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kittykbh

铜虫 (正式写手)

[求助] TA克隆测序菌落PCR,时隔半年,换了载体试剂盒,还是150bp 已有6人参与

小妹真心无语了,时隔半年还是同样的结果,之前用的是takara的pmd19-T,现在换了高级的invitrogen TOPO TA clone kit,结果还是这个样子。
求助各位实验大牛。

简单介绍一下,是用mobio Powersoil DNA提取土壤总DNA,然后扩的27f-1492r全长,虽然有点小拖带,但是p出来的主带还是够明亮的,能看出来是一条直线。
用的omgea gel extraction kit做的切胶回收。然后连接转化,氨苄青霉素钠自己溶解的粉末100mg/ul, 板子白色菌落正常,没有糊满板,都是零星单菌落,每板大概50-100个单菌落。
挑菌做菌落pcr, 如下图所示:

其中下板比较亮的是我用Sigma设计的 M13-47/RV-M, 上面小板比较弱的是TOPO自带引物一对M13,结果全都是150bp。

按理说invitrogen TOPO TA克隆用过的人都说不会有几个假阳性的,我这个看起来就是全部假阳性,包括之前做的Takara的载体的情况如出一辙。

我现在觉得是我自己的问题,但是又不清楚是哪个环节出现了问题,或者纯化后的PCR产物有自带载体自连的什么物质?

之前在国内用的天根一套没有一点问题,我现在纠结了这么久,真的快崩溃了~~~

TA克隆测序菌落PCR,时隔半年,换了载体试剂盒,还是150bp
TOPO TA clone.jpg
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494118250

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖


感谢参与,应助指数 +1
kittykbh(西门吹雪170代发): 金币+1, 鼓励回帖交流 2015-01-14 20:07:42
不知道你的片段多长,我的经验是2000片段连接8个小时,3000片段连接12个小时。效果一直很好,我用的就是pmd19和solution one,挑点的时候可以适当多挑几个,片段越长,假阳性越多。希望能对你有帮助

[ 发自小木虫客户端 ]
2楼2015-01-13 22:48:50
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普通回帖

kittykbh

铜虫 (正式写手)

引用回帖:
2楼: Originally posted by 494118250 at 2015-01-13 22:48:50
不知道你的片段多长,我的经验是2000片段连接8个小时,3000片段连接12个小时。效果一直很好,我用的就是pmd19和solution one,挑点的时候可以适当多挑几个,片段越长,假阳性越多。希望能对你有帮助
...

我的片段是1500bp,以前也做过室温半小时连的很好~~~我挑了80个了,都是这样。如果要是没有连上载体的话,会长出来很多白斑吗?我是构建文库的,如果效率太低也没有办法用。
3楼2015-01-14 13:00:15
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liuderong

铁杆木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖


感谢参与,应助指数 +1
kittykbh(西门吹雪170代发): 金币+1, 鼓励回帖交流 2015-01-14 20:07:56
用M13引物扩增出来的有一段载体序列,如果扩增得到的片段在150bp左右,那基本都是载体序列,基因没有连到载体上。
你跑电泳跑的时间太短了,marker都没有分开,可以跑远一点再看看。
4楼2015-01-14 13:16:35
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kittykbh

铜虫 (正式写手)

引用回帖:
4楼: Originally posted by liuderong at 2015-01-14 13:16:35
用M13引物扩增出来的有一段载体序列,如果扩增得到的片段在150bp左右,那基本都是载体序列,基因没有连到载体上。
你跑电泳跑的时间太短了,marker都没有分开,可以跑远一点再看看。

已经用尽了方法,就是连不上,换了更好的载体也连不上,每次p都是这个效果。只要没在1500bp地方,基本上就再跑也是废品了呀。。。
5楼2015-01-15 10:27:03
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liyaodong164

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

感谢参与,应助指数 +1
片段的质量是成败的关键,尽量提高其纯度和浓度。纯度尤为重要,假阳性基本都是混入的小片段,因其更易连接,虽然胶上看不见,数量未必少,所以假阳性会高。
6楼2015-01-15 10:44:05
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416114799

至尊木虫 (知名作家)

【答案】应助回帖

感谢参与,应助指数 +1
分子的东西,问题不好解释。涉及步骤太多,哪怕一个小步骤你没注意就不行了。我之前啥分子没做过,一次就成功了。你说你的板,没有蓝色菌落?正常的肯定有几个的吧!从pcr开始检查,是否有条带。切胶回收我们用的xygen。我觉得你最大的问题是感受态的问题???

[ 发自小木虫客户端 ]
做人做事要低调,默默践行心中的梦想.
7楼2015-01-15 11:02:11
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liuderong

铁杆木虫 (正式写手)

引用回帖:
5楼: Originally posted by kittykbh at 2015-01-15 10:27:03
已经用尽了方法,就是连不上,换了更好的载体也连不上,每次p都是这个效果。只要没在1500bp地方,基本上就再跑也是废品了呀。。。...

再核对一下你的引物接头对不对,酶切位点有没有突变?是否和载体对应得上?看能不能换一下酶切位点?按理说酶切连接不会那么难。
8楼2015-01-15 11:31:54
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kittykbh

铜虫 (正式写手)

引用回帖:
6楼: Originally posted by liyaodong164 at 2015-01-15 10:44:05
片段的质量是成败的关键,尽量提高其纯度和浓度。纯度尤为重要,假阳性基本都是混入的小片段,因其更易连接,虽然胶上看不见,数量未必少,所以假阳性会高。

谢谢指点,还想继续请教一下,切胶时候切下来纯化的目的条带是1500bp,理论上还能混入小片段吗?
9楼2015-01-15 13:26:02
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kittykbh

铜虫 (正式写手)

引用回帖:
7楼: Originally posted by 416114799 at 2015-01-15 11:02:11
分子的东西,问题不好解释。涉及步骤太多,哪怕一个小步骤你没注意就不行了。我之前啥分子没做过,一次就成功了。你说你的板,没有蓝色菌落?正常的肯定有几个的吧!从pcr开始检查,是否有条带。切胶回收我们用的xy ...

谢谢解答,我没有做蓝白筛选,因为是建库需要大量阳性克隆,如果只有几个阳性克隆就是失败,何况现在还一条都没有。感受态是invitrogen TOPO TA克隆对应的 TOP10(chemical),切胶的目的条带是非常明亮的。
10楼2015-01-15 13:28:55
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