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voleyes

银虫 (正式写手)

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[交流] 【求助】Amber中的MM-PBSA计算

我的体系是一个带电荷的体系，MD时要加入补偿离子。
在做MM-PBSA之前要先把溶剂水去掉，补偿离子是不是保留？
如果不保留的话，对于这个带电荷体系，应该怎么设置计算的参数呢？

我看Amber手册上的那个例子是中性体系，对于带电荷的体系应该怎么处理？

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1楼 2011-01-15 16:09:21

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voleyes

银虫 (正式写手)

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谢谢

带电蛋白质的介电常数也设为1吗？

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3楼2011-01-17 11:35:53

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yin_yin

银虫 (小有名气)

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★ ★
zh1987hs(金币+2): 谢谢 2011-01-16 20:54:35

不保留，没有影响。或者在模拟之前给带电端基加保护基。

赞一下(1人)

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2楼2011-01-15 18:49:46

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