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ruthxu

金虫 (正式写手)

[交流] 【求助】FENE bond potential 已有2人参与

在使用FENE bond potential 计算成键作用时,出现如下错误:

Fatal error:
r^2 (9.685505) >= bm^2 (9.000000) in FENE bond between atoms 1111 and 1112

是什么原因?谢谢
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yahoohoo

铁杆木虫 (著名写手)

★ ★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包,谢谢回帖交流
zh1987hs(金币+2):thank you 2010-12-21 21:23:17
引用回帖:
Originally posted by ruthxu at 2010-12-21 19:31:48:
应该不是,不过我也试过了改小积分步长,还是不行!

初始构象是否存在粒子重叠或很近的情况?
4楼2010-12-21 20:10:51
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yahoohoo

铁杆木虫 (著名写手)

★ ★ ★ ★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包,谢谢回帖交流
zh1987hs(金币+2):thank you 2010-12-21 21:23:05
zh1987hs(金币+2):thank you 2010-12-21 21:23:56
引用回帖:
Originally posted by ruthxu at 2010-12-21 14:39:31:
在使用FENE bond potential 计算成键作用时,出现如下错误:

Fatal error:
r^2 (9.685505) >= bm^2 (9.000000) in FENE bond between atoms 1111 and 1112

是什么原因?谢谢

是否可能是积分步长太大?
2楼2010-12-21 18:56:48
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ruthxu

金虫 (正式写手)

应该不是,不过我也试过了改小积分步长,还是不行!
Betterlatethannever!
3楼2010-12-21 19:31:48
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ruthxu

金虫 (正式写手)

问题解决了,是由于命令都是通过脚本实现的。mdrun所需要的tpr没有生成,所以会报错
Betterlatethannever!
5楼2010-12-21 20:28:03
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