应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » Gromacs/Amber/NAMD » 【求助】pbsa的一个问题，计算时出错请高手帮忙
61/1返回列表
查看: 1302  |  回复: 5
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看

428616

[交流] 【求助】pbsa的一个问题，计算时出错请高手帮忙 已有5人参与

Use of uninitialized value in concatenation (.) or string at /usr/local/amber9/src/mm_pbsa/mm_pbsa_readinput.pm line 76, line 46.
Use of uninitialized value in hash element at /usr/local/amber9/src/mm_pbsa/mm_pbsa_readinput.pm line 260, line 46.
Use of uninitialized value in concatenation (.) or string at /usr/local/amber9/src/mm_pbsa/mm_pbsa_readinput.pm line 76, line 47.
Use of uninitialized value in hash element at /usr/local/amber9/src/mm_pbsa/mm_pbsa_readinput.pm line 260, line 47.
Use of uninitialized value in concatenation (.) or string at /usr/local/amber9/src/mm_pbsa/mm_pbsa_readinput.pm line 76, line 48.
Use of uninitialized value in hash element at /usr/local/amber9/src/mm_pbsa/mm_pbsa_readinput.pm line 260, line 48.
Use of uninitialized value in concatenation (.) or string at /usr/local/amber9/src/mm_pbsa/mm_pbsa_readinput.pm line 76, line 49.
Use of uninitialized value in hash element at /usr/local/amber9/src/mm_pbsa/mm_pbsa_readinput.pm line 260, line 49.
回复此楼

» 猜你喜欢
1楼 2010-06-09 17:12:38
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

ferlich

禁虫 (小有名气)
★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
ghcacj(金币+1):谢谢 2010-06-09 18:15:02
本帖内容被屏蔽
2楼2010-06-09 17:34:27
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

428616

引用回帖:
Originally posted by ferlich at 2010-06-09 17:34:27:
请检查输入文件

@GENERAL
PREFIX                snapshot
PATH                  ./
COMPLEX               1
RECEPTOR              1
LIGAND                1
COMPT                 ./comp.prmtop
RECPT                 ./protein+wt_min.prmtop
LIGPT                 ./lig.prmtop
GC                    0
AS                    0
DC                    0
MM                    1
GB                    1
PB                    0
MS                    0
NM                    0
@PB
PROC                  2
REFE                  0
INDI                  1.0
EXDI                  80.0
SCALE                 2.5
LINIT                 1000
PRBRAD                1.4
ISTRNG                0.0
RADIOPT               0
NPOPT                 1
CAVITY_SURFTEN        0.00542
CAVITY_OFFSET         0.92
SURFTEN               0.00542
SURFOFF               0.92
@MM
DIELC                 1.0
@GB
IGB                   2
GBSA                  1
SALTCON               0.00
EXTDIEL               80.0
INTDIEL               1.0
SURFTEN               0.0072
SURFOFF               0.0
@MS
PROBE                 0.0
@PROGRAMS


上面是我的输入文件，帮我看看哪里有问题
赞一下 回复此楼
3楼2010-06-09 18:04:03
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

tingjun

木虫 (小有名气)
★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
lei0736(金币+1):谢谢 2010-06-18 17:02:08
MS也要等于1的吧
赞一下(2人) 回复此楼
4楼2010-06-18 16:26:14
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

200699wang

新虫 (正式写手)
★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖
我也遇到同样的问题，不知楼主解决了没？
赞一下(1人) 回复此楼
5楼2011-08-29 11:09:25
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

chenhang07

金虫 (正式写手)
★ ★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖
ghcacj(金币+2): 谢谢 2011-09-02 15:22:25
所有的补丁都打上了没有？
没碰到这种情况，查一下这个拓扑文件 和轨迹有没有对应上，还有原子序号有没有错。
轨迹中含有水和抗衡离子时，配体原子序号应该排在最后，这样在写extract_coords.mmpbsa文件时就容易写配体的起始序号和结束序号。

[ Last edited by chenhang07 on 2011-9-2 at 09:14 ]
赞一下(2人) 回复此楼
6楼2011-09-02 09:09:50
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 428616 的主题更新
61/1返回列表
普通表情 龙 兔 虎 猫 高级回复 (可上传附件)
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[基金申请] 面上项目filecode邪修 +3 西山十月 2026-08-09 3/150 2026-08-09 19:39 by Tide man
[基金申请] 这样的filecode谁见过 +10 布布和一二 2026-08-08 21/1050 2026-08-09 17:21 by 天神眷顾
[基金申请] 关于filecode，很负责任的告诉大家 +6 爱看书的可乐 2026-08-08 7/350 2026-08-08 22:13 by a_niu
[公派出国] 售SCI文章，我:8O5.5.1.O.54,科目齐全,可+急 +3 qTvzQBRAHjCi 2026-08-07 4/200 2026-08-08 17:27 by oEVWOejN9taj
[基金申请] 售SCI一区T0P文章，我:8.O.55.1.O54,科目全,可伽急 +3 qTvzQBRAHjCi 2026-08-07 4/200 2026-08-08 17:22 by oEVWOejN9taj
[基金申请] 售SCI一区T0P文章，我:8.O.55.1.O.54,科目齐全,可+急 +3 qTvzQBRAHjCi 2026-08-07 5/250 2026-08-08 17:02 by oEVWOejN9taj
[论文投稿] 售SCI-T0P文章，我:8O.5.5.1.O.54,科目齐全,可+急 +3 qTvzQBRAHjCi 2026-08-07 4/200 2026-08-08 16:47 by oEVWOejN9taj
[考博] 售SCI一区T0P文章，我:8O.55.1.O.54,科目全,可伽急 +3 Vi50GxzrFcSG 2026-08-07 4/200 2026-08-08 16:27 by oEVWOejN9taj
[考博] 售一区SCI文章T0P，我:8O.551.O54,科目全,可十急 +3 Vi50GxzrFcSG 2026-08-07 4/200 2026-08-08 16:22 by oEVWOejN9taj
[博后之家] 售SCI一区文章，我:8.O.551.O.5.4,科目全,可伽急 +3 Vi50GxzrFcSG 2026-08-07 4/200 2026-08-08 16:02 by oEVWOejN9taj
[博后之家] 售SCI一区T0P文章，我:8O.55.1.O.54,科目全,可伽急 +3 HEQlVqMTIA7d 2026-08-07 6/300 2026-08-08 14:42 by oEVWOejN9taj
[教师之家] 售SCI一区文章，我:8.O.55.1.O.54,科目齐全,可伽急 +3 KXLV3nuBVBY7 2026-08-07 5/250 2026-08-08 14:07 by oEVWOejN9taj
[硕博家园] 售SCI-T0P文章，我:8O.5.5.1.O.54,科目齐全,可+急 +3 Vi50GxzrFcSG 2026-08-07 6/300 2026-08-08 10:19 by 3OOjAIS77qg2
[考博] 售SCI一区文章，我:8.O.55.1.O.54,科目齐全,可伽急 +3 HEQlVqMTIA7d 2026-08-07 3/150 2026-08-08 03:47 by 6vVgjDL4CnGu
[基金申请] 关于filecode +4 布布和一二 2026-08-07 7/350 2026-08-07 22:55 by zhanghaozhu
[基金申请] 听说今天filecode变了 +24 布布和一二 2026-08-06 47/2350 2026-08-07 16:02 by zhiyanjiang
[基金申请] 大家散了吧，后缀研究没有意义，别浪费时间了，过好目前的每一天，不要焦虑 +5 Tide man 2026-08-06 7/350 2026-08-07 13:11 by 医学老男孩
[基金申请] 好消息？这个有何含义？？？ +8 Tide man 2026-08-05 10/500 2026-08-05 16:14 by xmuxiaoyu
[基金申请] 纯娱乐，不喜欢勿喷 +7 Tide man 2026-08-04 10/500 2026-08-04 15:10 by loufangrui
[基金申请] 什么时候能放榜呀？ +3 Jacob678 2026-08-03 3/150 2026-08-03 16:14 by gltch
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭