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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » Gromacs/Amber/NAMD » 【求助】FENE bond potential
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ruthxu

金虫 (正式写手)

[交流] 【求助】FENE bond potential已有2人参与

在使用FENE bond potential 计算成键作用时，出现如下错误：

Fatal error:
r^2 (9.685505) >= bm^2 (9.000000) in FENE bond between atoms 1111 and 1112

是什么原因？谢谢
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Betterlatethannever!
1楼2010-12-21 14:39:31
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yahoohoo

铁杆木虫 (著名写手)
★ ★ ★ ★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
zh1987hs(金币+2):thank you 2010-12-21 21:23:05
zh1987hs(金币+2):thank you 2010-12-21 21:23:56
引用回帖:
Originally posted by ruthxu at 2010-12-21 14:39:31:
在使用FENE bond potential 计算成键作用时，出现如下错误：

Fatal error:
r^2 (9.685505) >= bm^2 (9.000000) in FENE bond between atoms 1111 and 1112

是什么原因？谢谢

是否可能是积分步长太大？
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2楼2010-12-21 18:56:48
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ruthxu

金虫 (正式写手)
应该不是，不过我也试过了改小积分步长，还是不行！
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Betterlatethannever!
3楼2010-12-21 19:31:48
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yahoohoo

铁杆木虫 (著名写手)
★ ★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
zh1987hs(金币+2):thank you 2010-12-21 21:23:17
引用回帖:
Originally posted by ruthxu at 2010-12-21 19:31:48:
应该不是，不过我也试过了改小积分步长，还是不行！

初始构象是否存在粒子重叠或很近的情况？
赞一下(2人) 回复此楼
4楼2010-12-21 20:10:51
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ruthxu

金虫 (正式写手)
问题解决了，是由于命令都是通过脚本实现的。mdrun所需要的tpr没有生成，所以会报错
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Betterlatethannever!
5楼2010-12-21 20:28:03
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