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我和我自己

铁虫 (小有名气)

[求助] PCR和回收条带的问题

从cDNA里扩一个150b的片段，用聚丙烯电泳出了在150b左右的三条带，条带深浅基本一致，这三条带相差大概二三十b。现在有两个想法，不知道哪个好些
1跑高浓度的琼脂糖，分出这三条带，切胶测序
2跑聚丙烯酰胺，切条带回收，再PCR，分别测序
如果第一种的话，跑多少浓度的？
第二种的话，如何回收聚丙烯酰胺的条带啊，煮沸法没有回收成功啊。
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1楼2011-08-01 16:17:48
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bear0329

金虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★
1949stone(金币+2): 不错啊 2011-08-01 20:32:45
高浓度琼脂糖操作上不好弄，浓度高了后胶做不好，容易有气泡。
聚丙烯酰胺凝胶回收靠谱点，你看看相关的回收试剂盒，也不是很贵
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以马内利！
2楼2011-08-01 18:07:23
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hc1027

木虫 (正式写手)
★ ★
dhd997(金币+2): good 2011-08-02 09:58:24
引用回帖:
2楼: Originally posted by bear0329 at 2011-08-01 18:07:23:
高浓度琼脂糖操作上不好弄，浓度高了后胶做不好，容易有气泡。
聚丙烯酰胺凝胶回收靠谱点，你看看相关的回收试剂盒，也不是很贵

我以前看到别人论文中DGGE胶直接切下来溶解后，直接吸取上清液做PCR的，这样也可以，根本没用到回收试剂盒？
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3楼2011-08-02 09:28:24
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我和我自己

铁虫 (小有名气)
引用回帖:
3楼: Originally posted by hc1027 at 2011-08-02 09:28:24:
我以前看到别人论文中DGGE胶直接切下来溶解后，直接吸取上清液做PCR的，这样也可以，根本没用到回收试剂盒？

这个溶解的时候胶吸水胀大了……，没有上清液了……加多点水做pcr就没条带了
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4楼2011-09-02 12:51:39
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xiaojo

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
849109楼: Originally posted by hc1027 at 2011-08-02 09:28:24
我以前看到别人论文中DGGE胶直接切下来溶解后，直接吸取上清液做PCR的，这样也可以，根本没用到回收试剂盒？...

我现在也是这样的情况，水加的少，胶就胀开了，加多了又怕稀释。你的问题解决了没啊？可不可以分享下啊？
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5楼2012-08-19 10:03:21
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piaoyunokok

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

我做的是200多bp的，用的琼脂糖凝胶电泳，浓度时3%。然后胶回收，结果还可以。希望对你有帮助
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6楼2012-08-19 10:23:35
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