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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » Gromacs/Amber/NAMD » 【求助】为什么我用NAMD运行后的输出文件中没有LOG文件
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07shenhan

铁虫 (初入文坛)

[交流] 【求助】为什么我用NAMD运行后的输出文件中没有LOG文件

NAMD 新手，求助两个问题：

为什么我用NAMD运行后的输出文件中没有LOG文件。其他输出文件都有了，就是缺log。即使我用教材里面的conf运行出来也是没有log。


还有一个问题，当模拟的蛋白质比较大的时候，模拟到一半出现

ERROR: Constraint failure in RATTLE algorithm for atom 199!
ERROR: Constraint failure: simulation has become unstable.
………………
………………
然后就中断了。只生成xst文件，其他输出文件都没有。

谢谢解答！
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1楼 2011-01-27 04:49:27
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aquariusy

木虫 (小有名气)
★ ★ ★ ★
07shenhan(金币+3): 问题解决了一大半 谢谢 2011-01-30 00:31:44
ghcacj(金币+4): 谢谢 2011-02-05 20:52:35
log 文件可以在运行namd同时生成

如果你在命令行输入的是：namd2 ***.conf 这样是没有log文件的，只会在屏幕上显示计算过程

如果要输出log文件，则应输入namd2 ***.conf>***.log，这样就会有log文件生成，但屏幕上不显示计算过程了
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2楼2011-01-29 13:12:55
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1dubo

银虫 (小有名气)
★ ★
zh1987hs(金币+2): 谢谢 2011-02-18 22:48:15
07shenhan(金币+1): 2011-02-19 09:28:25
楼上的说得很好，楼主最好多看看Linux基本操作函数，这只是个重定向“>”的使用
赞一下(2人) 回复此楼
3楼2011-02-16 13:44:48
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