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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » Gromacs/Amber/NAMD » 【求助】pbsa的一个问题，计算时出错请高手帮忙
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428616

[交流] 【求助】pbsa的一个问题，计算时出错请高手帮忙 已有5人参与

Use of uninitialized value in concatenation (.) or string at /usr/local/amber9/src/mm_pbsa/mm_pbsa_readinput.pm line 76, line 46.
Use of uninitialized value in hash element at /usr/local/amber9/src/mm_pbsa/mm_pbsa_readinput.pm line 260, line 46.
Use of uninitialized value in concatenation (.) or string at /usr/local/amber9/src/mm_pbsa/mm_pbsa_readinput.pm line 76, line 47.
Use of uninitialized value in hash element at /usr/local/amber9/src/mm_pbsa/mm_pbsa_readinput.pm line 260, line 47.
Use of uninitialized value in concatenation (.) or string at /usr/local/amber9/src/mm_pbsa/mm_pbsa_readinput.pm line 76, line 48.
Use of uninitialized value in hash element at /usr/local/amber9/src/mm_pbsa/mm_pbsa_readinput.pm line 260, line 48.
Use of uninitialized value in concatenation (.) or string at /usr/local/amber9/src/mm_pbsa/mm_pbsa_readinput.pm line 76, line 49.
Use of uninitialized value in hash element at /usr/local/amber9/src/mm_pbsa/mm_pbsa_readinput.pm line 260, line 49.
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1楼 2010-06-09 17:12:38
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200699wang

新虫 (正式写手)
★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖
我也遇到同样的问题，不知楼主解决了没？
赞一下(1人) 回复此楼
5楼2011-08-29 11:09:25
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428616

引用回帖:
Originally posted by ferlich at 2010-06-09 17:34:27:
请检查输入文件

@GENERAL
PREFIX                snapshot
PATH                  ./
COMPLEX               1
RECEPTOR              1
LIGAND                1
COMPT                 ./comp.prmtop
RECPT                 ./protein+wt_min.prmtop
LIGPT                 ./lig.prmtop
GC                    0
AS                    0
DC                    0
MM                    1
GB                    1
PB                    0
MS                    0
NM                    0
@PB
PROC                  2
REFE                  0
INDI                  1.0
EXDI                  80.0
SCALE                 2.5
LINIT                 1000
PRBRAD                1.4
ISTRNG                0.0
RADIOPT               0
NPOPT                 1
CAVITY_SURFTEN        0.00542
CAVITY_OFFSET         0.92
SURFTEN               0.00542
SURFOFF               0.92
@MM
DIELC                 1.0
@GB
IGB                   2
GBSA                  1
SALTCON               0.00
EXTDIEL               80.0
INTDIEL               1.0
SURFTEN               0.0072
SURFOFF               0.0
@MS
PROBE                 0.0
@PROGRAMS


上面是我的输入文件，帮我看看哪里有问题
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3楼2010-06-09 18:04:03
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chenhang07

金虫 (正式写手)
★ ★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖
ghcacj(金币+2): 谢谢 2011-09-02 15:22:25
所有的补丁都打上了没有？
没碰到这种情况，查一下这个拓扑文件 和轨迹有没有对应上，还有原子序号有没有错。
轨迹中含有水和抗衡离子时，配体原子序号应该排在最后，这样在写extract_coords.mmpbsa文件时就容易写配体的起始序号和结束序号。

[ Last edited by chenhang07 on 2011-9-2 at 09:14 ]
赞一下(2人) 回复此楼
6楼2011-09-02 09:09:50
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