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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » Gromacs/Amber/NAMD » 【讨论】用syby分子对接 求吉布斯自由能
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gql119

铜虫 (小有名气)

[交流] 【讨论】用syby分子对接 求吉布斯自由能 已有8人参与

用sybyl分子对接小分子和生物大分子后，如何求它们的吉布斯自由能？或软件上如何操作才能得到这个值？l

[ Last edited by gql119 on 2010-4-25 at 11:11 ]
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1楼 2010-04-25 11:09:59
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feng007cn

金虫 (小有名气)
★
gql119(金币+1):谢谢参与
也想知道，顶
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2楼2010-04-25 15:10:54
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tjegg

铁杆木虫 (著名写手)
★ ★
gql119(金币+1):谢谢参与
lei0736(金币+1):谢谢 2010-05-06 20:07:44
我知道如何得到小分子和蛋白相互作用能。是你要的吗？
赞一下(2人) 回复此楼
除了你的亲人，没有人应该对你好，对你好的人，一定要珍惜。
3楼2010-04-25 19:28:50
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gql119

铜虫 (小有名气)
也许是吧，说说你的所求过程或步骤，请教了
赞一下 回复此楼
4楼2010-04-25 20:27:54
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gql119

铜虫 (小有名气)
引用回帖:
Originally posted by tjegg at 2010-04-25 19:28:50:
我知道如何得到小分子和蛋白相互作用能。是你要的吗？

也许是吧，说说你的所求过程或步骤，请教了
赞一下 回复此楼
5楼2010-04-26 09:42:36
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

caohuiming

铜虫 (初入文坛)
★
gql119(金币+1):谢谢参与
引用回帖:
Originally posted by tjegg at 2010-04-25 19:28:50:
我知道如何得到小分子和蛋白相互作用能。是你要的吗？

很想知道   请指教
回复此楼
6楼2010-04-27 14:50:33
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sjsjsj2007

金虫 (著名写手)
★
gql119(金币+1):谢谢参与
我想知道，呀
回复此楼
7楼2010-04-29 21:59:54
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sjsjsj2007

金虫 (著名写手)
★
gql119(金币+1):谢谢参与
希望有高人指点，或才斑主帮助呀
赞一下(1人) 回复此楼
8楼2010-04-29 22:00:35
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caohuiming

铜虫 (初入文坛)
★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
这个帖子咋没下文了呢   版主帮忙解决一下吧
赞一下(1人) 回复此楼
9楼2010-05-04 13:24:22
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雪狼乖乖

木虫 (正式写手)
★ ★ ★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
lei0736(金币+3):谢谢 2010-05-06 20:07:58
你可以运用sybyl得到分子初始构型后,用tripos力场和 Gasteiger  marsili电荷优化分子的几何结构.
之后你再采用Autodock中的Lamarckian遗传算法(LGA)来计算配体与 大分子结合的可能构象,利用Auto2dock软件讨论配体和大分子的之间的作用模式
在对接过程中,考虑化合物的多个构象,结合自由能最低的构象再做进一步的分析
赞一下(2人) 回复此楼
10楼2010-05-06 09:18:32
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