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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » Gromacs/Amber/NAMD » 【求助】这是怎么回事呢
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memgr

铜虫 (正式写手)

[交流] 【求助】这是怎么回事呢

我想在格子中加入溴离子，然后最小化，用的命令是genion -s dw.tpr -o dwb.pdb -nname BR- -nn 40 ，grompp  -f  -c dwb.pdb -p -o dwbm.tpr,怎么老是出现错误，说是 no suchh moleculetype BR-,我百思不得其解，把BR-换成Br-也不可以，这是怎么回事呢？要是改加为CL-就可以了，为什么呢，希望高手能帮忙看看怎么回事，小弟将不胜感激
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1楼 2010-11-17 09:36:52
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liqingwen

木虫 (正式写手)
★
zh1987hs(金币+1):谢谢 2010-11-17 23:02:53
可能是参数文件里面没有Br离子的定义吧，你查查看，没有的话，你自己加上吧
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2楼2010-11-17 17:59:24
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memgr

铜虫 (正式写手)

不明白

★
zh1987hs(金币+1):鼓励交流 2010-11-17 23:03:03
引用回帖:
Originally posted by liqingwen at 2010-11-17 17:59:24:
可能是参数文件里面没有Br离子的定义吧，你查查看，没有的话，你自己加上吧

gromacs中不是包含离子的itp吗？在top文件中加入 include “ ions.itp”不可以吗？谢谢高手不吝啬指教，谢谢帮助我这菜鸟
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3楼2010-11-17 20:43:02
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liqingwen

木虫 (正式写手)
★ ★ ★
memgr(金币+5): 2010-11-19 09:28:34
zh1987hs(金币+3):谢谢 2010-11-19 10:22:32
引用回帖:
Originally posted by memgr at 2010-11-17 20:43:02:

gromacs中不是包含离子的itp吗？在top文件中加入 include “ ions.itp”不可以吗？谢谢高手不吝啬指教，谢谢帮助我这菜鸟

事实上我用的是NAMD，不过我觉得应该有些相通的地方。你查一查你所说的ions.itp里面有没有溴离子吧
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4楼2010-11-19 09:24:58
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memgr

铜虫 (正式写手)

谢谢

引用回帖:
Originally posted by liqingwen at 2010-11-19 09:24:58:

事实上我用的是NAMD，不过我觉得应该有些相通的地方。你查一查你所说的ions.itp里面有没有溴离子吧

谢谢啊  我怎么没想到呢  我去看看这东西呵呵
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5楼2010-11-19 09:29:38
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liqingwen

木虫 (正式写手)
memgr(金币+3): 2010-11-24 10:30:47
不客气
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6楼2010-11-19 10:04:56
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