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lyfxie8607

木虫 (著名写手)

[交流] 【讨论】哪个模拟软件国外比较认可 已有5人参与

如题
如果想发文章的话,哪个分子模拟软件是比较容易让那帮老外接受的呢?
有个师兄曾经说过好像Gromacs在美国就不太吃的开,因为gromacs是英国人开发的,美国人很瞧不起,那其他软件呢?论坛里有CPMD,似乎这个软件虽然是免费的,但很少人买账哟。
本人在SD数据库中检索一下,似乎文章数是Amber>Desmond>Gromacs>NAMD>LAMMPS(这么做可能很无聊)。
尽管不同的软件功能上有所区别,但这是不是也反应了些什么。用软件的话还是要有倾向性的好,毕竟发文章的话都是给外国人看的,投其所好嘛。
希望高手们指点一下,哪个软件最受老外欢迎。
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夏天的鱼

木虫 (小有名气)

引用回帖:
Originally posted by mingyf at 2010-11-01 09:19:39:




只要amber有针对磷脂层分子的力场文件你就可以用amber算,gromacs就可以啊!

主要是一直都是用amber做的,只有这个体系需要加磷脂层,所以想请教一下,怎么找到磷脂对应的力场呢?
科研就是讨论出来的
16楼2010-11-03 10:29:02
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查看全部 19 个回答

lei0736

荣誉版主 (职业作家)

优秀版主


小木虫(金币+0.5):给个红包,谢谢回帖交流
看什么领域吧
例如你说的LAMMPS在金属 合金这块应该是最大最强的
2楼2010-01-24 20:07:56
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recoli

金虫 (正式写手)

★ ★ ★ ★ ★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包,谢谢回帖交流
lei0736(金币+5):谢谢 1-24 20:30
Gromacs的发源地是荷兰的格罗宁根,现在三个主要作者中两个在瑞典一个在马普所(这个人似乎也去了瑞典?未考证),没听说是英国人开发的啊。Gromacs发的文章JACS和PRL都有,应该没有被美国人瞧不起吧。

CPMD买帐的人应该很多吧。至少有很多篇JACS。而CPMD本身的算法就发在PRL上。

NAMD很流行,Amber很好用,DL_POLY很全面,Lammps不熟悉但应该也很强大,这几个软件做MD应该都没有问题。

我觉得LZ应该从自己的需要来选择软件吧,如果做经典MD,可以试试NAMD/VMD,软件本身很强大,而且国内国外用的人都很多,遇到问题也容易寻求帮助。
3楼2010-01-24 20:11:07
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lyfxie8607

木虫 (著名写手)

引用回帖:
Originally posted by recoli at 2010-1-24 20:11:
Gromacs的发源地是荷兰的格罗宁根,现在三个主要作者中两个在瑞典一个在马普所(这个人似乎也去了瑞典?未考证),没听说是英国人开发的啊。Gromacs发的文章JACS和PRL都有,应该没有被美国人瞧不起吧。

CPMD买 ...

受益匪浅
4楼2010-01-24 20:29:27
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