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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » PCR相关 » PCR后跑胶没有任何条带
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额敏的雪

金虫 (著名写手)

[求助] PCR后跑胶没有任何条带 已有17人参与

自己设计了10对引物，跑胶没有任何条带，10对引物都没有出条带，可能原因是什么？是不是说明引物设计的不好？
因为，1.同样的cDNA，用别人的引物（同一植物的其他基因引物）就有条带。2.做了温度梯度PCR，每个温度梯度都没有条带，3 用引物直接跑胶，引物有条带，说明引物存在（我担心稀释的时候引物不小心散出来），4 ，请问还能做些什么来找出问题产生的原因
可是设计引物的时候什么二聚体，错配，跨内含子的网上书上找到的哪些能注意的我都注意了，为什么没有条带，请问引物设计还要注意什么？
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1楼 2014-01-16 19:47:58
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回帖支持 ( 显示支持度最高的前 50 名 )

chiden

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
gyesang: 金币+3, 鼓励交流！ 2014-01-16 21:29:05
1. 你可以再试试用Genomic DNA跑PCR，做一个阳性对照，就是你所说的别人的引物。如果有条带，那么原因可能出现在引物设计时设计在了内含子上或者刚好跨内含子了。
也有可能原因不出现在设计上：
2. 重新比对你的引物序列是否在送往公司合成时序列给错，我们实验室出现过这样的情况哈
3. R端引物送合成时有没有反向，有的软件设计时不会自动反向的，需调整。
4. 引物稀释时有没有搞混？
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» 本帖已获得的红花（最新10朵）

额敏的雪
即使难过，也要微笑着走下去
5楼2014-01-16 20:32:35
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冰封之real

银虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

既然是cDNA，就有个目的基因表达不表达的问题，如果你的目的基因压根就没转录出RNA，自然cDNA就没有，那你无论设计多少引物都P不出来，就算有也是引物二聚体
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31楼2014-01-26 09:14:37
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普通回帖

lvbobo823

铁杆木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★
感谢参与，应助指数 +1
gyesang: 金币+1, 鼓励交流！ 2014-01-16 21:28:45
是不是你参考的基因在里面没有表达。再一个看看你的引物在基因的位置不要在内含子上。
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hehe
2楼2014-01-16 20:22:01
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mjt2007

铁杆木虫 (职业作家)

【答案】应助回帖

★ ★
感谢参与，应助指数 +1
gyesang: 金币+2, 鼓励交流！ 2014-01-16 21:28:54
1.不一定是引物的问题，换个Taq酶试一试；
2. 如果10对引物退火温度合适，交叉使用试一下。
好运！
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Theworldisnotinyourbooksandmaps,itisoutthere.
3楼2014-01-16 20:26:51
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额敏的雪

金虫 (著名写手)
引用回帖:
3楼: Originally posted by mjt2007 at 2014-01-16 20:26:51
1.不一定是引物的问题，换个Taq酶试一试；
2. 如果10对引物退火温度合适，交叉使用试一下。
好运！

交叉？就是把不同基因的引物混一起pcr？

[ 发自手机版 http://muchong.com/3g ]
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4楼2014-01-16 20:31:24
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mjt2007

铁杆木虫 (职业作家)
引用回帖:
4楼: Originally posted by 额敏的雪 at 2014-01-16 20:31:24
交叉？就是把不同基因的引物混一起pcr？
...

从10对引物中随意挑出1个上游引物和1个下游引物组成一对引物。
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» 本帖已获得的红花（最新10朵）

额敏的雪
Theworldisnotinyourbooksandmaps,itisoutthere.
6楼2014-01-16 20:58:52
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额敏的雪

金虫 (著名写手)
送红花一朵
引用回帖:
6楼: Originally posted by mjt2007 at 2014-01-16 20:58:52
从10对引物中随意挑出1个上游引物和1个下游引物组成一对引物。...

哦，谢谢，回头试试

[ 发自手机版 http://muchong.com/3g ]
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7楼2014-01-16 21:04:41
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mjt2007

铁杆木虫 (职业作家)
引用回帖:
7楼: Originally posted by 额敏的雪 at 2014-01-16 21:04:41
哦，谢谢，回头试试
...

有好消息，告我啊，哈哈
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Theworldisnotinyourbooksandmaps,itisoutthere.
8楼2014-01-16 21:07:09
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额敏的雪

金虫 (著名写手)
送红花一朵
引用回帖:
5楼: Originally posted by chiden at 2014-01-16 20:32:35
1. 你可以再试试用Genomic DNA跑PCR，做一个阳性对照，就是你所说的别人的引物。如果有条带，那么原因可能出现在引物设计时设计在了内含子上或者刚好跨内含子了。
也有可能原因不出现在设计上：
2. 重新比对你的引 ...

234问题的都检查过，应该不是这个原因

[ 发自手机版 http://muchong.com/3g ]
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9楼2014-01-16 21:08:14
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额敏的雪

金虫 (著名写手)
引用回帖:
8楼: Originally posted by mjt2007 at 2014-01-16 21:07:09
有好消息，告我啊，哈哈...

好的

[ 发自手机版 http://muchong.com/3g ]
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10楼2014-01-16 21:09:30
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