| 查看: 848 | 回复: 12 | ||
[求助]
amber怎么更改计算的CPU设置？
|
| 我打算在集群上计算AMBER，但是默认的是一个CPU，如何更改才能设置成2个CPU呢？ |
回复此楼» 猜你喜欢
计算机、0854电子信息（085401-058412）调剂
已经有4人回复
-
基金申报
已经有3人回复
-
国自然申请面上模板最新2026版出了吗？
已经有9人回复
-
溴的反应液脱色
已经有6人回复
-
纳米粒子粒径的测量
已经有7人回复
-
常年博士招收(双一流，工科)
已经有4人回复
-
推荐一本书
已经有10人回复
-
参与限项
已经有5人回复
-
有没有人能给点建议
已经有5人回复
-
假如你的研究生提出不合理要求
已经有12人回复
» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
- 石墨稀单侧加氢 形成能的计算
已经有6人回复
- 根据某种蛋白质的氨基酸分析结果计算htot（水解度要用的常数值）
已经有11人回复
- 问题：vasp计算突然中断，cpu利用率显示为0，这是什么情况，没有断电
已经有3人回复
- linux gaussian计算 怎么限制cpu 不让它100%阿
已经有6人回复
- 【求助】关于单机2cpu8核的mpich2设置问题！
已经有5人回复
- 【求助】MS计算CPU占用率问题，求教
已经有17人回复
- 【求助】如果把独显笔记本里的独显取下 可以使用CPU自带的集显吗
已经有6人回复
- 【讨论】为何CPU核心速度和主频不一致？
已经有4人回复
- 【求助】关于双cpu8核计算机运行gaussian的设置问题。
已经有18人回复
liyincumt
金虫 (职业作家)
小学生
- 应助: 4 (幼儿园)
- 金币: 22323.2
- 散金: 730
- 红花: 5
- 帖子: 3235
- 在线: 664.1小时
- 虫号: 379584
- 注册: 2007-05-22
- 性别: GG
- 专业: 理论和计算化学
2楼2012-04-18 21:41:07
3楼2012-04-19 08:45:03
ctiehua 
木虫 (知名作家)
- 应助: 43 (小学生)
- 金币: 1390.5
- 散金: 842
- 红花: 13
- 帖子: 7239
- 在线: 408.1小时
- 虫号: 1320319
- 注册: 2011-06-11
- 专业: 有机分析
4楼2012-04-19 08:47:43
liyincumt
金虫 (职业作家)
小学生
- 应助: 4 (幼儿园)
- 金币: 22323.2
- 散金: 730
- 红花: 5
- 帖子: 3235
- 在线: 664.1小时
- 虫号: 379584
- 注册: 2007-05-22
- 性别: GG
- 专业: 理论和计算化学
★ ★ ★
chaizhm: 金币+3, 谢谢~ 2012-04-20 15:57:31
chaizhm: 金币+3, 谢谢~ 2012-04-20 15:57:31
|
不好意思，如果楼主是运行AMBER/ADF时，可以加上num_threads关键词来设置计算的CPU。 不知道楼主用的是什么Linux,在Ubuntu下，需要安装MPI。 以下为转帖： 下载openmpi, 我用的是openmpi-1.3.2.tar.gz, 解压到 /usr/local 进入目录，配置sudo ./onfigure –prefix=/opt/openmpi sudo make sudo make install .bashrc中设置环境变量 export MPI_HOME=/opt/openmpi export PATH=$PATH:$MPI_HOME/bin export LD_LIBRARY_PATH=$LD_LIBRARY_PATH:$MPI_HOME/lib cd $AMBERHOME/src make clean ./configure_amber -openmpi gfortran make parallel完了后生成sander.MPI done! |
5楼2012-04-19 21:07:39
liyincumt
金虫 (职业作家)
小学生
- 应助: 4 (幼儿园)
- 金币: 22323.2
- 散金: 730
- 红花: 5
- 帖子: 3235
- 在线: 664.1小时
- 虫号: 379584
- 注册: 2007-05-22
- 性别: GG
- 专业: 理论和计算化学
6楼2012-04-19 21:08:49
7楼2012-04-20 09:12:34
liyincumt
金虫 (职业作家)
小学生
- 应助: 4 (幼儿园)
- 金币: 22323.2
- 散金: 730
- 红花: 5
- 帖子: 3235
- 在线: 664.1小时
- 虫号: 379584
- 注册: 2007-05-22
- 性别: GG
- 专业: 理论和计算化学
8楼2012-04-20 15:39:06
liyincumt
金虫 (职业作家)
小学生
- 应助: 4 (幼儿园)
- 金币: 22323.2
- 散金: 730
- 红花: 5
- 帖子: 3235
- 在线: 664.1小时
- 虫号: 379584
- 注册: 2007-05-22
- 性别: GG
- 专业: 理论和计算化学
【答案】应助回帖
★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
zh1987hs: 金币+4, 谢谢 2012-04-20 16:02:26
感谢参与，应助指数 +1
zh1987hs: 金币+4, 谢谢 2012-04-20 16:02:26
|
如果是已经make parallel了，接下来设置并行环境的时候，用以下语句： cd $AMBERHOME/test setenv DO_PARALLEL ’mpirun -np 4’ make test.parallel.MM < /dev/null 其中的4表示用4个CPU。在有些系统中，语句也可能是mpiexec -np 4。 请楼主参考： http://archive.ambermd.org/200809/0233.html AMBER10.PDF |
9楼2012-04-20 16:00:35
10楼2012-04-20 16:00:59