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swach

铁虫 (小有名气)

[求助] PCR条带很暗,还有非特异性扩增,是什么问题 已有4人参与

扩增nosZ基因,引物是 nosZ-F( 5'-CGYTGTTCMTCGACAGCCAG-3') 和nosZ1622R( 5'-CGSACCTTSTTGCCSTYGCG-3')
扩增条件为95℃60s;95℃15s,53℃15s,72℃45s,循环40次。
体系为20微升,引物各1微升,模板分别为1和2微升。
电泳点样5微升,110V,30min。电泳图附件,条带很暗,是扩增条件不合适,还是引物不合理呢?谢谢大家

PCR条带很暗,还有非特异性扩增,是什么问题
nosz0.jpg
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ssssllllnnnn

至尊木虫 (知名作家)

Translator and Proofreader


引用回帖:
7楼: Originally posted by swach at 2014-07-19 22:31:35
我们实验室暂时没有DNA测试仪,所以基因组的浓度没办法判断。根据师姐的经验配的体系。昨天又做了一次,有的是touchdown程序,每个循环降0.5度,结果还是有非特异性扩增。我知道自己的目的条带的大概位置。...

降低annealing温度非特异性不是更严重了?我的建议看上去复杂了些,但只是program设定的问题,建议你试试。在你目前的温度下改变一度半度的不会有改善。
8楼2014-07-20 11:35:58
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hajierlove

铜虫 (正式写手)

【答案】应助回帖


感谢参与,应助指数 +1
gyesang: 金币+1, 鼓励回帖交流! 2014-07-20 21:25:35
用touch down试一试
踏实
2楼2014-07-19 22:05:55
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科研屌丝007

新虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★
感谢参与,应助指数 +1
gyesang: 金币+2, 鼓励回帖交流! 2014-07-20 21:25:30
建议一:进行第二轮PCR,适当提高退火温度。建议二:感觉你目前的条带亮度还可以的,可以尝试切胶回收

[ 发自手机版 http://muchong.com/3g ]
3楼2014-07-20 00:23:20
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swach

铁虫 (小有名气)

引用回帖:
3楼: Originally posted by 科研屌丝007 at 2014-07-20 00:23:20
建议一:进行第二轮PCR,适当提高退火温度。建议二:感觉你目前的条带亮度还可以的,可以尝试切胶回收

这种亮度不行吧,在紫外下根本看不到,没办法切胶的。
4楼2014-07-20 08:53:11
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