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lyfxie8607

木虫 (著名写手)

[交流] 【讨论】哪个模拟软件国外比较认可 已有5人参与

如题
如果想发文章的话,哪个分子模拟软件是比较容易让那帮老外接受的呢?
有个师兄曾经说过好像Gromacs在美国就不太吃的开,因为gromacs是英国人开发的,美国人很瞧不起,那其他软件呢?论坛里有CPMD,似乎这个软件虽然是免费的,但很少人买账哟。
本人在SD数据库中检索一下,似乎文章数是Amber>Desmond>Gromacs>NAMD>LAMMPS(这么做可能很无聊)。
尽管不同的软件功能上有所区别,但这是不是也反应了些什么。用软件的话还是要有倾向性的好,毕竟发文章的话都是给外国人看的,投其所好嘛。
希望高手们指点一下,哪个软件最受老外欢迎。
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老虎大王

木虫 (著名写手)

★ ★ ★ ★ ★
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lei0736(金币+4):谢谢 1-25 10:29
看你做的是什么体系,是分子体系?是蛋白质等大分子还是像水啊甲烷这样的小分子,或者是高分子链?离子体系?是水溶液还是熔盐系?沸石类?氧化物体系?固体还是熔体,或是非晶态?金属与合金类?陶瓷类?
另外看你做的是什么研究,研究的是结构?是堆垛与排列?是缺陷?点缺陷、面缺陷还是位错?是表面?是层错?研究的是性质?是热力学性质还是动力学性质,或是力学性质?研究的是过程?是变形过程?力学破坏过程?还是熔化、溶解、结晶、非晶形成过程?
你研究的对象不一样,适合的程序也不一样。不能单看用什么软件发表的文章多。比如生物学中的分子体系的模拟,这个研究领域本身就很庞大,研究的人比较多,用某种相应软件的人自然就比较多。你分析用什么软件发表的文章多,这个数据是不好直接比较的,因为你不同软件的使用群体是不一样的。
5楼2010-01-25 09:39:37
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普通回帖

lei0736

荣誉版主 (职业作家)

优秀版主


小木虫(金币+0.5):给个红包,谢谢回帖交流
看什么领域吧
例如你说的LAMMPS在金属 合金这块应该是最大最强的
2楼2010-01-24 20:07:56
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recoli

金虫 (正式写手)

★ ★ ★ ★ ★ ★
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lei0736(金币+5):谢谢 1-24 20:30
Gromacs的发源地是荷兰的格罗宁根,现在三个主要作者中两个在瑞典一个在马普所(这个人似乎也去了瑞典?未考证),没听说是英国人开发的啊。Gromacs发的文章JACS和PRL都有,应该没有被美国人瞧不起吧。

CPMD买帐的人应该很多吧。至少有很多篇JACS。而CPMD本身的算法就发在PRL上。

NAMD很流行,Amber很好用,DL_POLY很全面,Lammps不熟悉但应该也很强大,这几个软件做MD应该都没有问题。

我觉得LZ应该从自己的需要来选择软件吧,如果做经典MD,可以试试NAMD/VMD,软件本身很强大,而且国内国外用的人都很多,遇到问题也容易寻求帮助。
3楼2010-01-24 20:11:07
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lyfxie8607

木虫 (著名写手)

引用回帖:
Originally posted by recoli at 2010-1-24 20:11:
Gromacs的发源地是荷兰的格罗宁根,现在三个主要作者中两个在瑞典一个在马普所(这个人似乎也去了瑞典?未考证),没听说是英国人开发的啊。Gromacs发的文章JACS和PRL都有,应该没有被美国人瞧不起吧。

CPMD买 ...

受益匪浅
4楼2010-01-24 20:29:27
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ghcacj

荣誉版主 (著名写手)

阿超

优秀版主

★ ★ ★ ★
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lei0736(金币+3):谢谢 1-25 15:58
其实选择软件,主要是看是否合适自己的体系,还有就是是否有人在用这个,一般情况下,不会对哪个软件有歧视,因为只要这个软件是经过大量实践检验,是可靠的,一般都会认可,这个你不必过于担心。老外的想法我们不能以国人的想法来衡量,只要你能保证软件是合法的,加上使用正确,结果就能被承认。
6楼2010-01-25 12:15:24
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夏天的鱼

木虫 (小有名气)


小木虫(金币+0.5):给个红包,谢谢回帖交流
引用回帖:
Originally posted by lyfxie8607 at 2010-01-24 19:30:30:
如题
如果想发文章的话,哪个分子模拟软件是比较容易让那帮老外接受的呢?
有个师兄曾经说过好像Gromacs在美国就不太吃的开,因为gromacs是英国人开发的,美国人很瞧不起,那其他软件呢?论坛里有CPMD,似乎这个 ...

请问一下高手,amber是不是不可以做蛋白嵌入磷脂层的体系?
科研就是讨论出来的
7楼2010-09-10 08:51:09
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夏天的鱼

木虫 (小有名气)

引用回帖:
Originally posted by lei0736 at 2010-01-24 20:07:56:
看什么领域吧
例如你说的LAMMPS在金属 合金这块应该是最大最强的

请问一下高手,amber是不是不可以做蛋白嵌入磷脂层的体系?
科研就是讨论出来的
8楼2010-09-10 08:51:34
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夏天的鱼

木虫 (小有名气)

引用回帖:
Originally posted by recoli at 2010-01-24 20:11:07:
Gromacs的发源地是荷兰的格罗宁根,现在三个主要作者中两个在瑞典一个在马普所(这个人似乎也去了瑞典?未考证),没听说是英国人开发的啊。Gromacs发的文章JACS和PRL都有,应该没有被美国人瞧不起吧。

CPMD买 ...

请问一下高手,amber是不是不可以做蛋白嵌入磷脂层的体系?
科研就是讨论出来的
9楼2010-09-10 08:51:53
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夏天的鱼

木虫 (小有名气)

引用回帖:
Originally posted by 老虎大王 at 2010-01-25 09:39:37:
看你做的是什么体系,是分子体系?是蛋白质等大分子还是像水啊甲烷这样的小分子,或者是高分子链?离子体系?是水溶液还是熔盐系?沸石类?氧化物体系?固体还是熔体,或是非晶态?金属与合金类?陶瓷类?
另外看 ...

请问一下高手,amber是不是不可以做蛋白嵌入磷脂层的体系?
科研就是讨论出来的
10楼2010-09-10 08:52:05
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