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北京石油化工学院2026年研究生招生接收调剂公告
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voleyes

银虫 (正式写手)


[交流] 【求助】关于恒压周期性边界条件

这是不是NPT系综

看Amber手册上说用恒压周期性边界条件来平衡密度,这一步是必须的吗?
但是我看别人的文章都没有这一步,都什么情况下需要这样做?

做这一步时,盒子的大小会变化吗?
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amynihao

金虫 (正式写手)


恩我也想知道,期待高手来回答。帮顶了。
2楼2011-01-12 19:28:05
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petersen

金虫 (小有名气)


★ ★ ★ ★
ghcacj(金币+4):谢谢 2011-01-13 11:46:25
引用回帖:
Originally posted by voleyes at 2011-01-12 18:08:18:
这是不是NPT系综

看Amber手册上说用恒压周期性边界条件来平衡密度,这一步是必须的吗?
但是我看别人的文章都没有这一步,都什么情况下需要这样做?

做这一步时,盒子的大小会变化吗?

你看amber的tuorial,里面都是先NTV系综下(ntb=1)升温然后NTP下(ntb=2)模拟动力学的啊,而且我们测量的性质都应该是等温等压下的,因为这更接近生理的环境。盒子在等压的条件下肯定是会发生变化的,要不怎么控制密度?
3楼2011-01-12 20:35:38
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cyyn2008cn

银虫 (小有名气)


★ ★ ★
ghcacj(金币+3):谢谢 2011-01-13 11:46:36
引用回帖:
Originally posted by voleyes at 2011-01-12 18:08:18:
这是不是NPT系综

看Amber手册上说用恒压周期性边界条件来平衡密度,这一步是必须的吗?
但是我看别人的文章都没有这一步,都什么情况下需要这样做?

做这一步时,盒子的大小会变化吗?

我不清楚这些开源软件,但NPT下,如果初始的样本内应力高的话会导致盒子体积改变,改变量要看应力的大小。另外,NPT本身就是通过调整h矩阵,也就是体积来保证P的。当然主要还是看你具体的算例了。
4楼2011-01-13 00:12:54
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