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903566945

金虫 (正式写手)

[求助] amber怎么更改计算的CPU设置？

我打算在集群上计算AMBER，但是默认的是一个CPU，如何更改才能设置成2个CPU呢？
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1楼 2012-04-18 16:07:16
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liyincumt

金虫 (职业作家)

小学生
★ ★
jiaoyixiong: 金币+2, 鼓励交流 2012-04-19 08:00:14
有没有试过num_threads关键词?
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千里之行，始于足下
2楼2012-04-18 21:41:07
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903566945

金虫 (正式写手)
引用回帖:
2楼: Originally posted by liyincumt at 2012-04-18 21:41:07:
有没有试过num_threads关键词?

怎么用这个关键词的？我对Linux系统不是很了解，这个关键词加在什么地方？
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3楼2012-04-19 08:45:03
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ctiehua

木虫 (知名作家)
祝福楼主
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4楼2012-04-19 08:47:43
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liyincumt

金虫 (职业作家)

小学生
★ ★ ★
chaizhm: 金币+3, 谢谢~ 2012-04-20 15:57:31
不好意思，如果楼主是运行AMBER/ADF时，可以加上num_threads关键词来设置计算的CPU。
不知道楼主用的是什么Linux,在Ubuntu下，需要安装MPI。
以下为转帖：
下载openmpi, 我用的是openmpi-1.3.2.tar.gz, 解压到

/usr/local

进入目录，配置sudo ./onfigure –prefix=/opt/openmpi

sudo make

sudo make install

.bashrc中设置环境变量

export MPI_HOME=/opt/openmpi

export PATH=$PATH:$MPI_HOME/bin

export LD_LIBRARY_PATH=$LD_LIBRARY_PATH:$MPI_HOME/lib

cd $AMBERHOME/src

make clean

./configure_amber -openmpi gfortran

make parallel完了后生成sander.MPI

done!
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千里之行，始于足下
5楼2012-04-19 21:07:39
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liyincumt

金虫 (职业作家)

小学生
★
chaizhm: 金币+1, 谢谢~ 2012-04-20 15:57:42
amber官网
http://ambermd.org/ubuntu.html
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千里之行，始于足下
6楼2012-04-19 21:08:49
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903566945

金虫 (正式写手)
引用回帖:
5楼: Originally posted by liyincumt at 2012-04-19 21:07:39:
不好意思，如果楼主是运行AMBER/ADF时，可以加上num_threads关键词来设置计算的CPU。
不知道楼主用的是什么Linux,在Ubuntu下，需要安装MPI。
以下为转帖：
下载openmpi, 我用的是openmpi-1.3.2.tar.gz, 解压到 ...

我用的是红帽的，关键词加在哪里？
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7楼2012-04-20 09:12:34
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liyincumt

金虫 (职业作家)

小学生
楼主确定安装了并行版本的sander吗？
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千里之行，始于足下
8楼2012-04-20 15:39:06
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liyincumt

金虫 (职业作家)

小学生

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
zh1987hs: 金币+4, 谢谢 2012-04-20 16:02:26
如果是已经make parallel了，接下来设置并行环境的时候，用以下语句：
cd $AMBERHOME/test
setenv DO_PARALLEL ’mpirun -np 4’
make test.parallel.MM < /dev/null
其中的4表示用4个CPU。在有些系统中，语句也可能是mpiexec -np 4。
请楼主参考：
http://archive.ambermd.org/200809/0233.html
AMBER10.PDF
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千里之行，始于足下
9楼2012-04-20 16:00:35
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903566945

金虫 (正式写手)
引用回帖:
8楼: Originally posted by liyincumt at 2012-04-20 15:39:06:
楼主确定安装了并行版本的sander吗？

确定安装了
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10楼2012-04-20 16:00:59
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