应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » Gromacs/Amber/NAMD » 【求助】这是怎么回事呢
北京石油化工学院2026年研究生招生接收调剂公告
51/1返回列表
查看: 605  |  回复: 5
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看
当前只显示满足指定条件的回帖，点击这里查看本话题的所有回帖

memgr

铜虫 (正式写手)

[交流] 【求助】这是怎么回事呢

我想在格子中加入溴离子，然后最小化，用的命令是genion -s dw.tpr -o dwb.pdb -nname BR- -nn 40 ，grompp  -f  -c dwb.pdb -p -o dwbm.tpr,怎么老是出现错误，说是 no suchh moleculetype BR-,我百思不得其解，把BR-换成Br-也不可以，这是怎么回事呢？要是改加为CL-就可以了，为什么呢，希望高手能帮忙看看怎么回事，小弟将不胜感激
回复此楼

» 猜你喜欢

» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:

» 抢金币啦！回帖就可以得到:

查看全部散金贴
1楼 2010-11-17 09:36:52
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

memgr

铜虫 (正式写手)

不明白

★
zh1987hs(金币+1):鼓励交流 2010-11-17 23:03:03
引用回帖:
Originally posted by liqingwen at 2010-11-17 17:59:24:
可能是参数文件里面没有Br离子的定义吧，你查查看，没有的话，你自己加上吧

gromacs中不是包含离子的itp吗？在top文件中加入 include “ ions.itp”不可以吗？谢谢高手不吝啬指教，谢谢帮助我这菜鸟
赞一下(1人) 回复此楼
3楼2010-11-17 20:43:02
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
查看全部 6 个回答

liqingwen

木虫 (正式写手)
★
zh1987hs(金币+1):谢谢 2010-11-17 23:02:53
可能是参数文件里面没有Br离子的定义吧，你查查看，没有的话，你自己加上吧
赞一下(1人) 回复此楼
2楼2010-11-17 17:59:24
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

liqingwen

木虫 (正式写手)
★ ★ ★
memgr(金币+5): 2010-11-19 09:28:34
zh1987hs(金币+3):谢谢 2010-11-19 10:22:32
引用回帖:
Originally posted by memgr at 2010-11-17 20:43:02:

gromacs中不是包含离子的itp吗？在top文件中加入 include “ ions.itp”不可以吗？谢谢高手不吝啬指教，谢谢帮助我这菜鸟

事实上我用的是NAMD，不过我觉得应该有些相通的地方。你查一查你所说的ions.itp里面有没有溴离子吧
赞一下(1人) 回复此楼
4楼2010-11-19 09:24:58
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

memgr

铜虫 (正式写手)

谢谢

引用回帖:
Originally posted by liqingwen at 2010-11-19 09:24:58:

事实上我用的是NAMD，不过我觉得应该有些相通的地方。你查一查你所说的ions.itp里面有没有溴离子吧

谢谢啊  我怎么没想到呢  我去看看这东西呵呵
赞一下 回复此楼
5楼2010-11-19 09:29:38
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
查看全部 6 个回答
普通表情 龙 兔 虎 猫 高级回复 (可上传附件)
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[考研] 282求调剂 +8 呼吸都是减肥 2026-04-01 8/400 2026-04-02 11:19 by Sammy2
[考研] 348求调剂 +6 小懒虫不懒了 2026-03-27 7/350 2026-04-02 11:18 by sanrepian
[考研] 材料专业求调剂 +9 月月鸟木 2026-04-01 9/450 2026-04-02 10:53 by guanxin1001
[考研] 生物学308分求调剂（一志愿华东师大） +5 相信必会光芒万� 2026-03-31 6/300 2026-04-02 10:16 by guoweigw
[考研] 321求调剂 +9 y-yh 2026-04-01 10/500 2026-04-02 10:14 by 不吃魚的貓
[考研] 求调剂！生物与医药专硕 +3 逆转陆先生 2026-04-01 3/150 2026-04-02 09:02 by Jaylen.
[考研] 化学工程专硕324分，一志愿中国矿业大学求调剂 +7 耿耿1314 2026-04-01 7/350 2026-04-02 07:40 by 尚水阁主
[考研] 286求调剂 +5 Sa67890. 2026-04-01 7/350 2026-04-01 19:50 by 6781022
[考研] 362求调剂 +13 西南交材料专硕3 2026-03-31 13/650 2026-04-01 17:38 by JYD2011
[考研] 找调剂 +5 楚乔乔 2026-04-01 5/250 2026-04-01 16:12 by w虫虫123
[考研] 0703一志愿南师大334求调剂 +4 seven7yu 2026-03-30 4/200 2026-04-01 16:10 by oooqiao
[考研] 考研生物与医药调剂 +7 铁憨憨123425 2026-03-31 7/350 2026-04-01 08:45 by JourneyLucky
[考研] 352分-085602-一志愿985 +6 海纳百川Ly 2026-03-29 6/300 2026-03-31 21:06 by yuq
[考研] 315求调剂 +6 akie... 2026-03-28 7/350 2026-03-31 16:48 by asdfzly
[考研] 物理学调剂 +4 小羊36 2026-03-30 4/200 2026-03-31 16:16 by lishahe
[考研] 085600 286分 材料求调剂 +11 麻辣鱿鱼 2026-03-27 12/600 2026-03-30 19:33 by Wang200018
[考研] 327求调剂 +5 小卡不卡. 2026-03-29 5/250 2026-03-30 19:30 by Wang200018
[考研] 考研调剂 +5 Sanmu-124 2026-03-26 5/250 2026-03-30 13:36 by chemdavid
[考研] 348求调剂 +6 小懒虫不懒了 2026-03-28 6/300 2026-03-30 10:29 by Evan_Liu
[考研] 291求调剂 +5 Y-cap 2026-03-29 6/300 2026-03-29 13:18 by mumin1990
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭