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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » Gromacs/Amber/NAMD » 【求助】Amber中的MM-PBSA计算
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voleyes

银虫 (正式写手)

[交流] 【求助】Amber中的MM-PBSA计算

我的体系是一个带电荷的体系，MD时要加入补偿离子。
在做MM-PBSA之前要先把溶剂水去掉，补偿离子是不是保留？
如果不保留的话，对于这个带电荷体系，应该怎么设置计算的参数呢？

我看Amber手册上的那个例子是中性体系，对于带电荷的体系应该怎么处理？
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1楼 2011-01-15 16:09:21
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yin_yin

银虫 (小有名气)
★ ★
zh1987hs(金币+2): 谢谢 2011-01-16 20:54:35
不保留，没有影响。或者在模拟之前给带电端基加保护基。
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2楼2011-01-15 18:49:46
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voleyes

银虫 (正式写手)
谢谢

带电蛋白质的介电常数也设为1吗？
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3楼2011-01-17 11:35:53
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