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lxyyzz

木虫 (小有名气)

[求助] 菌液PCR无阳性条带求助! 已有4人参与

RT,分子克隆鉴定的时候进行菌液PCR,无阳性条带,后来阳性对照实验如下:
1. 用原始质粒DNA做模板进行PCR,有条带
2. 用原始质粒的甘油菌做模板进行PCR,无条带!
说明整个菌液PCR过程有问题,包含原始质粒的菌液都无法出现阳性条带。
求助各位可能是哪方面的问题?
(菌液PCR使用2X Taq mix,
使用程序第一步为热变性,95度10分钟和20分钟两个条件我都试过,但原始质粒的菌液PCR都没有条带)
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lxzk

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★
感谢参与,应助指数 +1
lxyyzz: 金币+2, 有帮助, 我感觉是菌液的DNA没有释放出来,因为用质粒DNA做模板是可以做出条带的啊 2015-03-31 09:37:08
第一,菌用量多了或者少了都会p不出来,第二,其实不用热变性10分钟,我一般做5分钟,不过最好用热启动酶,第三,换更高效的酶,如果可以的话我建议用kapa的2g robust hotstart mix,1k以下的片段从来没有失败过

[ 发自手机版 http://muchong.com/3g ]
2楼2015-03-31 08:53:53
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18761615793

木虫 (正式写手)

小虫

【答案】应助回帖

★ ★ ★
感谢参与,应助指数 +1
lxyyzz: 金币+3, ★★★很有帮助, 1. 是普通的Taq聚合酶 2. 除了模板不同之外条件一摸一样,是预混后分装的 3. 无条带的意思是目标条带、杂带都没有 2015-03-31 09:39:24
2乘Taq mix 是普通的Taq DNA聚合酶吧??预变性尽然用95℃10-20min?一般的酶变性没有这么长时间啊,一般只有用化学修饰或者抗体修饰的的热启动聚合酶才需要10min吧,你这有条带和无条带,除了模板不同之外其他反应试剂条件都是一样的吗?无条带是没有目的条带出来那有没有杂带呢,也没说啊
todayisdifficult,tomorrowismoredifficult,butthedayaftertomorrowisbeautiful
3楼2015-03-31 09:02:37
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781055707

木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖


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lxyyzz: 金币+1, 有帮助 2015-03-31 09:39:47
我一般先把菌液摇3个小时,在离心,拿10ul的枪头沾一下沉淀(只要沾一下就行),在跑PCR,结果都很好。
采菊东篱下,悠然见南山。
4楼2015-03-31 09:23:01
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18761615793

木虫 (正式写手)

小虫

【答案】应助回帖

一般的扩增还是建议使用热启动聚合酶吧,扩增较有保证,你这个估计真是菌液没有释放出来吧,因为连杂带都没有呢
todayisdifficult,tomorrowismoredifficult,butthedayaftertomorrowisbeautiful
5楼2015-03-31 10:16:36
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lxyyzz

木虫 (小有名气)

引用回帖:
5楼: Originally posted by 18761615793 at 2015-03-31 10:16:36
一般的扩增还是建议使用热启动聚合酶吧,扩增较有保证,你这个估计真是菌液没有释放出来吧,因为连杂带都没有呢

要怎样才能释放出来?加热10分钟不够么?
6楼2015-03-31 11:12:11
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18761615793

木虫 (正式写手)

小虫

【答案】应助回帖

引用回帖:
6楼: Originally posted by lxyyzz at 2015-03-31 11:12:11
要怎样才能释放出来?加热10分钟不够么?...

你的加热10min原来是这个意思啊,预变性的时间温度都是针对酶来说的,和模板无关啊,模板不能通过这种办法处理啊,既然做了对照试验,说明问题在模板身上,可以稀释一下跑看看吧,目前只能这样了
todayisdifficult,tomorrowismoredifficult,butthedayaftertomorrowisbeautiful
7楼2015-03-31 13:15:55
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天——下

新虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★
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lxyyzz: 金币+3, 有帮助, 1. 我的引物大概40bp左右,菌落PCR不能用长引物是什么原理呢?与质粒PCR有什么不同呢 2. 本来设计的煮样10min是让细菌裂解,使得DNA释放出来作为模板 3. MIX使用的时候是稀释为1X的才用的 2015-03-31 20:43:19
lxyyzz: 金币+1, ★★★★★最佳答案, 确实是引物的问题。我换了一个短一些的就P出来了,看来是菌液模板太复杂,引物特异性不行的结果。非常感谢! 2015-04-01 14:16:47
你的引物长度多少?菌落pcr不能用长引物的;另外taq的话预变性5min足矣;mix用1*吧,干嘛用2*的呢?
8楼2015-03-31 17:14:26
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