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903566945

金虫 (正式写手)

[求助] amber怎么更改计算的CPU设置?

我打算在集群上计算AMBER,但是默认的是一个CPU,如何更改才能设置成2个CPU呢?
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903566945

金虫 (正式写手)

引用回帖:
2楼: Originally posted by liyincumt at 2012-04-18 21:41:07:
有没有试过num_threads关键词?

怎么用这个关键词的?我对Linux系统不是很了解,这个关键词加在什么地方?
3楼2012-04-19 08:45:03
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liyincumt

金虫 (职业作家)

小学生

★ ★
jiaoyixiong: 金币+2, 鼓励交流 2012-04-19 08:00:14
有没有试过num_threads关键词?
千里之行,始于足下
2楼2012-04-18 21:41:07
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liyincumt

金虫 (职业作家)

小学生

★ ★ ★
chaizhm: 金币+3, 谢谢~ 2012-04-20 15:57:31
不好意思,如果楼主是运行AMBER/ADF时,可以加上num_threads关键词来设置计算的CPU。
不知道楼主用的是什么Linux,在Ubuntu下,需要安装MPI。
以下为转帖:
下载openmpi, 我用的是openmpi-1.3.2.tar.gz, 解压到

/usr/local

进入目录,配置sudo ./onfigure –prefix=/opt/openmpi

sudo make

sudo make install

.bashrc中设置环境变量

export MPI_HOME=/opt/openmpi

export PATH=$PATH:$MPI_HOME/bin

export LD_LIBRARY_PATH=$LD_LIBRARY_PATH:$MPI_HOME/lib

cd $AMBERHOME/src

make clean

./configure_amber -openmpi gfortran

make parallel完了后生成sander.MPI

done!
千里之行,始于足下
5楼2012-04-19 21:07:39
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liyincumt

金虫 (职业作家)

小学生

★
chaizhm: 金币+1, 谢谢~ 2012-04-20 15:57:42
千里之行,始于足下
6楼2012-04-19 21:08:49
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