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ruthxu

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[交流] 【求助】FENE bond potential 已有2人参与

在使用FENE bond potential 计算成键作用时，出现如下错误：

Fatal error:
r^2 (9.685505) >= bm^2 (9.000000) in FENE bond between atoms 1111 and 1112

是什么原因？谢谢

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1楼 2010-12-21 14:39:31

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yahoohoo

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引用回帖:

Originally posted by ruthxu at 2010-12-21 14:39:31:
在使用FENE bond potential 计算成键作用时，出现如下错误：

Fatal error:
r^2 (9.685505) >= bm^2 (9.000000) in FENE bond between atoms 1111 and 1112

是什么原因？谢谢

是否可能是积分步长太大？

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2楼2010-12-21 18:56:48

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ruthxu

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应该不是，不过我也试过了改小积分步长，还是不行！

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3楼2010-12-21 19:31:48

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引用回帖:

Originally posted by ruthxu at 2010-12-21 19:31:48:
应该不是，不过我也试过了改小积分步长，还是不行！

初始构象是否存在粒子重叠或很近的情况？

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4楼2010-12-21 20:10:51

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问题解决了，是由于命令都是通过脚本实现的。mdrun所需要的tpr没有生成，所以会报错

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5楼2010-12-21 20:28:03

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