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amber怎么更改计算的CPU设置？
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| 我打算在集群上计算AMBER，但是默认的是一个CPU，如何更改才能设置成2个CPU呢？ |
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2楼2012-04-18 21:41:07
3楼2012-04-19 08:45:03
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4楼2012-04-19 08:47:43
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chaizhm: 金币+3, 谢谢~ 2012-04-20 15:57:31
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不好意思，如果楼主是运行AMBER/ADF时，可以加上num_threads关键词来设置计算的CPU。 不知道楼主用的是什么Linux,在Ubuntu下，需要安装MPI。 以下为转帖： 下载openmpi, 我用的是openmpi-1.3.2.tar.gz, 解压到 /usr/local 进入目录，配置sudo ./onfigure –prefix=/opt/openmpi sudo make sudo make install .bashrc中设置环境变量 export MPI_HOME=/opt/openmpi export PATH=$PATH:$MPI_HOME/bin export LD_LIBRARY_PATH=$LD_LIBRARY_PATH:$MPI_HOME/lib cd $AMBERHOME/src make clean ./configure_amber -openmpi gfortran make parallel完了后生成sander.MPI done! |
5楼2012-04-19 21:07:39
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6楼2012-04-19 21:08:49
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8楼2012-04-20 15:39:06
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【答案】应助回帖
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zh1987hs: 金币+4, 谢谢 2012-04-20 16:02:26
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如果是已经make parallel了，接下来设置并行环境的时候，用以下语句： cd $AMBERHOME/test setenv DO_PARALLEL ’mpirun -np 4’ make test.parallel.MM < /dev/null 其中的4表示用4个CPU。在有些系统中，语句也可能是mpiexec -np 4。 请楼主参考： http://archive.ambermd.org/200809/0233.html AMBER10.PDF |
9楼2012-04-20 16:00:35
10楼2012-04-20 16:00:59
