应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » Gromacs/Amber/NAMD » 【求助】FENE bond potential
51/1返回列表
查看: 999  |  回复: 4
只看楼主@他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看

ruthxu

金虫 (正式写手)

[交流] 【求助】FENE bond potential已有2人参与

在使用FENE bond potential 计算成键作用时，出现如下错误：

Fatal error:
r^2 (9.685505) >= bm^2 (9.000000) in FENE bond between atoms 1111 and 1112

是什么原因？谢谢
回复此楼

» 猜你喜欢

» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
Betterlatethannever!
1楼2010-12-21 14:39:31
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

yahoohoo

铁杆木虫 (著名写手)
★ ★ ★ ★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
zh1987hs(金币+2):thank you 2010-12-21 21:23:05
zh1987hs(金币+2):thank you 2010-12-21 21:23:56
引用回帖:
Originally posted by ruthxu at 2010-12-21 14:39:31:
在使用FENE bond potential 计算成键作用时，出现如下错误：

Fatal error:
r^2 (9.685505) >= bm^2 (9.000000) in FENE bond between atoms 1111 and 1112

是什么原因？谢谢

是否可能是积分步长太大？
赞一下(3人) 回复此楼
2楼2010-12-21 18:56:48
 已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

ruthxu

金虫 (正式写手)
应该不是，不过我也试过了改小积分步长，还是不行！
赞一下 回复此楼
Betterlatethannever!
3楼2010-12-21 19:31:48
 已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

yahoohoo

铁杆木虫 (著名写手)
★ ★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
zh1987hs(金币+2):thank you 2010-12-21 21:23:17
引用回帖:
Originally posted by ruthxu at 2010-12-21 19:31:48:
应该不是，不过我也试过了改小积分步长，还是不行！

初始构象是否存在粒子重叠或很近的情况？
赞一下(2人) 回复此楼
4楼2010-12-21 20:10:51
 已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

ruthxu

金虫 (正式写手)
问题解决了，是由于命令都是通过脚本实现的。mdrun所需要的tpr没有生成，所以会报错
赞一下 回复此楼
Betterlatethannever!
5楼2010-12-21 20:28:03
 已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 ruthxu 的主题更新
51/1返回列表
普通表情 龙 兔 虎 猫 高级回复(可上传附件)
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭