应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » Gromacs/Amber/NAMD » 【求助】（请教！！）如何在VMD中对结构图形中的特定残基进行标记？？
101/1返回列表
查看: 3967  |  回复: 9
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看

vip_zzc

铜虫 (小有名气)

[交流] 【求助】（请教！！）如何在VMD中对结构图形中的特定残基进行标记？？ 已有4人参与

图片我也不知道怎么在帖子中显示，那就口述好了.
CODE:

对结构图形中的指定残基在其附近标记出来：
如 LYS11  ARG12   RA3  DC 18 ....

在VMD中怎么才能实现呢?????? 谢谢....
回复此楼

» 猜你喜欢

» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
路漫漫长其修远兮，吾将上下而求索~
1楼 2010-11-02 09:38:57
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

xulinan

木虫 (小有名气)
★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
ghcacj(金币+1):谢谢 2010-11-05 12:02:42
主菜单 mouse——label 可以选一种你需要标记的方法，包括键长键角都能显示，不知道你需要的是不是这个
赞一下(2人) 回复此楼
2楼2010-11-02 12:29:51
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

vip_zzc

铜虫 (小有名气)
这个我试过，只能显示单个原子及键长信息。

我说的是针对单个残基的。。

e.g. AGR11  RA12 etc. ,  labeled like this.

我研究过应该不行的，师兄说他一般都是PS上的。。

不知道其它虫友有没有别的妙招呢。。。
赞一下 回复此楼
路漫漫长其修远兮，吾将上下而求索~
3楼2010-11-05 11:19:35
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

sjnyongle

金虫 (小有名气)
★ ★ ★ ★ ★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
ghcacj(金币+5):谢谢 2010-11-16 14:02:59
在VMD里面，你可以这样做：
Mouse--Lable-atoms（以PHE49:CD1为例）
然后到：
Graphics－Lables-选中标记的原子PHE48:CD1, 然后“Properties”-'Format'(%R%d:%a)，然后删除“%a”, Format
变成“%R%d”. 这是在openGL,则显示为,PHE48
希望有帮到你！

[ Last edited by sjnyongle on 2010-11-15 at 15:11 ]
赞一下(3人) 回复此楼
4楼2010-11-15 15:09:03
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

vip_zzc

铜虫 (小有名气)

谢谢。。

引用回帖:
Originally posted by sjnyongle at 2010-11-15 15:09:03:
在VMD里面，你可以这样做：
Mouse--Lable-atoms（以PHE49:CD1为例）
然后到：
Graphics－Lables-选中标记的原子PHE48:CD1, 然后“Properties”-'Format'(%R%d:%a)，然后删除“%a”, Format
变成“%R%d”. 这是 ...

我试了一下，真的还可以的。。只是不能改变颜色，默认都是GREEN的。
赞一下 回复此楼
路漫漫长其修远兮，吾将上下而求索~
5楼2010-11-16 19:05:43
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

sjnyongle

金虫 (小有名气)
★ ★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
zh1987hs(金币+2):谢谢 2010-11-16 22:32:49
可以改变颜色的，在Graphics-->colors-->"Cat俄gories"-->labels. 然后左边选择你要改颜色的项和想要改的颜色.你可以先改成你喜欢的颜色，再调字的格式！
赞一下(3人) 回复此楼
6楼2010-11-16 20:54:41
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

vip_zzc

铜虫 (小有名气)

谢谢你啊！

引用回帖:
Originally posted by sjnyongle at 2010-11-16 20:54:41:
可以改变颜色的，在Graphics-->colors-->"Cat俄gories"-->labels. 然后左边选择你要改颜色的项和想要改的颜色.你可以先改成你喜欢的颜色，再调字的格式！

你真是太聪明了。。
呵呵。。
我在分子模拟论坛上就没有人能正确搞定的。。
你什么方向的，大家能互相交流一个嘛？
E-mail： vip_zzc@163.com


还有 现在是能标记了，又能改变颜色了，那么要是能调位置就完美了。。。
呵呵。。。不知道你还有高招么》》
赞一下 回复此楼
路漫漫长其修远兮，吾将上下而求索~
7楼2010-11-24 19:36:15
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

sjnyongle

金虫 (小有名气)
★ ★ ★ ★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
zh1987hs(金币+4):谢谢 2010-11-24 23:55:40
呵呵，能帮到你就好！
不幸被你言中，可以调位置的
Graphics-->Lables-->Properties-->Offset
在Offset里面有十字交叉的线，鼠标点中十字交叉点，然后进行拖动即可
记得：在这之前一定要先选中要拖动的原子，否则VMD不知道你要对哪一个原子进行改动
我这都是跟组里的师兄，师姐学的，现在只不过是借别人的才华拿出来帮帮人，呵呵！！
我的email: sjn_sk@hotmail.com
赞一下(2人) 回复此楼
8楼2010-11-24 19:54:31
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

vip_zzc

铜虫 (小有名气)

O(∩_∩)O~

引用回帖:
Originally posted by sjnyongle at 2010-11-24 19:54:31:
呵呵，能帮到你就好！
不幸被你言中，可以调位置的
Graphics-->Lables-->Properties-->Offset
在Offset里面有十字交叉的线，鼠标点中十字交叉点，然后进行拖动即可
记得：在这之前一定要先选中要拖动 ...

嘿嘿，我原来以为VMD中不能实现呢，
别人推荐ps上去,但也没学过ps..
这下好了..
赞一下 回复此楼
路漫漫长其修远兮，吾将上下而求索~
9楼2010-11-28 08:00:31
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

jianying8996

木虫 (著名写手)

科学社会主义人道救援幸福组织
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
引用回帖:
2143982楼: Originally posted by sjnyongle at 2010-11-16 20:54:41
可以改变颜色的，在Graphics-->colors-->"Cat俄gories"-->labels. 然后左边选择你要改颜色的项和想要改的颜色.你可以先改成你喜欢的颜色，再调字的格式！

我想问你一下，我画了一个富勒烯笼子，碳原子全部是绿色的，我想把其中的一个六圆环变为蓝色的，不知道怎么办了？请求指教！谢谢了！
赞一下 回复此楼
人人都为幸福而来！将解决问题置于第一！
10楼2012-07-02 13:16:17
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 vip_zzc 的主题更新
101/1返回列表
普通表情 龙 兔 虎 猫 高级回复 (可上传附件)
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[基金申请] 为什么网上很多人说本周 12号出结果 +4 瞬息宇宙 2026-08-10 4/200 2026-08-11 02:02 by 旁观2020
[基金申请] 基金中了 +15 laoda193707 2026-08-06 15/750 2026-08-11 00:11 by jiafei2190
[基金申请] 帮忙看看fileCode +4 wwncly 2026-08-10 8/400 2026-08-10 22:07 by demonstreets
[基金申请] 小木虫上这么多卖论文的，真有人买论文么？感觉没必要啊 +3 Tide man 2026-08-10 3/150 2026-08-10 21:48 by GZUZM
[基金申请] filecode +8 documentary 2026-08-10 8/400 2026-08-10 19:20 by loufangrui
[基金申请] 我的国基提前知道中了，可是同事的操作让我实在接受不了，怎么会有这样的人 +8 家与远方 2026-08-10 11/550 2026-08-10 17:09 by 六两废铜
[基金申请] 关于Filecode分析方法 +3 majunge000 2026-08-10 3/150 2026-08-10 15:46 by lch2012
[基金申请] 国自然结果 +4 Vierhys 2026-08-10 8/400 2026-08-10 15:06 by Vierhys
[基金申请] 奇怪，两个人的filecode固定段从头到尾一模一样 +4 布布和一二 2026-08-10 4/200 2026-08-10 14:50 by 医学老男孩
[基金申请] 好奇怪的filecode +4 布布和一二 2026-08-08 5/250 2026-08-10 14:20 by 冰心玉壶晴
[基金申请] 这样的filecode谁见过 +11 布布和一二 2026-08-08 22/1100 2026-08-10 11:10 by wmfsnow
[基金申请] 关于豆爷回答的JTJC与%2F数量 +5 yang182083 2026-08-06 7/350 2026-08-08 18:29 by zhanghaozhu
[基金申请] 关于filecode +4 布布和一二 2026-08-07 7/350 2026-08-07 22:55 by zhanghaozhu
[基金申请] 化学口download_prp&fileCode的固定段好像这几天一直没变，有变的大神么？ +3 Tide man 2026-08-07 4/200 2026-08-07 22:39 by Tide man
[基金申请] 固定端突然变了，今天 +6 archvillain 2026-08-06 10/500 2026-08-07 16:03 by 医学老男孩
[基金申请] 听说今天filecode变了 +24 布布和一二 2026-08-06 47/2350 2026-08-07 16:02 by zhiyanjiang
[基金申请] filecode +14 等待解的谜 2026-08-06 19/950 2026-08-07 12:20 by wlwhappy
[基金申请] filecode +8 布布和一二 2026-08-06 11/550 2026-08-06 20:41 by tangpu318
[基金申请] 求各位大神看下 100+6 hpkpkpkp 2026-08-05 33/1650 2026-08-06 14:49 by zhiyanjiang
[基金申请] 影响面上的因素 +8 布布和一二 2026-08-05 11/550 2026-08-06 10:41 by 宝贝虫子
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭