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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 微生物 » 实验/技术 » 做单克隆测序是菌液好还是菌液PCR后测好?
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zxy664063437

新虫 (初入文坛)

[求助] 做单克隆测序是菌液好还是菌液PCR后测好?

我扩增一个序列，做克隆，是直接用菌液测序好呢还是用菌液PCR后测好啊？请求指点
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1楼 2012-11-13 20:46:09
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天空2011

铜虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
个人感觉还是菌液好，pcr只做为初步的验证，里面的成分还有可能影响测序结果，还有就是量的问题，反正送公司他们给做了，自己又不麻烦，还是送菌液好点
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2楼2012-11-13 23:37:25
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liujianmin68

木虫 (职业作家)

努力发展交叉学科

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
既然你要做克隆，还是把基因片段先连在T载体上，测序是还是用菌液送样，因为PCR产物送样有时候测序结果可能不太好，或者在PCR产物中某些序列是发生突变的，这样测出的结果不一定正确（虽然这样的事情发生的几率比较低）
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转向地质微生物学
3楼2012-11-14 09:56:41
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zxy664063437

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
3楼: Originally posted by liujianmin68 at 2012-11-14 09:56:41
既然你要做克隆，还是把基因片段先连在T载体上，测序是还是用菌液送样，因为PCR产物送样有时候测序结果可能不太好，或者在PCR产物中某些序列是发生突变的，这样测出的结果不一定正确（虽然这样的事情发生的几率比较 ...

可是我送的菌液，人家说浓度低，很多都测不出来，送PCR的话一次就测出来了，下次我再试试
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4楼2012-11-15 12:00:16
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vir2008

木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
最好是将菌液扩大培养，提取质粒后送测。
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5楼2012-11-15 14:37:54
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sxxuan

金虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
PCR后产生的序列并不一定就是模板菌液的序列来的。
不是一般都是挑取单菌落做PCR鉴定，阳性再送测序吗？现在测序才二十来块一个反应，多送几个都没问题。
如果测序反馈菌液浓度太低，考虑是假阳性，或者是菌液浓度不够，但一般只要摇菌2h后出现浑浊基本都是能测出来的，除非里面没有你要的序列。
实在不行的，拿你PCR后的产物重新做一次克隆，再送测序，不过二次PCR产生突变的几率会升高。
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你的日子如何，你的力量也必如何！
6楼2012-11-16 09:05:16
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hourl11

禁虫 (初入文坛)
感谢参与，应助指数 +1
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» 本帖已获得的红花（最新10朵）

zxy664063437
7楼2012-11-16 09:22:16
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kingleo99

木虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
还是送菌液PCR产物吧，我们多年的经验告诉我们每次送去的菌液他们都说不行提不出质粒或者浓度太低等等问题。PCR产物就没啥问题。
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科学就是发现规律，而规律是上帝创造的，认识独一上帝就是智慧。
8楼2012-11-16 16:55:41
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乐乐3952

铁杆木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
其实你可以两个都做的，测序好几天才回来这段时间你p出来完全可以
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一花一世界、一叶一菩提
9楼2012-11-16 19:27:10
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zxy664063437

新虫 (初入文坛)
送鲜花一朵
引用回帖:
7楼: Originally posted by hourl11 at 2012-11-16 09:22:16
我们都是送质粒的，浓度高一点。因为菌液本身没有质粒好保存啊，要是配送的时间耽搁了，就会对菌液的活力有影响，再者，菌液送到之后还要活化再提质粒，未必比我们自己提的好，这期间稍微有点差错，他们就会把原因归 ...

谢谢
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10楼2012-11-16 22:08:33
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