(木虫生物专题讨论)之核酸提取纯化专题贴
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不才经过半个多月的整理,核酸提取纯化专题终于完成了。
本专题共分两篇
一为技巧篇
二为解惑篇
其中每篇分别整理成三章:
DNA,RNA(含mRNA)和质粒。
请各位多多支持!
如果你觉得你从中学到了一点东西,
就把它顶起来吧,
让更多的人从中获益~
[ Last edited by raindrop8316 on 2008-8-19 at 08:44 ]
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第一章 DNA提取与纯化
主题1:特殊组织DNA的提取及鉴定
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[ Last edited by raindrop8316 on 2008-8-15 at 17:16 ]
第二章 RNA提取与纯化
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主题17:RNA提取及常见问题分析
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[ Last edited by raindrop8316 on 2008-8-15 at 17:17 ],
第三章 质粒提取与纯化
主题1:质粒DNA的分离纯化和鉴定
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主题2:一步法提取质粒DNA
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主题3:质粒DNA提取及琼脂糖凝胶电泳
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主题4:质粒DNA提取试验常见问题解答
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发帖人:beingking
主题5:质粒DNA的分离、纯化和鉴定
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发帖人:lgj7966
主题6:转一篇关于质粒DNA提取原理的很棒的文章
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发帖人:wjswj
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主题7:质粒DNA的提取及浓度检测
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发帖人:applepie119
主题8:质粒快速提取试剂盒
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发帖人:applepie119
主题9:质粒DNA的提取和纯化
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主题10:质粒提取简介及问题分析
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发帖人:yangym1123
第四章 综合篇
主题1:核酸抽提(最糟糕篇)
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发帖人:badger
主题2:核酸抽提原理
链接:http://muchong.com/bbs/viewthread.php?tid=696113&fpage=127
发帖人: 静水深流106
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主题3:核酸提取及常见问题分析
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发帖人:BEFOREBEYOND
主题4:DNA和RNA提取常见问题分析对策
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发帖人:czl-ee
主题5:关于真菌的DNA和RNA提取方法的总结
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发帖人:haixianggao
主题6:核酸提取常见问题分析
链接:http://muchong.com/bbs/viewthread.php?tid=150148&fpage=275
发帖人:okaysee
主题7:核酸抽提
链接:http://muchong.com/bbs/viewthread.php?tid=584493&fpage=196
发帖人:applepie119
[ Last edited by raindrop8316 on 2008-8-15 at 17:20 ]
第一章 DNA提取与纯化
主题1:蚌的基因组DNA提取问题(拖尾严重)
链接:http://muchong.com/bbs/viewthread.php?tid=888918&fpage=14
解答1:xyklmu
拖尾严重一般认为是所得的DNA有蛋白的污染,蛋白未抽提完全。
分子量大小小于1万bps,主要是酚氯仿抽提造成剪切所致。要想获得大分子量的genomic DNA,可以在蛋白酶K充分消化后,直接用异丙醇沉淀即可,不必经过酚氯仿抽提的步骤。这也得看你抽提DNA以后,用于什么目的了。如果仅仅是做pcr之类的,不必酚氯仿抽提。
主题2:DNA上样缓冲液各组分作用,原理
链接:http://muchong.com/bbs/viewthread.php?tid=893542&fpage=15
解答1: 三磷酸腺苷
一般loadind buffer中的甘油、蔗糖都是辅助样品沉降的
因为样品太轻,在缓冲液中容易飘起来
所以需要一些重的东西包裹住,然后沉降下去
解答2:yujie8586
DNA用的6xloading buffer 含有色素溴酚蓝(Bromophenol Blue)、二甲苯腈蓝FF(Xylene Cyanol FF),可以观察电泳的进行情况。溴酚蓝在琼脂糖凝胶(0.5% ~ 1.4%)中约与300 bp的双链线状DNA的迁移速度相同(在0.5×TBE中),而二甲苯腈蓝FF则与4 kbp的双链线状DNA的迁移速度相等。溴酚蓝与二甲苯腈蓝FF在聚丙烯酰胺凝胶中的迁移速率则随凝胶浓度的改变而不同。还有EDTA 和蔗醣。
解答3:xyklmu
EDTA是DNAase的抑制剂,可以避免在电泳过程中DNAase的作用。
主题3:植物标本DNA提取,样品保鲜
链接:http://muchong.com/bbs/viewthread.php?tid=882330&fpage=19
解答1:xueqiao1868
新鲜的最好,降解少!
怎么才能防止变焉???注意保水
采集时用冰袋,尽快提取
解答2:wyzl2007
最好的办法是将植物放入衣袋液氮罐中保存,只有有液氮就行
解答3:glenn_007
我的样品是采下来新鲜的叶片,用蒸馏水和乙醇擦拭表面清洁后,放入变色硅胶中快速干燥的。提取的效果挺好的。
或者用书压着效果也可以。
只要表面没有发黄,没有真菌和虫蛀,提取就没问题
解答4:xujian568
标本DNA的提取确实比较麻烦的,特别是老的标本,时间长了有时候就没有了,降解了,试试运气了,最好是用试剂盒。
保水的方法一般就是减少叶片的蒸腾,还有增加环境的湿度。
尽快提取。
解答5:ahhflhz
采集回来放-80度冰箱保存就行了,没有超低温冰箱就放在-20度冰箱,
采叶片的时候放在冰盒里或者液氮里就可以了
主题4:酒精浸泡的昆虫标本DNA 提取
链接:http://muchong.com/bbs/viewthread.php?tid=884772&fpage=19
解答1:bioplant
乙醇具有沉淀DNA的作用,会不会提取时,沉淀的DNA在第一次裂解离心时丢弃啦。
常规试剂盒也是用普通试剂,所以有时自己配制的试剂因为新鲜,提取效果更好。
解答2: 三磷酸腺苷
估计是乙醇没有挥发干就拿去提
核酸纯化做得很好的公司是QIAGEN,要不你联系他们的技术支持看看有没有合适的试剂盒
主题5:DNA电泳(在100bp处有很宽,很亮的一堆东西,这是什么啊)
链接:http://muchong.com/bbs/viewthread.php?tid=901836&fpage=1
解答1:11014612
是RNA
解答2:helenfang
在DNA提取过程中RNA很容易被降解,所以我想下面那些应该是降解的RNA碎片吧
解答3:snzydong
破碎的DNA片段
解答4:yelitao1983
我想应该是RNA而不是DNA破碎的小片段!本人提过N次植物基因组了!如果提取过程中DNA断裂的话,应该是一长串弥散的带,不应该只在100bp处有带!如果你非要弄明白是不是RNA,向提出的基因组DNA中加RNA酶再泡电泳验证一下就可以了!
解答5:xiaochong0101 (楼主)
证实应该是RNA,因为加了RNA酶之后明显减少了
第一章 DNA提取与纯化
主题6:酵母总DNA提取
链接:http://muchong.com/bbs/viewthread.php?tid=908616&fpage=3
解答1:三磷酸腺苷
qiagen的核酸提取试剂盒一向都很好用
价格也不贵
解答2:aiai3252891
第一种方法,如果你扩增的片段不是很长的话,你可试试将培养的菌放入沸水中煮沸,然后离心。此方法的缺点是容易将总基因组切断,但是很方便。
二、用酶去细胞壁,然后用SDS,EDTA,乙醇抽提,这种方法非常经典,但是操作比较繁琐,但是提取的基因组非常纯净,而且条件温和,不易破坏基因组
主题7:生物活性炭中提取DNA
链接:http://muchong.com/bbs/viewthread.php?tid=906449&fpage=4
解答1: 三磷酸腺苷
用PBS充分清洗样品,后高速离心(8000~10000rpm左右)把泥土和细胞一起离下去,弃上清,这一步是去掉细胞外的可溶性杂质。
用PBS重悬,然后低速离心把泥土离到管底,但不至于把细胞离下去,这个转速你就好好摸一下就可以了。离过头了就重新震荡混匀,降低转速再试试。然后取上清。
上清里头就含有细胞了,这时候就用经典的酚抽提法提DNA了
主题8:请教影响DNA降解的因素
链接:http://muchong.com/bbs/viewthread.php?tid=310068&fpage=350
解答1:zhyl1984
酶,和DNA反复冻融
解答2:zw771113
刚提取出来的DNA用TE 溶解时间过长会不会使DNA降解?
不会,TE是金属离子鳌合剂,而核酸酶一般需要有金属离子存在才有活性。所以用TE溶解几个小时DNA都不会降解。 建议你冻存的时候分装保存,用的时候拿一份。就可以避免反复冻溶造成 DNA降解。
主题9:DNA电泳图分析
链接:http://muchong.com/bbs/viewthread.php?tid=444161&fpage=277
解答1:ldxmhyq
曝光过度了吧。点样孔中有可能是没跑出来的样品,染色染的不好
解答2:xwluo
点样孔太亮,可能是蛋白未去得干净,你用酚、氯仿、异戊醇多抽提几次就可以了
解答3:michaelwuqingyu
蛋白没有去干净,蛋白带正电荷和核酸结合,导致DNA在胶孔这跑不出去
解答4:phyllislhy
点样孔里的是蛋白质,RNA提的倒是不错建议你用CTAB法试一下,可能蛋白或糖等杂质比较多,没有提出来。
解答5:vivalk
可能是此生代谢产物较多,建议用经典的CTAB用尽量嫩的部位提取
解答6:天外飞天
RNA没除去,用RNAase消化一下
主题10:电泳图分析(条带不清晰)
链接:http://muchong.com/bbs/viewthread.php?tid=454851&fpage=275
解答1:Doublel
电泳时电压过高会导致电流强度增加,而电流的热效应是和电流的平方成正比的,电流强度过高会直接导致凝胶发热。凝胶发热使DNA分子热运动加剧,扩散速度加快,从而导致条带不清晰。
解答2:levixzhu
1 由于DNA分子量很大,一般建议用0.5-0.8%胶来电泳。PCR产物基本上可以根据分子量来决定胶浓度,一般用1-1.5%的胶浓度。所以建议,你用两块胶分别来跑DNA和PCR产物。
2 电泳电压对band的清晰度和分辨率是由影响的,电压的大小取决于你用的电泳槽正负极间的距离,一般是3-5V/cm。电压过高或过低,对band的清晰度和分辨率都是有影响的。
3 loading buffer的加量,要取决于你用的是几乘的loading buffer,如果是6Xloading buffer,loading buffer的量为你点样量的1/6,那么如果你点样5-6ul,加1ul loading buffer是可以的。如果用的是10Xloading buffer,loading buffer的量为你点样量的1/10,即如果你点样5ul,加0.5ul loading buffer就可以了。但是一般情况下,loading buffer量的多少对于条带的清晰与美观并无太大关系。
4 我们lab用的也是BIO-RAD的凝胶成像系统,说实话,你的条带是不太清晰。
建议A你用制胶的梳子时选择梳子空扁长的,那么条带会好看些。胶浓度也要相应调整。
B因为你的MARKER也不大漂亮,建议电压要优化些,电泳时间要视溴酚兰位于凝胶2/3位置时,可以停止电压。
C 还有你的电泳缓冲液,无论是TBE或是TAE,建议你换新的来电泳。一步步排除问题
第一章 DNA提取与纯化
主题11:土样中DNA的提取
链接:http://muchong.com/bbs/viewthread.php?tid=156607&fpage=271
解答1:annpc5
附件1:DNA recovery from soils of diverse composition
附件2:直接从土壤中提取DNA得方法
主题12:提取DNA时,PVP聚乙烯基吡咯烷酮的作用?
链接:http://muchong.com/bbs/viewthread.php?tid=479437&fpage=258
解答1:发如雪
聚乙烯吡咯烷酮
分子式:(C6H9NO)n
一、性质:
粉末或水溶液,易溶于水及多种有机溶剂,具有良好溶解性,生物相溶性,生理惰性,成膜性,胶体保护能力和与多种有机、无机化合物复合的能力,对酸、盐及热较稳定。
二、用途:
在化妆品工业中作为分散剂、成膜剂、增稠剂、润滑剂及粘合剂,在医药工业中是药用合成新辅料之一,可用作片剂、颗粒的粘结剂、缓释剂。注射剂的助剂和稳定剂、胶囊的助流剂,液体制剂及着色剂的分散剂,酶及热敏药物的稳定剂,难溶药物的共沉淀剂,眼药的延效剂及润滑剂和包衣成膜剂等;在涂料、颜料、塑料树脂、玻璃纤维、油墨、粘合剂、净洗剂、摄影胶卷、压片、电视显像管、生产药水、胶布、消毒剂、纸张、纺织印染等方面用 作助剂。
解答2:anlewo7777
PVP可与多种物质,特别是含羟基、羧基、氨基及其他含活性氢的化合物或单质形成络合物,例如,它可与许多毒素、病毒、医药及毒性化学品形成络合物,以减少其毒性和刺激性。
与少数几种物质(如多元酚)的络合力很强,在中性及酸性物质中,形成沉淀。这种特性可从溶液和饮料中除去多元酚和花色素氰。但使用不溶性 PVP效果更好。
解答3:分子进化
主要是除多酚类物质
主题13:桃的DNA提取(果冻样沉淀)
链接:http://muchong.com/bbs/viewthread.php?tid=488559&fpage=253
解答1:lyl0807
加NaAc试试
解答2:tiny20022005
先用无CTAB的缓冲液洗涤匀浆能较好去除多糖
解答3:randomqd
把离心的速度调高些
解答4:hallhowe
离心后去掉异丙醇,再加入乙醇沉淀,再离心。离心要高速,4度
解答5:Doublel
杂质应该是树胶类物质,桃的果实中含量很多的。
主题14:请问怎样去除DNA提取产物中的色素等物质?
链接:http://muchong.com/bbs/viewthread.php?tid=499180&fpage=250
解答1:cdl007
你提的是DNA,可以用玻璃棒挑出来再溶到另一个管里
多漂洗几次,应该能去掉很多杂质
这个方法最简单而且不用引入新的污染
还可以采用非可溶性PVP(polyvinylpyrrolidone)研磨样品, PVP能络合多酚类物质,不但能较彻底防止氧化作用,而且能有效的去除多糖和色素,色素是PCR反应中的强抑制剂,一定要除掉
主题15:提取一种微型动物DNA
链接:http://muchong.com/bbs/viewthread.php?tid=538532&fpage=223
解答1:xiaopu_yin
估计一些常规的方法你都试过,有没有想过在溶液中加几丁质酶,消化一部分虫体壁?
解答2:glucidum
如果LZ只是需要提取一点点DNA 来做PCR,进行系统分析的话.建议试试在解剖镜下直接用镊子碾碎虫体然后加入蛋白酶消化处理。消化处理的溶液即可直接用做PCR,不需要再做沉淀处理等等。
解答3:陈硕真
超声破碎或高速球磨等机械方法肯定能够破碎,用研磨也可以
解答4:dajiahaoma
Evaluation of extraction methods for the isolation of dust mites
7种提取方法 (附件下载)