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金虫 (正式写手)

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[求助] amber怎么更改计算的CPU设置？

我打算在集群上计算AMBER，但是默认的是一个CPU，如何更改才能设置成2个CPU呢？

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1楼 2012-04-18 16:07:16

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liyincumt

金虫 (职业作家)

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chaizhm: 金币+3, 谢谢~ 2012-04-20 15:57:31

不好意思，如果楼主是运行AMBER/ADF时，可以加上num_threads关键词来设置计算的CPU。
不知道楼主用的是什么Linux,在Ubuntu下，需要安装MPI。
以下为转帖：
下载openmpi, 我用的是openmpi-1.3.2.tar.gz, 解压到

/usr/local

进入目录，配置sudo ./onfigure –prefix=/opt/openmpi

sudo make

sudo make install

.bashrc中设置环境变量

export MPI_HOME=/opt/openmpi

export PATH=$PATH:$MPI_HOME/bin

export LD_LIBRARY_PATH=$LD_LIBRARY_PATH:$MPI_HOME/lib

cd $AMBERHOME/src

make clean

./configure_amber -openmpi gfortran

make parallel完了后生成sander.MPI

done!