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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » Gromacs/Amber/NAMD » 【求助】关于恒压周期性边界条件
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voleyes

银虫 (正式写手)

[交流] 【求助】关于恒压周期性边界条件

这是不是NPT系综

看Amber手册上说用恒压周期性边界条件来平衡密度，这一步是必须的吗？
但是我看别人的文章都没有这一步，都什么情况下需要这样做？

做这一步时，盒子的大小会变化吗？
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1楼 2011-01-12 18:08:18
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amynihao

金虫 (正式写手)
恩我也想知道，期待高手来回答。帮顶了。
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2楼2011-01-12 19:28:05
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petersen

金虫 (小有名气)
★ ★ ★ ★
ghcacj(金币+4):谢谢 2011-01-13 11:46:25
引用回帖:
Originally posted by voleyes at 2011-01-12 18:08:18:
这是不是NPT系综

看Amber手册上说用恒压周期性边界条件来平衡密度，这一步是必须的吗？
但是我看别人的文章都没有这一步，都什么情况下需要这样做？

做这一步时，盒子的大小会变化吗？

你看amber的tuorial，里面都是先NTV系综下（ntb=1）升温然后NTP下（ntb=2）模拟动力学的啊，而且我们测量的性质都应该是等温等压下的，因为这更接近生理的环境。盒子在等压的条件下肯定是会发生变化的，要不怎么控制密度？
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3楼2011-01-12 20:35:38
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cyyn2008cn

银虫 (小有名气)
★ ★ ★
ghcacj(金币+3):谢谢 2011-01-13 11:46:36
引用回帖:
Originally posted by voleyes at 2011-01-12 18:08:18:
这是不是NPT系综

看Amber手册上说用恒压周期性边界条件来平衡密度，这一步是必须的吗？
但是我看别人的文章都没有这一步，都什么情况下需要这样做？

做这一步时，盒子的大小会变化吗？

我不清楚这些开源软件，但NPT下，如果初始的样本内应力高的话会导致盒子体积改变，改变量要看应力的大小。另外，NPT本身就是通过调整h矩阵，也就是体积来保证P的。当然主要还是看你具体的算例了。
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4楼2011-01-13 00:12:54
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