应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » Gromacs/Amber/NAMD » 【求助】关于恒压周期性边界条件
41/1返回列表
查看: 1279  |  回复: 3
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看

voleyes

银虫 (正式写手)

[交流] 【求助】关于恒压周期性边界条件

这是不是NPT系综

看Amber手册上说用恒压周期性边界条件来平衡密度，这一步是必须的吗？
但是我看别人的文章都没有这一步，都什么情况下需要这样做？

做这一步时，盒子的大小会变化吗？
回复此楼

» 猜你喜欢

» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:

» 抢金币啦！回帖就可以得到:

查看全部散金贴
1楼 2011-01-12 18:08:18
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

amynihao

金虫 (正式写手)
恩我也想知道，期待高手来回答。帮顶了。
赞一下 回复此楼
2楼2011-01-12 19:28:05
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

petersen

金虫 (小有名气)
★ ★ ★ ★
ghcacj(金币+4):谢谢 2011-01-13 11:46:25
引用回帖:
Originally posted by voleyes at 2011-01-12 18:08:18:
这是不是NPT系综

看Amber手册上说用恒压周期性边界条件来平衡密度，这一步是必须的吗？
但是我看别人的文章都没有这一步，都什么情况下需要这样做？

做这一步时，盒子的大小会变化吗？

你看amber的tuorial，里面都是先NTV系综下（ntb=1）升温然后NTP下（ntb=2）模拟动力学的啊，而且我们测量的性质都应该是等温等压下的，因为这更接近生理的环境。盒子在等压的条件下肯定是会发生变化的，要不怎么控制密度？
赞一下(2人) 回复此楼
3楼2011-01-12 20:35:38
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

cyyn2008cn

银虫 (小有名气)
★ ★ ★
ghcacj(金币+3):谢谢 2011-01-13 11:46:36
引用回帖:
Originally posted by voleyes at 2011-01-12 18:08:18:
这是不是NPT系综

看Amber手册上说用恒压周期性边界条件来平衡密度，这一步是必须的吗？
但是我看别人的文章都没有这一步，都什么情况下需要这样做？

做这一步时，盒子的大小会变化吗？

我不清楚这些开源软件，但NPT下，如果初始的样本内应力高的话会导致盒子体积改变，改变量要看应力的大小。另外，NPT本身就是通过调整h矩阵，也就是体积来保证P的。当然主要还是看你具体的算例了。
赞一下(1人) 回复此楼
4楼2011-01-13 00:12:54
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 voleyes 的主题更新
41/1返回列表
普通表情 龙 兔 虎 猫 高级回复 (可上传附件)
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭