应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » Gromacs/Amber/NAMD » 【求助】pbsa的一个问题，计算时出错请高手帮忙
51/1返回列表
查看: 1308  |  回复: 5
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看
当前只显示满足指定条件的回帖，点击这里查看本话题的所有回帖

428616

[交流] 【求助】pbsa的一个问题，计算时出错请高手帮忙 已有5人参与

Use of uninitialized value in concatenation (.) or string at /usr/local/amber9/src/mm_pbsa/mm_pbsa_readinput.pm line 76, line 46.
Use of uninitialized value in hash element at /usr/local/amber9/src/mm_pbsa/mm_pbsa_readinput.pm line 260, line 46.
Use of uninitialized value in concatenation (.) or string at /usr/local/amber9/src/mm_pbsa/mm_pbsa_readinput.pm line 76, line 47.
Use of uninitialized value in hash element at /usr/local/amber9/src/mm_pbsa/mm_pbsa_readinput.pm line 260, line 47.
Use of uninitialized value in concatenation (.) or string at /usr/local/amber9/src/mm_pbsa/mm_pbsa_readinput.pm line 76, line 48.
Use of uninitialized value in hash element at /usr/local/amber9/src/mm_pbsa/mm_pbsa_readinput.pm line 260, line 48.
Use of uninitialized value in concatenation (.) or string at /usr/local/amber9/src/mm_pbsa/mm_pbsa_readinput.pm line 76, line 49.
Use of uninitialized value in hash element at /usr/local/amber9/src/mm_pbsa/mm_pbsa_readinput.pm line 260, line 49.
回复此楼

» 猜你喜欢
1楼 2010-06-09 17:12:38
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

200699wang

新虫 (正式写手)
★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖
我也遇到同样的问题，不知楼主解决了没？
赞一下(1人) 回复此楼
5楼2011-08-29 11:09:25
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
查看全部 6 个回答

428616

引用回帖:
Originally posted by ferlich at 2010-06-09 17:34:27:
请检查输入文件

@GENERAL
PREFIX                snapshot
PATH                  ./
COMPLEX               1
RECEPTOR              1
LIGAND                1
COMPT                 ./comp.prmtop
RECPT                 ./protein+wt_min.prmtop
LIGPT                 ./lig.prmtop
GC                    0
AS                    0
DC                    0
MM                    1
GB                    1
PB                    0
MS                    0
NM                    0
@PB
PROC                  2
REFE                  0
INDI                  1.0
EXDI                  80.0
SCALE                 2.5
LINIT                 1000
PRBRAD                1.4
ISTRNG                0.0
RADIOPT               0
NPOPT                 1
CAVITY_SURFTEN        0.00542
CAVITY_OFFSET         0.92
SURFTEN               0.00542
SURFOFF               0.92
@MM
DIELC                 1.0
@GB
IGB                   2
GBSA                  1
SALTCON               0.00
EXTDIEL               80.0
INTDIEL               1.0
SURFTEN               0.0072
SURFOFF               0.0
@MS
PROBE                 0.0
@PROGRAMS


上面是我的输入文件，帮我看看哪里有问题
赞一下 回复此楼
3楼2010-06-09 18:04:03
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

chenhang07

金虫 (正式写手)
★ ★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖
ghcacj(金币+2): 谢谢 2011-09-02 15:22:25
所有的补丁都打上了没有？
没碰到这种情况，查一下这个拓扑文件 和轨迹有没有对应上，还有原子序号有没有错。
轨迹中含有水和抗衡离子时，配体原子序号应该排在最后，这样在写extract_coords.mmpbsa文件时就容易写配体的起始序号和结束序号。

[ Last edited by chenhang07 on 2011-9-2 at 09:14 ]
赞一下(2人) 回复此楼
6楼2011-09-02 09:09:50
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
查看全部 6 个回答
普通表情 龙 兔 虎 猫 高级回复 (可上传附件)
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[考博] 澳大利亚 Murdoch University 全奖博士招生（3个名额）地质化工冶金领域 +71 AI8RaGaPaSCR 2026-08-07 74/3700 2026-08-14 08:15 by am8QyKH2Q7LX
[基金申请] 关于Filecode分析方法 +9 majunge000 2026-08-10 12/600 2026-08-13 23:20 by iwuli
[硕博家园] 一作与独作在应聘高校教师时区别大吗 +3 mbygzh 2026-08-08 4/200 2026-08-13 19:31 by 龙-樱
[基金申请] 结合人工智能，周易传统文化，filecode打分制来了，3分以上希望很大。 +3 Tide man 2026-08-12 4/200 2026-08-13 08:35 by ZJTJZ
[基金申请] 2019年青年基金涵评意见，大家看看几个A，几个B? +11 Tide man 2026-08-11 11/550 2026-08-13 07:35 by 撸猫猫
[基金申请] 好奇怪的filecode +5 布布和一二 2026-08-08 6/300 2026-08-12 16:11 by 云上清扬
[基金申请] 奇怪，两个人的filecode固定段从头到尾一模一样 +7 布布和一二 2026-08-10 10/500 2026-08-12 09:12 by 布布和一二
[基金申请] 综述论文作为代表作会不会影响评审专家的印象分？ +11 yufeiwaner 2026-08-09 13/650 2026-08-12 08:17 by yufeiwaner
[基金申请] 帮忙看看fileCode +7 wwncly 2026-08-10 13/650 2026-08-11 19:36 by 冰心玉壶晴
[基金申请] 为什么网上很多人说本周 12号出结果 +6 瞬息宇宙 2026-08-10 7/350 2026-08-11 19:25 by Tide man
[硕博家园] 读博的好处 +3 lnee 2026-08-11 3/150 2026-08-11 18:10 by 希望我好好的
[基金申请] 什么时候出结果，有咨询渠道？？？ +3 Tide man 2026-08-11 3/150 2026-08-11 17:54 by kudofaye
[基金申请] 关于代码变化问题，想知道的进来 +17 且听虎啸 2026-08-07 24/1200 2026-08-10 18:35 by zhangduo2008
[基金申请] 这样的filecode谁见过 +11 布布和一二 2026-08-08 22/1100 2026-08-10 11:10 by wmfsnow
[基金申请] 面上项目filecode邪修 +5 西山十月 2026-08-09 7/350 2026-08-10 07:32 by 仁砚薪传
[基金申请] filecode与中标关系的预测 +5 布布和一二 2026-08-07 5/250 2026-08-09 16:15 by 袁向阳007
[基金申请] fileCode有新解读？ +10 Tide man 2026-08-08 18/900 2026-08-09 12:55 by 仁砚薪传
[基金申请] 关于filecode，很负责任的告诉大家 +6 爱看书的可乐 2026-08-08 7/350 2026-08-08 22:13 by a_niu
[基金申请] 关于filecode +4 布布和一二 2026-08-07 7/350 2026-08-07 22:55 by zhanghaozhu
[基金申请] filecode变化情况 +6 布布和一二 2026-08-07 22/1100 2026-08-07 14:45 by 且听虎啸
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭