应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » Gromacs/Amber/NAMD » 【求助】（请教！！）如何在VMD中对结构图形中的特定残基进行标记？？
101/1返回列表
查看: 4034  |  回复: 9
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看

vip_zzc

铜虫 (小有名气)

[交流] 【求助】（请教！！）如何在VMD中对结构图形中的特定残基进行标记？？ 已有4人参与

图片我也不知道怎么在帖子中显示，那就口述好了.
CODE:

对结构图形中的指定残基在其附近标记出来：
如 LYS11  ARG12   RA3  DC 18 ....

在VMD中怎么才能实现呢?????? 谢谢....
回复此楼

» 猜你喜欢

» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
路漫漫长其修远兮，吾将上下而求索~
1楼 2010-11-02 09:38:57
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

xulinan

木虫 (小有名气)
★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
ghcacj(金币+1):谢谢 2010-11-05 12:02:42
主菜单 mouse——label 可以选一种你需要标记的方法，包括键长键角都能显示，不知道你需要的是不是这个
赞一下(2人) 回复此楼
2楼2010-11-02 12:29:51
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

vip_zzc

铜虫 (小有名气)
这个我试过，只能显示单个原子及键长信息。

我说的是针对单个残基的。。

e.g. AGR11  RA12 etc. ,  labeled like this.

我研究过应该不行的，师兄说他一般都是PS上的。。

不知道其它虫友有没有别的妙招呢。。。
赞一下 回复此楼
路漫漫长其修远兮，吾将上下而求索~
3楼2010-11-05 11:19:35
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

sjnyongle

金虫 (小有名气)
★ ★ ★ ★ ★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
ghcacj(金币+5):谢谢 2010-11-16 14:02:59
在VMD里面，你可以这样做：
Mouse--Lable-atoms（以PHE49:CD1为例）
然后到：
Graphics－Lables-选中标记的原子PHE48:CD1, 然后“Properties”-'Format'(%R%d:%a)，然后删除“%a”, Format
变成“%R%d”. 这是在openGL,则显示为,PHE48
希望有帮到你！

[ Last edited by sjnyongle on 2010-11-15 at 15:11 ]
赞一下(3人) 回复此楼
4楼2010-11-15 15:09:03
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

vip_zzc

铜虫 (小有名气)

谢谢。。

引用回帖:
Originally posted by sjnyongle at 2010-11-15 15:09:03:
在VMD里面，你可以这样做：
Mouse--Lable-atoms（以PHE49:CD1为例）
然后到：
Graphics－Lables-选中标记的原子PHE48:CD1, 然后“Properties”-'Format'(%R%d:%a)，然后删除“%a”, Format
变成“%R%d”. 这是 ...

我试了一下，真的还可以的。。只是不能改变颜色，默认都是GREEN的。
赞一下 回复此楼
路漫漫长其修远兮，吾将上下而求索~
5楼2010-11-16 19:05:43
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

sjnyongle

金虫 (小有名气)
★ ★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
zh1987hs(金币+2):谢谢 2010-11-16 22:32:49
可以改变颜色的，在Graphics-->colors-->"Cat俄gories"-->labels. 然后左边选择你要改颜色的项和想要改的颜色.你可以先改成你喜欢的颜色，再调字的格式！
赞一下(3人) 回复此楼
6楼2010-11-16 20:54:41
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

vip_zzc

铜虫 (小有名气)

谢谢你啊！

引用回帖:
Originally posted by sjnyongle at 2010-11-16 20:54:41:
可以改变颜色的，在Graphics-->colors-->"Cat俄gories"-->labels. 然后左边选择你要改颜色的项和想要改的颜色.你可以先改成你喜欢的颜色，再调字的格式！

你真是太聪明了。。
呵呵。。
我在分子模拟论坛上就没有人能正确搞定的。。
你什么方向的，大家能互相交流一个嘛？
E-mail： vip_zzc@163.com


还有 现在是能标记了，又能改变颜色了，那么要是能调位置就完美了。。。
呵呵。。。不知道你还有高招么》》
赞一下 回复此楼
路漫漫长其修远兮，吾将上下而求索~
7楼2010-11-24 19:36:15
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

sjnyongle

金虫 (小有名气)
★ ★ ★ ★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
zh1987hs(金币+4):谢谢 2010-11-24 23:55:40
呵呵，能帮到你就好！
不幸被你言中，可以调位置的
Graphics-->Lables-->Properties-->Offset
在Offset里面有十字交叉的线，鼠标点中十字交叉点，然后进行拖动即可
记得：在这之前一定要先选中要拖动的原子，否则VMD不知道你要对哪一个原子进行改动
我这都是跟组里的师兄，师姐学的，现在只不过是借别人的才华拿出来帮帮人，呵呵！！
我的email: sjn_sk@hotmail.com
赞一下(2人) 回复此楼
8楼2010-11-24 19:54:31
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

vip_zzc

铜虫 (小有名气)

O(∩_∩)O~

引用回帖:
Originally posted by sjnyongle at 2010-11-24 19:54:31:
呵呵，能帮到你就好！
不幸被你言中，可以调位置的
Graphics-->Lables-->Properties-->Offset
在Offset里面有十字交叉的线，鼠标点中十字交叉点，然后进行拖动即可
记得：在这之前一定要先选中要拖动 ...

嘿嘿，我原来以为VMD中不能实现呢，
别人推荐ps上去,但也没学过ps..
这下好了..
赞一下 回复此楼
路漫漫长其修远兮，吾将上下而求索~
9楼2010-11-28 08:00:31
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

jianying8996

木虫 (著名写手)

科学社会主义人道救援幸福组织
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
引用回帖:
2143982楼: Originally posted by sjnyongle at 2010-11-16 20:54:41
可以改变颜色的，在Graphics-->colors-->"Cat俄gories"-->labels. 然后左边选择你要改颜色的项和想要改的颜色.你可以先改成你喜欢的颜色，再调字的格式！

我想问你一下，我画了一个富勒烯笼子，碳原子全部是绿色的，我想把其中的一个六圆环变为蓝色的，不知道怎么办了？请求指教！谢谢了！
赞一下 回复此楼
人人都为幸福而来！将解决问题置于第一！
10楼2012-07-02 13:16:17
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 vip_zzc 的主题更新
101/1返回列表
普通表情 龙 兔 虎 猫 高级回复 (可上传附件)
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[基金申请] 投票:  有多少人是今天查系统知道结果的？ +16 爱看书的可乐 2026-08-26 18/900 2026-08-28 17:09 by winsaint
[教师之家] 导师吐槽：我怎么摊上了这么个极品研究生！ +8 苏东坡二世 2026-08-23 8/400 2026-08-28 14:41 by lkforward
[基金申请] 基金不中，共勉 +11 eulota 2026-08-26 11/550 2026-08-28 14:22 by 火星超人xi
[基金申请] 2026年叶企孙基金 +3 bud_bud 2026-08-27 6/300 2026-08-28 11:53 by bud_bud
[基金申请] 国自然面上复盘~欢迎讨论 (金币+5) +12 晴天加油 2026-08-26 13/650 2026-08-28 11:32 by skyjudy
[基金申请] 基金系统什么内容也没有 30+4 winsaint 2026-08-27 9/450 2026-08-28 11:06 by maolC
[基金申请] 哪位高人中了，把查询到的截图贴出来让我看看，让我长长见识 +5 yuleib84 2026-08-26 6/300 2026-08-28 00:02 by yudaoqian88
[基金申请] 基金未中，这种答复是模板吗？ +5 zhaosm1982 2026-08-27 6/300 2026-08-27 16:00 by lfy8008
[基金申请] 怎么看青基中了没有啊 +5 叶九微 2026-08-26 5/250 2026-08-27 10:35 by l_zh2008
[文学芳草园] 梦想 +3 myrtle 2026-08-26 3/150 2026-08-27 10:01 by angelyueyi
[基金申请] 为什么 国际(地区)合作与交流项目 没有放榜？ 10+3 majunge000 2026-08-26 11/550 2026-08-27 08:42 by 北京莱茵编辑
[基金申请] 2026年的国家社科基金项目通讯评审的新规则与新动向、新挑战 +7 process2012 2026-08-23 10/500 2026-08-26 19:23 by hmhminy
[基金申请] 范进中举一文的中心思想 +9 炎黄贵胄 2026-08-22 10/500 2026-08-26 15:40 by semaglutide
[基金申请] 能否退出参与的面上项目解除限项 +23 koalala 2026-08-24 26/1300 2026-08-26 14:29 by 宝贝虫子
[基金申请] 出来了 +9 trojank 2026-08-26 9/450 2026-08-26 14:25 by 宝贝虫子
[基金申请] 国合里面能看到了 +7 一怀馨秋 2026-08-26 7/350 2026-08-26 11:23 by zhaosm1982
[基金申请] 项目信息和经费信息在系统里都可以看到了 +6 wittyboy 2026-08-26 14/700 2026-08-26 10:55 by wittyboy
[基金申请] 国合可查了 +3 paperzjh 2026-08-26 3/150 2026-08-26 10:41 by LemmonTr
[基金申请] 今天务委会开完了，明天出结果吗 +19 angus9576 2026-08-25 23/1150 2026-08-26 10:03 by zp519
[基金申请] 在坚冰还盖着北海的时候，我看到了怒放的梅花。 (金币+10) +6 ziyangfang 2026-08-25 9/450 2026-08-25 20:26 by huagongfeihu
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭