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axiye

新虫 (小有名气)

[求助] real time PCR NTC 阳性扩增

最近在做real time PCR实验,突然有一次发现用模板10倍稀释所做的标准曲线完全不标准,后来发现无模板对照也有阳性扩增,拿回来跑胶发现是目的片段,切胶回收测序也没有问题,有没有兄弟姐妹遇到过这种问题啊,都是怎么解决的呢?做了快一个月了,仍找不到具体原因,希望高手能够解答!
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zhwenxing

木虫 (著名写手)

尛森蟲

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与,应助指数 +1
小丹木木: 金币+3, 热心的虫虫,欢迎常来 2012-10-30 16:04:48
axiye: 金币+10, 有帮助 2013-02-25 13:42:19
1、楼主的问题其实挺笼统的,N有条带,还是目的片段,说明模板混入了哈,气溶胶?用的枪吸入污染?都有可能
2、稀释10倍跑的不准,注意稀释液和稀释倍数的准确性
3、跑一下内参,看看是技术操作问题,还是PCR体系问题。
4、除了问题,重复两次后仍然有同样的问题,就先停止试验,好好去查查文献。注意,Qpcr的移液器我们都是单独使用的!包括加内参的、N的都是单独用!一般是先配出N来!
2楼2012-10-30 15:29:49
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caoxin1984

铜虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

感谢参与,应助指数 +1
同意楼上的观点。
此外,“标准曲线完全不标准”注意引物的问题。有些引物设计不合理,或者引物的条件(如退火温度、引物浓度等)不合适,那么标准曲线就不好。
还有,模板中目的基因的含量有多高,如果模板中含量不高,那么就不建议稀释。Ct值15-25之间比较理想
3楼2012-10-30 20:13:08
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blackrose8089

铁杆木虫 (职业作家)

【答案】应助回帖

感谢参与,应助指数 +1
气溶胶污染或是引物。水的污染,一个个排除..
jiayoubashaonian
4楼2012-10-30 20:16:55
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axiye

新虫 (小有名气)

我用了实验室其他人的引物,同样的条件,也是可以P出来,是不是因为循环数(40个)太多导致?但是realtime PCR不都是需要40个循环的吗?

我尝试过在超净台做过,所有的试剂都是新的,枪头、PCR管等用到的都是灭菌或杀过菌的,一样能P得出来,在外边和里边做没区别,我直觉不是污染的问题。

论坛中About PCR那个贴子我也看过,也有这样的问题,楼主说最后改变了退火温度就好了,我还尝试了60-70的温度梯度PCR,发现接近70度时,目的条带才慢慢变少了,但还是有,是不是引物的问题啊,需要重新设计会不会好些?
5楼2012-10-30 21:24:49
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axiye

新虫 (小有名气)

今天咨询了技术支持,答复是Taq酶的问题,说是酶都是从E coli提取的,如果质量不是很好,可能存在一定的污染风险,如果是这样的话,细菌的realtimePCR就没办法做了吗?哪家公司的酶可以用啊,或者对酶做个什么处理呢?

论坛里有做过细菌realtime的吗?请教了!!
6楼2012-10-31 20:01:53
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