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夏天的鱼

木虫 (小有名气)

[交流] 【求助】Amber残基改动 已有2人参与

请问一下，我的结构在输出的时候，组氨酸HIs的质子化状态变成HIE，是不是出错了？
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科研就是讨论出来的
1楼 2010-11-19 08:54:52
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gzgzgz

铜虫 (小有名气)
★ ★ ★ ★ ★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
ghcacj(金币+5):谢谢 2010-11-19 12:53:14
中性PH默认是HIE，关于具体的参考
http://structbio.vanderbilt.edu/ ... chive/2004/3698.php
根据该帖，既然7和8版本都不一样，两个tautomer可能能量差不多。。。
肯定有些早的模拟都是用HID的，应该不会太离谱。
真的有些关键的氢键取向啥的，就两个tautomer都生成看看那个和实验符合呗。
或者用算pKa的服务器决定一下。
另，形成ligand的his一般是HID。
引用回帖:
Originally posted by 夏天的鱼 at 2010-11-19 08:54:52:
请问一下，我的结构在输出的时候，组氨酸HIs的质子化状态变成HIE，是不是出错了？

[ Last edited by gzgzgz on 2010-11-19 at 12:16 ]
赞一下(2人) 回复此楼
2楼2010-11-19 12:02:51
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夏天的鱼

木虫 (小有名气)
引用回帖:
Originally posted by gzgzgz at 2010-11-19 12:02:51:
中性PH默认是HIE，关于具体的参考
http://structbio.vanderbilt.edu/ ... chive/2004/3698.php
根据该帖，既然7和8版本都不一样，两个tautomer可能能量差不多。。。
肯定有些早的模拟都 ...

明白了，非常感谢
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科研就是讨论出来的
3楼2010-11-19 15:35:45
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