免费的,但很少人买账哟。
本人在SD数据库中检索一下,似乎文章数是Amber>Desmond>Gromacs>NAMD>LAMMPS(这么做可能很无聊)。
尽管不同的软件功能上有所区别,但这是不是也反应了些什么。用软件的话还是要有倾向性的好,毕竟发文章的话都是给外国人看的,投其所好嘛。
希望高手们指点一下,哪个软件最受老外欢迎。
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夏天的鱼

木虫 (小有名气)


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Originally posted by lyfxie8607 at 2010-01-24 19:30:30:
如题
如果想发文章的话,哪个分子模拟软件是比较容易让那帮老外接受的呢?
有个师兄曾经说过好像Gromacs在美国就不太吃的开,因为gromacs是英国人开发的,美国人很瞧不起,那其他软件呢?论坛里有CPMD,似乎这个 ...

请问一下高手,amber是不是不可以做蛋白嵌入磷脂层的体系?
科研就是讨论出来的
7楼2010-09-10 08:51:09
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夏天的鱼

木虫 (小有名气)

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Originally posted by lei0736 at 2010-01-24 20:07:56:
看什么领域吧
例如你说的LAMMPS在金属 合金这块应该是最大最强的

请问一下高手,amber是不是不可以做蛋白嵌入磷脂层的体系?
科研就是讨论出来的
8楼2010-09-10 08:51:34
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夏天的鱼

木虫 (小有名气)

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Originally posted by recoli at 2010-01-24 20:11:07:
Gromacs的发源地是荷兰的格罗宁根,现在三个主要作者中两个在瑞典一个在马普所(这个人似乎也去了瑞典?未考证),没听说是英国人开发的啊。Gromacs发的文章JACS和PRL都有,应该没有被美国人瞧不起吧。

CPMD买 ...

请问一下高手,amber是不是不可以做蛋白嵌入磷脂层的体系?
科研就是讨论出来的
9楼2010-09-10 08:51:53
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夏天的鱼

木虫 (小有名气)

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Originally posted by 老虎大王 at 2010-01-25 09:39:37:
看你做的是什么体系,是分子体系?是蛋白质等大分子还是像水啊甲烷这样的小分子,或者是高分子链?离子体系?是水溶液还是熔盐系?沸石类?氧化物体系?固体还是熔体,或是非晶态?金属与合金类?陶瓷类?
另外看 ...

请问一下高手,amber是不是不可以做蛋白嵌入磷脂层的体系?
科研就是讨论出来的
10楼2010-09-10 08:52:05
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夏天的鱼

木虫 (小有名气)

lei0736:请勿多次回复 2010-09-10 09:48:14
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Originally posted by ghcacj at 2010-01-25 12:15:24:
其实选择软件,主要是看是否合适自己的体系,还有就是是否有人在用这个,一般情况下,不会对哪个软件有歧视,因为只要这个软件是经过大量实践检验,是可靠的,一般都会认可,这个你不必过于担心。老外的想法我们不 ...

请问一下高手,amber是不是不可以做蛋白嵌入磷脂层的体系?
科研就是讨论出来的
11楼2010-09-10 08:52:36
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夏天的鱼

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Originally posted by wally8962 at 2010-11-02 23:36:28:

读过这样的文章

请问一下,您看到的文章是用Amber做的吗?
科研就是讨论出来的
15楼2010-11-03 10:27:47
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夏天的鱼

木虫 (小有名气)

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Originally posted by mingyf at 2010-11-01 09:19:39:




只要amber有针对磷脂层分子的力场文件你就可以用amber算,gromacs就可以啊!

主要是一直都是用amber做的,只有这个体系需要加磷脂层,所以想请教一下,怎么找到磷脂对应的力场呢?
科研就是讨论出来的
16楼2010-11-03 10:29:02
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