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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » Gromacs/Amber/NAMD » 【讨论】用syby分子对接 求吉布斯自由能
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雪狼乖乖

木虫 (正式写手)

SYBYL 能量计算

★ ★ ★ ★ ★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
ghcacj(金币+5):谢谢 2010-05-06 10:03:59
SYBYLTutorial: Minimizing small molecules
The material presented in this tutorial is based primarily on the material given in the 'Tutorial Manual' of the SYBYL software package. Preface This tutorial higlights the general capabilities of the minimizer. You will use the atropine molecule sketched in the previous tutorial to illustrate some of the features of MAXIMIN2, SYBYL's energy minimizer. From the raw model, two different conformations are optimized, and the results are compared with the conformation found from a crystallographic analyses (E.Kussather & J.Haase, Acta Crystallogr.,Sect.B, 28, 2896 (1972)). After this tutorial you will be able to, a.o.:

    * Measure geometrical features
    * Modify a model geometrically
    * Setup and perform energy calculations
    * Setup and perform optimizations
    * Superimpose structures

Clearing work areas

    * Clear all the molecule and display areas if necessary. BUILD/EDIT >>> ZAP (DELETE) MOLECULE
      If there is more than one molecule on the screen, click ALL, then OK to wipe them all.
    * RESET your screen if necessary. Use the RESET gadget to reset EVERYTHING
      Use the DISPLAY OPTIONS to reset to FULL screen mode.
    * Delete backgrounds, if any: VIEW >>> DELETE ALL BACKGROUNDS

Read molecule 'atropine'

    * Read a raw model of atropine into work area M1: From the FILE >>> READ... menu,
      type ta_demo:atropine_raw.mol2 in the 'File to read' area. (Press OK) Alternatively, you may use your own sketch model of atropine. In that case, choose the name from the 'Files' box. Do make sure 'atropine' is read into workarea M1.

Setting up and submitting the minimization

    * Specify the energy parameters: COMPUTE >>> MINIMIZE...
      Press the MODIFY... button.
      Set the appropriate options to make the Energy dialog box looks like the one in Fig.8. In particular:
      - Select TRIPOS in the Force Field option menu,
      - Select GASTEIGER-HUCKEL in the Charges option menu.
      Press OK.
Fig.8 Energy dialog box
    * The Minimize dialog box reappears. Set some of the minimization options using the Minimize Details dialog box:。。。。。。
    * http://www.cmbi.kun.nl/samsam/tu ... l/tut.minim001.html
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11楼2010-05-06 09:22:45
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gql119

铜虫 (小有名气)
引用回帖:
Originally posted by 雪狼乖乖 at 2010-05-06 09:18:32:
你可以运用sybyl得到分子初始构型后,用tripos力场和 Gasteiger  marsili电荷优化分子的几何结构.
之后你再采用Autodock中的Lamarckian遗传算法(LGA)来计算配体与 大分子结合的可能构象,利用Auto2dock软件讨论配体 ...

不错，谢谢哈
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12楼2010-05-07 11:15:37
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gql119

铜虫 (小有名气)
13楼2010-05-07 12:02:15
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xsfh

木虫 (小有名气)
★
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引用回帖:
Originally posted by tjegg at 2010-04-25 19:28:50:
我知道如何得到小分子和蛋白相互作用能。是你要的吗？

如何能得到呢？
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14楼2010-05-15 08:26:11
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gql119

铜虫 (小有名气)
引用回帖:
Originally posted by 雪狼乖乖 at 2010-05-06 09:18:32:
你可以运用sybyl得到分子初始构型后,用tripos力场和 Gasteiger  marsili电荷优化分子的几何结构.
之后你再采用Autodock中的Lamarckian遗传算法(LGA)来计算配体与 大分子结合的可能构象,利用Auto2dock软件讨论配体 ...

说得很详细，感谢~~~
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15楼2010-10-15 21:30:45
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夏天的鱼

木虫 (小有名气)
★
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引用回帖:
Originally posted by tjegg at 2010-04-25 19:28:50:
我知道如何得到小分子和蛋白相互作用能。是你要的吗？

请教一下，锄禾得到小分子和蛋白相互作用能？O(∩_∩)O谢谢
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科研就是讨论出来的
16楼2010-10-23 09:26:08
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