应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » Gromacs/Amber/NAMD » 【求助】pbsa的一个问题，计算时出错请高手帮忙
北京石油化工学院2026年研究生招生接收调剂公告
61/1返回列表
查看: 1173  |  回复: 5
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看

428616

[交流] 【求助】pbsa的一个问题，计算时出错请高手帮忙 已有5人参与

Use of uninitialized value in concatenation (.) or string at /usr/local/amber9/src/mm_pbsa/mm_pbsa_readinput.pm line 76, line 46.
Use of uninitialized value in hash element at /usr/local/amber9/src/mm_pbsa/mm_pbsa_readinput.pm line 260, line 46.
Use of uninitialized value in concatenation (.) or string at /usr/local/amber9/src/mm_pbsa/mm_pbsa_readinput.pm line 76, line 47.
Use of uninitialized value in hash element at /usr/local/amber9/src/mm_pbsa/mm_pbsa_readinput.pm line 260, line 47.
Use of uninitialized value in concatenation (.) or string at /usr/local/amber9/src/mm_pbsa/mm_pbsa_readinput.pm line 76, line 48.
Use of uninitialized value in hash element at /usr/local/amber9/src/mm_pbsa/mm_pbsa_readinput.pm line 260, line 48.
Use of uninitialized value in concatenation (.) or string at /usr/local/amber9/src/mm_pbsa/mm_pbsa_readinput.pm line 76, line 49.
Use of uninitialized value in hash element at /usr/local/amber9/src/mm_pbsa/mm_pbsa_readinput.pm line 260, line 49.
回复此楼

» 猜你喜欢
1楼 2010-06-09 17:12:38
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

ferlich

禁虫 (小有名气)
★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
ghcacj(金币+1):谢谢 2010-06-09 18:15:02
本帖内容被屏蔽
2楼2010-06-09 17:34:27
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

428616

引用回帖:
Originally posted by ferlich at 2010-06-09 17:34:27:
请检查输入文件

@GENERAL
PREFIX                snapshot
PATH                  ./
COMPLEX               1
RECEPTOR              1
LIGAND                1
COMPT                 ./comp.prmtop
RECPT                 ./protein+wt_min.prmtop
LIGPT                 ./lig.prmtop
GC                    0
AS                    0
DC                    0
MM                    1
GB                    1
PB                    0
MS                    0
NM                    0
@PB
PROC                  2
REFE                  0
INDI                  1.0
EXDI                  80.0
SCALE                 2.5
LINIT                 1000
PRBRAD                1.4
ISTRNG                0.0
RADIOPT               0
NPOPT                 1
CAVITY_SURFTEN        0.00542
CAVITY_OFFSET         0.92
SURFTEN               0.00542
SURFOFF               0.92
@MM
DIELC                 1.0
@GB
IGB                   2
GBSA                  1
SALTCON               0.00
EXTDIEL               80.0
INTDIEL               1.0
SURFTEN               0.0072
SURFOFF               0.0
@MS
PROBE                 0.0
@PROGRAMS


上面是我的输入文件，帮我看看哪里有问题
赞一下 回复此楼
3楼2010-06-09 18:04:03
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

tingjun

木虫 (小有名气)
★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
lei0736(金币+1):谢谢 2010-06-18 17:02:08
MS也要等于1的吧
赞一下(2人) 回复此楼
4楼2010-06-18 16:26:14
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

200699wang

新虫 (正式写手)
★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖
我也遇到同样的问题，不知楼主解决了没？
赞一下(1人) 回复此楼
5楼2011-08-29 11:09:25
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

chenhang07

金虫 (正式写手)
★ ★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖
ghcacj(金币+2): 谢谢 2011-09-02 15:22:25
所有的补丁都打上了没有？
没碰到这种情况，查一下这个拓扑文件 和轨迹有没有对应上，还有原子序号有没有错。
轨迹中含有水和抗衡离子时，配体原子序号应该排在最后，这样在写extract_coords.mmpbsa文件时就容易写配体的起始序号和结束序号。

[ Last edited by chenhang07 on 2011-9-2 at 09:14 ]
赞一下(2人) 回复此楼
6楼2011-09-02 09:09:50
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 428616 的主题更新
61/1返回列表
普通表情 龙 兔 虎 猫 高级回复 (可上传附件)
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[考研] 材料工程302分求调剂 +10 zyx上岸！ 2026-04-04 10/500 2026-04-06 22:49 by chenzhimin
[考研] 一志愿郑州大学085600求调剂 +19 吃的不少 2026-04-05 22/1100 2026-04-06 22:39 by tianyyysss
[考研] （调剂）一志愿报考哈尔滨工业大学0857资源与环境专业378分考生 +7 狠狠加油 2026-04-05 8/400 2026-04-06 16:52 by momo皓
[考研] 求调剂 +11 xzghyuj 2026-04-04 11/550 2026-04-06 11:49 by lijunpoly
[考研] 294求调剂 +4 Grey_Ey 2026-04-01 5/250 2026-04-05 23:05 by Grey_Ey
[考研] 323求调剂（计算机视觉和大模型项目经历） +3 chaoxiicy 2026-03-31 3/150 2026-04-05 10:33 by zhq0425
[考研] 353求调剂 +10 MayUxw1 2026-04-03 10/500 2026-04-05 09:23 by 无际的草原
[考研] 0835学硕299求调剂 08大类可接受 +5 useryy 2026-04-03 5/250 2026-04-04 20:07 by 蓝云思雨
[考研] 359求调剂 +7 hhhhaaaa$ 2026-04-04 7/350 2026-04-04 18:49 by imissbao
[考研] 求调剂 +9 akdhjs 2026-03-31 11/550 2026-04-03 13:32 by akdhjs
[考研] 081200-11408-276学硕求调剂 +6 崔wj 2026-04-02 6/300 2026-04-03 10:19 by 蓝云思雨
[考研] 专硕 351 086100 也是考的材科基 本科也是材料 +8 202451007219 2026-04-02 8/400 2026-04-03 09:50 by 蓝云思雨
[考研] 一志愿a区211，085601-307分求调剂 +13 党嘉豪 2026-03-31 26/1300 2026-04-03 08:33 by 495374996
[考研] 生物学308分求调剂（一志愿华东师大） +6 相信必会光芒万� 2026-03-31 7/350 2026-04-02 23:16 by JourneyLucky
[考研] 农学考研求调剂 +3 dkdkxm 2026-04-01 3/150 2026-04-02 16:04 by wangjagri
[考研] 一志愿北交大材料工程总分358 +3 cs0106 2026-04-02 5/250 2026-04-02 11:37 by olim
[考研] 279求调剂 +6 学而思兮知 2026-04-01 6/300 2026-04-02 09:16 by vgtyfty
[考研] 材料调剂 +12 一样YWY 2026-04-01 12/600 2026-04-02 09:15 by olim
[考研] 化学工程专硕324分，一志愿中国矿业大学求调剂 +7 耿耿1314 2026-04-01 7/350 2026-04-02 07:40 by 尚水阁主
[考研] 江苏苏北高校诚邀调剂同学 +3 zzll406 2026-03-31 3/150 2026-03-31 16:54 by 及时行乐fan
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭