应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

Znn3bq.jpeg
小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » Gromacs/Amber/NAMD » 【求助】Amber中的MM-PBSA计算
31/1返回列表
查看: 769  |  回复: 2
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看

voleyes

银虫 (正式写手)

[交流] 【求助】Amber中的MM-PBSA计算

我的体系是一个带电荷的体系，MD时要加入补偿离子。
在做MM-PBSA之前要先把溶剂水去掉，补偿离子是不是保留？
如果不保留的话，对于这个带电荷体系，应该怎么设置计算的参数呢？

我看Amber手册上的那个例子是中性体系，对于带电荷的体系应该怎么处理？
回复此楼

» 猜你喜欢

» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:

» 抢金币啦！回帖就可以得到:

查看全部散金贴
1楼 2011-01-15 16:09:21
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

yin_yin

银虫 (小有名气)
★ ★
zh1987hs(金币+2): 谢谢 2011-01-16 20:54:35
不保留，没有影响。或者在模拟之前给带电端基加保护基。
赞一下(1人) 回复此楼
2楼2011-01-15 18:49:46
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

voleyes

银虫 (正式写手)
谢谢

带电蛋白质的介电常数也设为1吗？
赞一下 回复此楼
3楼2011-01-17 11:35:53
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 voleyes 的主题更新
31/1返回列表
普通表情 龙 兔 虎 猫 高级回复 (可上传附件)
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭