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pser2011银虫 (小有名气)
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一个基因做TA克隆后送去测序，不同的单克隆后来结果不一致，1500bp里有的11个碱基不同 已有5人参与
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金唯智公司测的。基因序列未知，这可用那个构建表达载体呀，大神有知道解决办法的，救命啊！ 看了氨基酸的序列，多数单克隆间氨基酸序列一致，这样的话随便挑一个单克隆做还是有什么挑选的规则？ [ Last edited by pser2011 on 2014-3-10 at 21:26 ] |
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2楼2014-03-10 22:23:45
zhaozhibozhi
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3楼2014-03-11 10:51:46
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1.对于这种情况，首先看一下测序的峰图，确定是否是单峰，是不是背景杂峰比较多，测序公司会把背景杂峰较高的反应也算作成功反应的。 2.将测序结果翻译成蛋白质序列，到NCBI的数据库中去blast，然后看是否有完全一致的比对结果，选择有完全一致比对结果的序列进行后续克隆 一般来说，Taq聚合酶的突变率不会有这么高，1500bp有1到2个克隆算是正常。出现多个测序结果的情况，可能是由于测序结果不好（杂峰导致序列差异），或者是模板不纯（混有多个基因组等），PCR的退火温度太低(45-50度)。 如果可能的话，可以使用Pfu等高保真的酶再做一下 |
4楼2014-03-11 11:00:49
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翻译成氨基酸序列的话有两个氨基酸的差异，很多碱基变化并没有引起氨基酸变，这有没有可能是大肠杆菌里质粒复制的时候产生这么多变异？ 5楼2014-03-14 14:00:03
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6楼2014-03-14 14:06:00
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