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夏天的鱼木虫 (小有名气)
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| 请问一下，我的结构在输出的时候，组氨酸HIs的质子化状态变成HIE，是不是出错了？ |
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小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
ghcacj(金币+5):谢谢 2010-11-19 12:53:14
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
ghcacj(金币+5):谢谢 2010-11-19 12:53:14
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中性PH默认是HIE，关于具体的参考 http://structbio.vanderbilt.edu/ ... chive/2004/3698.php 根据该帖，既然7和8版本都不一样，两个tautomer可能能量差不多。。。 肯定有些早的模拟都是用HID的，应该不会太离谱。 真的有些关键的氢键取向啥的，就两个tautomer都生成看看那个和实验符合呗。 或者用算pKa的服务器决定一下。 另，形成ligand的his一般是HID。 [ Last edited by gzgzgz on 2010-11-19 at 12:16 ] |
2楼2010-11-19 12:02:51
夏天的鱼
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