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金虫 (著名写手)

分子模拟新手

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[交流] 【求助】gromacs的并行计算

拟在UBUNTU9.10下进行GROMACS的并行计算，单核运算没有问题，速度大概是0.48ns/day.现在想进行四核并行计算，因此从UBUNTU源里下载了GROMACS-LAM,以及相关的库，安装完成后在目录下创建host文件，输入localhost cpu=4.运行lamboot -v host。接着输入mpirun -np 4 mdrun XX,利用top指令检测cpu的使用情况，发现并行时，每个核的运行效率均为75%左右，分子动力学模拟的时间与单核差不多，应该是并行未成功，推测有几个可能：
1. LAM默认是rsh通讯，而我的是SSH，是否需要在bashrc文件里添加相应的环境变量？
2. 之前的grompp是否需要指定 -np 4?我在做的时候没有加这个指令？
3. lam能否识别localhost,还是必须改成ip地址，我们实验室的是自动获取IP,是否可以用127.0.0.1代替？
大家还有没有别的意见？欢迎指教~

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