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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » Gromacs/Amber/NAMD » 【求助】（请教！！）如何在VMD中对结构图形中的特定残基进行标记？？
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vip_zzc

铜虫 (小有名气)

[交流] 【求助】（请教！！）如何在VMD中对结构图形中的特定残基进行标记？？ 已有4人参与

图片我也不知道怎么在帖子中显示，那就口述好了.
CODE:

对结构图形中的指定残基在其附近标记出来：
如 LYS11  ARG12   RA3  DC 18 ....

在VMD中怎么才能实现呢?????? 谢谢....
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路漫漫长其修远兮，吾将上下而求索~
1楼 2010-11-02 09:38:57
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xulinan

木虫 (小有名气)
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ghcacj(金币+1):谢谢 2010-11-05 12:02:42
主菜单 mouse——label 可以选一种你需要标记的方法，包括键长键角都能显示，不知道你需要的是不是这个
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2楼2010-11-02 12:29:51
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vip_zzc

铜虫 (小有名气)
这个我试过，只能显示单个原子及键长信息。

我说的是针对单个残基的。。

e.g. AGR11  RA12 etc. ,  labeled like this.

我研究过应该不行的，师兄说他一般都是PS上的。。

不知道其它虫友有没有别的妙招呢。。。
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3楼2010-11-05 11:19:35
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sjnyongle

金虫 (小有名气)
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ghcacj(金币+5):谢谢 2010-11-16 14:02:59
在VMD里面，你可以这样做：
Mouse--Lable-atoms（以PHE49:CD1为例）
然后到：
Graphics－Lables-选中标记的原子PHE48:CD1, 然后“Properties”-'Format'(%R%d:%a)，然后删除“%a”, Format
变成“%R%d”. 这是在openGL,则显示为,PHE48
希望有帮到你！

[ Last edited by sjnyongle on 2010-11-15 at 15:11 ]
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4楼2010-11-15 15:09:03
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vip_zzc

铜虫 (小有名气)

谢谢。。

引用回帖:
Originally posted by sjnyongle at 2010-11-15 15:09:03:
在VMD里面，你可以这样做：
Mouse--Lable-atoms（以PHE49:CD1为例）
然后到：
Graphics－Lables-选中标记的原子PHE48:CD1, 然后“Properties”-'Format'(%R%d:%a)，然后删除“%a”, Format
变成“%R%d”. 这是 ...

我试了一下，真的还可以的。。只是不能改变颜色，默认都是GREEN的。
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5楼2010-11-16 19:05:43
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sjnyongle

金虫 (小有名气)
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zh1987hs(金币+2):谢谢 2010-11-16 22:32:49
可以改变颜色的，在Graphics-->colors-->"Cat俄gories"-->labels. 然后左边选择你要改颜色的项和想要改的颜色.你可以先改成你喜欢的颜色，再调字的格式！
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6楼2010-11-16 20:54:41
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vip_zzc

铜虫 (小有名气)

谢谢你啊！

引用回帖:
Originally posted by sjnyongle at 2010-11-16 20:54:41:
可以改变颜色的，在Graphics-->colors-->"Cat俄gories"-->labels. 然后左边选择你要改颜色的项和想要改的颜色.你可以先改成你喜欢的颜色，再调字的格式！

你真是太聪明了。。
呵呵。。
我在分子模拟论坛上就没有人能正确搞定的。。
你什么方向的，大家能互相交流一个嘛？
E-mail： vip_zzc@163.com


还有 现在是能标记了，又能改变颜色了，那么要是能调位置就完美了。。。
呵呵。。。不知道你还有高招么》》
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7楼2010-11-24 19:36:15
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sjnyongle

金虫 (小有名气)
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zh1987hs(金币+4):谢谢 2010-11-24 23:55:40
呵呵，能帮到你就好！
不幸被你言中，可以调位置的
Graphics-->Lables-->Properties-->Offset
在Offset里面有十字交叉的线，鼠标点中十字交叉点，然后进行拖动即可
记得：在这之前一定要先选中要拖动的原子，否则VMD不知道你要对哪一个原子进行改动
我这都是跟组里的师兄，师姐学的，现在只不过是借别人的才华拿出来帮帮人，呵呵！！
我的email: sjn_sk@hotmail.com
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8楼2010-11-24 19:54:31
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vip_zzc

铜虫 (小有名气)

O(∩_∩)O~

引用回帖:
Originally posted by sjnyongle at 2010-11-24 19:54:31:
呵呵，能帮到你就好！
不幸被你言中，可以调位置的
Graphics-->Lables-->Properties-->Offset
在Offset里面有十字交叉的线，鼠标点中十字交叉点，然后进行拖动即可
记得：在这之前一定要先选中要拖动 ...

嘿嘿，我原来以为VMD中不能实现呢，
别人推荐ps上去,但也没学过ps..
这下好了..
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9楼2010-11-28 08:00:31
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jianying8996

木虫 (著名写手)

科学社会主义人道救援幸福组织
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小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
引用回帖:
2143982楼: Originally posted by sjnyongle at 2010-11-16 20:54:41
可以改变颜色的，在Graphics-->colors-->"Cat俄gories"-->labels. 然后左边选择你要改颜色的项和想要改的颜色.你可以先改成你喜欢的颜色，再调字的格式！

我想问你一下，我画了一个富勒烯笼子，碳原子全部是绿色的，我想把其中的一个六圆环变为蓝色的，不知道怎么办了？请求指教！谢谢了！
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人人都为幸福而来！将解决问题置于第一！
10楼2012-07-02 13:16:17
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